Package Bio :: Package SubsMat :: Module MatrixInfo
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Source Code for Module Bio.SubsMat.MatrixInfo

   1  """ 
   2  A whole bunch of substitution matrices for use in alignments, etc. 
   3   
   4  The info on this page was obtained from: 
   5      http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mlist1.html 
   6  and was extracted using the code in 'get_matrices.py.' 
   7  """ 
   8  # a list of all available substitution matrices 
   9  available_matrices = ['benner6', 'benner22', 'benner74', 'blosum100', 
  10                        'blosum30', 'blosum35', 'blosum40', 'blosum45',  
  11                        'blosum50', 'blosum55', 'blosum60', 'blosum62',  
  12                        'blosum65', 'blosum70', 'blosum75', 'blosum80',  
  13                        'blosum85', 'blosum90', 'blosum95', 'feng',  
  14                        'fitch', 'genetic', 'gonnet', 'grant',  
  15                        'ident', 'johnson', 'levin', 'mclach',  
  16                        'miyata', 'nwsgappep', 'pam120', 'pam180',  
  17                        'pam250', 'pam30', 'pam300', 'pam60',  
  18                        'pam90', 'rao', 'risler', 'structure' 
  19                       ] 
  20   
  21  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner6.cmp 
  22  benner6 = { 
  23  ('W', 'F') : -1.6, ('L', 'R') : -3.2, ('I', 'I') : 4.4, ('Q', 'Q') : 5.3,  
  24  ('W', 'N') : -4.4, ('V', 'I') : 3.9, ('H', 'T') : -1.7, ('H', 'P') : -0.4,  
  25  ('W', 'V') : -4.8, ('Q', 'E') : 2.1, ('W', 'R') : 2.0, ('Q', 'A') : -1.7,  
  26  ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.1, ('L', 'N') : -3.4, ('Y', 'M') : -3.6,  
  27  ('Y', 'I') : -3.3, ('Y', 'E') : -4.1, ('E', 'S') : -1.2, ('Y', 'A') : -4.0,  
  28  ('Y', 'Y') : 9.5, ('T', 'C') : -1.5, ('E', 'C') : -4.7, ('Y', 'Q') : -1.4,  
  29  ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.7, ('C', 'C') : 12.1, ('M', 'R') : -3.0,  
  30  ('P', 'T') : 0.6, ('V', 'E') : -3.0, ('P', 'P') : 6.5, ('I', 'T') : 0.7,  
  31  ('K', 'S') : -1.2, ('R', 'G') : -0.1, ('I', 'P') : -2.0, ('R', 'C') : -0.4,  
  32  ('A', 'T') : 1.7, ('K', 'K') : 5.6, ('A', 'P') : 1.1, ('V', 'M') : 3.3,  
  33  ('I', 'D') : -4.2, ('K', 'C') : -2.8, ('K', 'G') : -1.4, ('R', 'S') : -0.9,  
  34  ('F', 'Q') : -4.4, ('F', 'A') : -3.2, ('V', 'V') : 4.0, ('M', 'N') : -2.5,  
  35  ('F', 'E') : -6.7, ('D', 'N') : 2.5, ('F', 'I') : 0.0, ('F', 'M') : -0.1,  
  36  ('M', 'S') : -1.3, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -2.4, ('W', 'E') : -5.6,  
  37  ('W', 'A') : -4.3, ('W', 'M') : -4.4, ('H', 'S') : -0.9, ('W', 'I') : -5.0,  
  38  ('S', 'C') : 0.9, ('L', 'A') : -1.3, ('L', 'E') : -5.0, ('W', 'Q') : -2.6,  
  39  ('H', 'G') : -2.1, ('Q', 'N') : 0.1, ('H', 'C') : -1.2, ('L', 'M') : -2.9,  
