Package Bio :: Module Std
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Module Std

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Classes [hide private]
  StdTerm
Functions [hide private]
 
_set_if_given(attrs, field, d, valid=None, convert=None) source code
 
_complain_if_given(attrs, name) source code
 
_must_have(expr, f) source code
 
_must_have_set(expr, sets) source code
 
_must_not_have(expr, f) source code
 
_check_name(f, text) source code
 
_check_attrs(attrs, names) source code
 
_settag(f, tag) source code
 
record(expr, attrs={}) source code
 
dbid(expr, attrs={}) source code
 
description_block(expr, attrs={}) source code
 
description(expr, attrs={}) source code
 
description_line(expr, attrs={}) source code
 
fast_dbxref(expr, attrs={}) source code
 
dbxref(expr, attrs={}) source code
 
dbxref_dbname(expr, attrs={}) source code
 
dbxref_dbid(expr, attrs={}) source code
 
dbxref_negate(expr, attrs={}) source code
 
_check_gapchar(s) source code
 
sequence_block(expr, attrs={}) source code
 
sequence(expr, attrs={}) source code
 
alphabet(expr, attrs={}) source code
 
feature_block(expr, attrs={}) source code
 
feature(expr, attrs={}) source code
 
feature_name(expr, attrs={}) source code
 
feature_location(expr, attrs={}) source code
 
feature_location_start(expr, attrs={}) source code
 
feature_location_end(expr, attrs={}) source code
 
feature_description(expr, attrs={}) source code
 
feature_qualifier(expr, attrs={}) source code
 
feature_qualifier_name(expr, attrs={}) source code
 
feature_qualifier_description(expr, attrs={}) source code
 
application_name(expr, attrs={}) source code
 
application_version(expr, attrs={}) source code
 
search_header(expr, attrs={}) source code
 
search_table(expr, attrs={}) source code
 
search_table_description(expr, attrs={}) source code
 
search_table_value(expr, attrs={}) source code
 
search_table_entry(expr, attrs={}) source code
 
query_description_block(expr, attrs={}) source code
 
query_description(expr, attrs={}) source code
 
query_size(expr, attrs={}) source code
 
database_name(expr, attrs={}) source code
 
database_num_sequences(expr, attrs={}) source code
 
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hit(expr, attrs={}) source code
 
hit_length(expr, attrs={}) source code
 
hit_description(expr, attrs={}) source code
 
hsp(expr, attrs={}) source code
 
hsp_value(expr, attrs={}) source code
 
hsp_frame(expr, attrs={}) source code
 
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hsp_seqalign_query_seq(expr, attrs={}) source code
 
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hsp_seqalign_query_name(expr, attrs={}) source code
 
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hsp_seqalign(expr, attrs={}) source code
 
hsp_seqalign_query_start(expr, attrs={}) source code
 
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hsp_seqalign_subject_start(expr, attrs={}) source code
 
hsp_seqalign_subject_end(expr, attrs={}) source code
 
search_parameter(expr, attrs={}) source code
 
search_statistic(expr, attrs={}) source code
Variables [hide private]
  namespace = 'bioformat'
  NS = 'bioformat:'
  XMLNS = 'http://biopython.org/bioformat'
  _use_hack = 0