  40  ('W', 'Y') : -0.3, ('Y', 'N') : -0.9, ('E', 'P') : -2.6, ('Y', 'F') : 5.6,  
  41  ('E', 'T') : -1.6, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.5, ('G', 'A') : 0.8,  
  42  ('Y', 'V') : -3.8, ('E', 'D') : 4.4, ('W', 'H') : -2.8, ('Y', 'R') : -2.6,  
  43  ('M', 'Q') : -3.1, ('P', 'S') : 1.4, ('R', 'H') : 1.8, ('A', 'C') : -1.7,  
  44  ('R', 'D') : -1.5, ('K', 'P') : -2.3, ('L', 'D') : -5.3, ('K', 'T') : -1.1,  
  45  ('V', 'N') : -2.4, ('M', 'A') : -0.2, ('K', 'H') : 0.9, ('V', 'R') : -3.7,  
  46  ('P', 'C') : -2.7, ('M', 'E') : -4.1, ('A', 'S') : 1.4, ('T', 'T') : 2.4,  
  47  ('R', 'T') : -1.3, ('I', 'G') : -3.4, ('R', 'P') : -1.3, ('K', 'D') : -0.2,  
  48  ('I', 'C') : -3.6, ('F', 'R') : -4.9, ('F', 'V') : -0.5, ('L', 'C') : -3.8,  
  49  ('F', 'F') : 8.3, ('D', 'A') : -0.6, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.3,  
  50  ('L', 'P') : -0.2, ('Q', 'S') : -1.4, ('N', 'C') : -1.6, ('N', 'G') : -0.1,  
  51  ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -2.6, ('Q', 'G') : -1.6, ('W', 'P') : -4.8,  
  52  ('Q', 'C') : -3.2, ('N', 'S') : 1.2, ('L', 'H') : -2.2, ('L', 'L') : 4.8,  
  53  ('G', 'T') : -0.5, ('M', 'M') : 4.8, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -4.0,  
  54  ('Y', 'G') : -4.9, ('Y', 'C') : 2.6, ('E', 'A') : -0.7, ('E', 'E') : 5.2,  
  55  ('Y', 'S') : -1.8, ('M', 'P') : -1.8, ('V', 'C') : -3.1, ('M', 'T') : 0.6,  
  56  ('V', 'G') : -2.3, ('R', 'E') : -0.4, ('V', 'K') : -3.8, ('K', 'Q') : 2.5,  
  57  ('R', 'A') : -1.7, ('I', 'R') : -3.8, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9,  
  58  ('M', 'D') : -4.3, ('M', 'H') : -3.4, ('K', 'A') : -1.9, ('R', 'Q') : 2.5,  
  59  ('K', 'E') : 0.9, ('F', 'S') : -1.8, ('I', 'K') : -3.8, ('D', 'P') : -2.8,  
  60  ('D', 'T') : -1.2, ('I', 'M') : 4.0, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -3.0,  
  61  ('F', 'G') : -5.7, ('F', 'K') : -6.3, ('F', 'T') : -2.4, ('D', 'D') : 5.2,  
  62  ('Q', 'T') : -1.7, ('W', 'G') : -1.7, ('Q', 'P') : 0.1, ('W', 'C') : 1.6,  
  63  ('W', 'K') : -1.4, ('H', 'Q') : 3.2, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 14.7,  
  64  ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -2.9, ('L', 'K') : -4.1,  
  65  ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -2.1,  
  66  ('Y', 'L') : -1.6, ('Y', 'H') : 4.4, ('G', 'S') : 0.8, ('Y', 'D') : -2.3,  
  67  ('V', 'Q') : -3.5, ('L', 'T') : -0.4, ('G', 'G') : 5.8, ('G', 'C') : -1.3,  
  68  ('E', 'N') : 1.1, ('Y', 'T') : -3.4, ('Y', 'P') : -3.8, ('R', 'N') : -0.1,  
  69  ('V', 'D') : -3.3, ('K', 'R') : 4.3, ('V', 'H') : -3.8, ('I', 'Q') : -3.8,  
  70  ('V', 'P') : -1.6, ('M', 'C') : -3.7, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.6,  
  71  ('M', 'G') : -3.7, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -4.1, ('M', 'K') : -2.9,  
  72  ('I', 'A') : 0.1, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 5.1, ('F', 'P') : -3.2,  
  73  ('L', 'I') : 2.4, ('I', 'S') : -1.2, ('D', 'S') : -0.4, ('L', 'S') : -1.5,  
  74  ('I', 'H') : -3.7, ('F', 'D') : -5.7, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.1,  
  75  ('D', 'G') : 0.8, ('F', 'L') : 2.4 
  76  } 
  77  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner22.cmp 
  78  benner22 = { 
  79  ('W', 'F') : 0.5, ('L', 'R') : -2.9, ('I', 'I') : 4.2, ('Q', 'Q') : 4.2,  
  80  ('W', 'N') : -5.2, ('V', 'I') : 3.6, ('H', 'T') : -1.1, ('H', 'P') : -0.4,  
  81  ('W', 'V') : -4.5, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.1, ('Q', 'A') : -0.9,  
  82  ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.3, ('L', 'N') : -3.5, ('Y', 'M') : -1.8,  
  83  ('Y', 'I') : -2.2, ('Y', 'E') : -4.0, ('E', 'S') : -0.5, ('Y', 'A') : -3.5,  
  84  ('Y', 'Y') : 9.0, ('T', 'C') : -1.1, ('E', 'C') : -4.3, ('Y', 'Q') : -1.9,  
  85  ('E', 'G') : 0.5, ('V', 'A') : 0.4, ('C', 'C') : 12.6, ('M', 'R') : -2.1,  
  86  ('P', 'T') : 0.4, ('V', 'E') : -2.7, ('P', 'P') : 7.0, ('I', 'T') : 0.3,  
  87  ('K', 'S') : -0.4, ('R', 'G') : -0.7, ('I', 'P') : -2.3, ('R', 'C') : -1.6,  
  88  ('A', 'T') : 1.4, ('K', 'K') : 4.4, ('A', 'P') : 0.8, ('V', 'M') : 2.5,  
  89  ('I', 'D') : -4.0, ('K', 'C') : -3.3, ('K', 'G') : -1.0, ('R', 'S') : -0.5,  
  90  ('F', 'Q') : -3.6, ('F', 'A') : -3.1, ('V', 'V') : 3.7, ('M', 'N') : -2.6,  
  91  ('F', 'E') : -5.7, ('D', 'N') : 2.4, ('F', 'I') : 0.5, ('F', 'M') : 0.7,  
  92  ('M', 'S') : -1.5, ('S', 'S') : 2.0, ('L', 'Q') : -2.0, ('W', 'E') : -6.3,  
  93  ('W', 'A') : -5.5, ('W', 'M') : -2.8, ('H', 'S') : -0.5, ('W', 'I') : -4.4,  
  94  ('S', 'C') : 0.3, ('L', 'A') : -1.7, ('L', 'E') : -4.4, ('W', 'Q') : -3.3,  
  95  ('H', 'G') : -2.0, ('Q', 'N') : 0.5, ('H', 'C') : -1.5, ('L', 'M') : 3.2,  
  96  ('W', 'Y') : 1.5, ('Y', 'N') : -1.2, ('E', 'P') : -1.7, ('Y', 'F') : 5.9,  
  97  ('E', 'T') : -0.9, ('A', 'A') : 2.5, ('I', 'N') : -2.7, ('G', 'A') : 0.8,  
  98  ('Y', 'V') : -2.6, ('E', 'D') : 3.9, ('W', 'H') : -2.7, ('Y', 'R') : -2.7,  
  99  ('M', 'Q') : -1.7, ('P', 'S') : 1.1, ('R', 'H') : 1.5, ('A', 'C') : -1.2,  
 100  ('R', 'D') : -1.0, ('K', 'P') : -1.6, ('L', 'D') : -4.9, ('K', 'T') : -0.4,  
 101  ('V', 'N') : -2.3, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.8, ('V', 'R') : -2.9,  
 102  ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -3.4, ('A', 'S') : 1.3, ('T', 'T') : 2.5,  
 103  ('R', 'T') : -0.7, ('I', 'G') : -3.8, ('R', 'P') : -1.2, ('K', 'D') : 0.2,  
 104  ('I', 'C') : -2.4, ('F', 'R') : -4.3, ('F', 'V') : -0.1, ('L', 'C') : -2.6,  
 105  ('F', 'F') : 7.7, ('D', 'A') : -0.2, ('F', 'N') : -3.5, ('W', 'D') : -6.4,  
 106  ('L', 'P') : -1.3, ('Q', 'S') : -0.6, ('N', 'C') : -1.9, ('N', 'G') : 0.4,  
 107  ('H', 'N') : 1.4, ('W', 'T') : -4.5, ('Q', 'G') : -1.4, ('W', 'P') : -5.8,  
 108  ('Q', 'C') : -3.3, ('N', 'S') : 1.1, ('L', 'H') : -2.1, ('L', 'L') : 4.6,  
 109  ('G', 'T') : -0.7, ('M', 'M') : 4.9, ('G', 'P') : -1.8, ('Y', 'K') : -3.6,  
 110  ('Y', 'G') : -4.8, ('Y', 'C') : 0.6, ('E', 'A') : -0.3, ('E', 'E') : 4.6,  
 111  ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.0, ('V', 'C') : -1.7, ('M', 'T') : 0.1,  
 112  ('V', 'G') : -2.5, ('R', 'E') : -0.1, ('V', 'K') : -2.7, ('K', 'Q') : 2.2,  
 113  ('R', 'A') : -1.2, ('I', 'R') : -3.2, ('N', 'A') : 0.0, ('V', 'S') : -0.9,  
 114  ('M', 'D') : -3.9, ('M', 'H') : -2.4, ('K', 'A') : -1.0, ('R', 'Q') : 2.2,  
 115  ('K', 'E') : 1.0, ('F', 'S') : -2.2, ('I', 'K') : -3.0, ('D', 'P') : -1.8,  
 116  ('D', 'T') : -0.7, ('I', 'M') : 3.1, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'L') : -1.8,  
 117  ('F', 'G') : -5.8, ('F', 'K') : -5.1, ('F', 'T') : -2.6, ('D', 'D') : 4.8,  
 118  ('Q', 'T') : -0.7, ('W', 'G') : -4.5, ('Q', 'P') : -0.1, ('W', 'C') : 0.5,  
 119  ('W', 'K') : -3.7, ('H', 'Q') : 2.4, ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'W') : 15.7,  
 120  ('V', 'L') : 2.0, ('L', 'G') : -4.9, ('W', 'S') : -3.9, ('L', 'K') : -3.3,  
 121  ('N', 'P') : -1.1, ('H', 'E') : -0.2, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -1.6,  
 122  ('Y', 'L') : -0.7, ('Y', 'H') : 3.7, ('G', 'S') : 0.6, ('Y', 'D') : -3.0,  
 123  ('V', 'Q') : -2.4, ('L', 'T') : -1.0, ('G', 'G') : 6.2, ('G', 'C') : -1.7,  
 124  ('E', 'N') : 1.2, ('Y', 'T') : -3.0, ('Y', 'P') : -3.5, ('R', 'N') : 0.4,  
 125  ('V', 'D') : -3.0, ('K', 'R') : 3.9, ('V', 'H') : -3.0, ('I', 'Q') : -2.7,  
 126  ('V', 'P') : -1.7, ('M', 'C') : -2.5, ('K', 'N') : 1.0, ('V', 'T') : 0.4,  
 127  ('M', 'G') : -3.8, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -3.6, ('M', 'K') : -2.0,  
 128  ('I', 'A') : -0.4, ('N', 'N') : 3.3, ('R', 'R') : 5.0, ('F', 'P') : -3.4,  
 129  ('L', 'I') : 2.7, ('I', 'S') : -1.4, ('D', 'S') : 0.1, ('L', 'S') : -2.1,  
 130  ('I', 'H') : -3.2, ('F', 'D') : -5.4, ('D', 'C') : -3.7, ('F', 'H') : 0.3,  
 131  ('D', 'G') : 0.7, ('F', 'L') : 2.2 
 132  } 
 133  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/benner74.cmp 
 134  benner74 = { 
 135  ('W', 'F') : 3.0, ('L', 'R') : -2.4, ('I', 'I') : 4.0, ('Q', 'Q') : 3.0,  
 136  ('W', 'N') : -4.0, ('V', 'I') : 3.2, ('H', 'T') : -0.5, ('H', 'P') : -1.0,  
 137  ('W', 'V') : -2.9, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.6, ('Q', 'A') : -0.3,  
 138  ('H', 'H') : 6.1, ('H', 'D') : 0.4, ('L', 'N') : -3.1, ('Y', 'M') : -0.5,  
 139  ('Y', 'I') : -1.0, ('Y', 'E') : -3.0, ('E', 'S') : 0.1, ('Y', 'A') : -2.6,  
 140  ('Y', 'Y') : 8.1, ('T', 'C') : -0.6, ('E', 'C') : -3.2, ('Y', 'Q') : -1.8,  
 141  ('E', 'G') : -0.5, ('V', 'A') : 0.1, ('C', 'C') : 11.8, ('M', 'R') : -1.8,  
 142  ('P', 'T') : 0.1, ('V', 'E') : -2.1, ('P', 'P') : 7.5, ('I', 'T') : -0.3,  
 143  ('K', 'S') : 0.0, ('R', 'G') : -1.0, ('I', 'P') : -2.6, ('R', 'C') : -2.2,  
 144  ('A', 'T') : 0.7, ('K', 'K') : 3.4, ('A', 'P') : 0.4, ('V', 'M') : 1.8,  
 145  ('I', 'D') : -3.9, ('K', 'C') : -2.9, ('K', 'G') : -1.1, ('R', 'S') : -0.2,  
 146  ('F', 'Q') : -2.8, ('F', 'A') : -2.6, ('V', 'V') : 3.4, ('M', 'N') : -2.2,  
 147  ('F', 'E') : -4.3, ('D', 'N') : 2.2, ('F', 'I') : 0.9, ('F', 'M') : 1.3,  
 148  ('M', 'S') : -1.4, ('S', 'S') : 2.1, ('L', 'Q') : -1.7, ('W', 'E') : -4.7,  
 149  ('W', 'A') : -4.1, ('W', 'M') : -1.3, ('H', 'S') : -0.3, ('W', 'I') : -2.3,  
 150  ('S', 'C') : 0.1, ('L', 'A') : -1.4, ('L', 'E') : -3.1, ('W', 'Q') : -2.8,  
 151  ('H', 'G') : -1.6, ('Q', 'N') : 0.7, ('H', 'C') : -1.3, ('L', 'M') : 2.9,  
 152  ('W', 'Y') : 3.6, ('Y', 'N') : -1.4, ('E', 'P') : -0.7, ('Y', 'F') : 5.3,  
 153  ('E', 'T') : -0.2, ('A', 'A') : 2.4, ('I', 'N') : -2.8, ('G', 'A') : 0.6,  
 154  ('Y', 'V') : -1.4, ('E', 'D') : 2.9, ('W', 'H') : -1.0, ('Y', 'R') : -2.0,  
 155  ('M', 'Q') : -1.0, ('P', 'S') : 0.5, ('R', 'H') : 1.0, ('A', 'C') : 0.3,  
 156  ('R', 'D') : -0.5, ('K', 'P') : -0.8, ('L', 'D') : -4.2, ('K', 'T') : 0.1,  
 157  ('V', 'N') : -2.2, ('M', 'A') : -0.8, ('K', 'H') : 0.6, ('V', 'R') : -2.2,  
 158  ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -2.2, ('A', 'S') : 1.1, ('T', 'T') : 2.5,  
 159  ('R', 'T') : -0.3, ('I', 'G') : -4.3, ('R', 'P') : -0.1, ('K', 'D') : 0.4,  
 160  ('I', 'C') : -1.2, ('F', 'R') : -3.5, ('F', 'V') : 0.1, ('L', 'C') : -1.6,  
 161  ('F', 'F') : 7.2, ('D', 'A') : -0.3, ('F', 'N') : -3.2, ('W', 'D') : -5.5,  
 162  ('L', 'P') : -2.2, ('Q', 'S') : 0.1, ('N', 'C') : -1.8, ('N', 'G') : 0.4,  
 163  ('H', 'N') : 1.2, ('W', 'T') : -3.7, ('Q', 'G') : -1.1, ('W', 'P') : -5.2,  
 164  ('Q', 'C') : -2.6, ('N', 'S') : 0.9, ('L', 'H') : -1.9, ('L', 'L') : 4.2,  
 165  ('G', 'T') : -1.0, ('M', 'M') : 4.5, ('G', 'P') : -1.7, ('Y', 'K') : -2.4,  
 166  ('Y', 'G') : -4.3, ('Y', 'C') : -0.4, ('E', 'A') : -0.1, ('E', 'E') : 3.7,  
 167  ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.4, ('V', 'C') : -0.2, ('M', 'T') : -0.4,  
 168  ('V', 'G') : -3.1, ('R', 'E') : 0.3, ('V', 'K') : -1.9, ('K', 'Q') : 1.7,  
 169  ('R', 'A') : -0.8, ('I', 'R') : -2.6, ('N', 'A') : -0.2, ('V', 'S') : -1.0,  
 170  ('M', 'D') : -3.2, ('M', 'H') : -1.5, ('K', 'A') : -0.4, ('R', 'Q') : 1.6,  
 171  ('K', 'E') : 1.2, ('F', 'S') : -2.6, ('I', 'K') : -2.3, ('D', 'P') : -1.0,  
 172  ('D', 'T') : -0.2, ('I', 'M') : 2.6, ('F', 'C') : -0.7, ('W', 'L') : -0.9,  
 173  ('F', 'G') : -5.4, ('F', 'K') : -3.6, ('F', 'T') : -2.2, ('D', 'D') : 4.8,  
 174  ('Q', 'T') : -0.1, ('W', 'G') : -4.1, ('Q', 'P') : -0.2, ('W', 'C') : -0.9,  
 175  ('W', 'K') : -3.6, ('H', 'Q') : 1.4, ('Q', 'D') : 0.8, ('W', 'W') : 14.7,  
 176  ('V', 'L') : 1.9, ('L', 'G') : -4.6, ('W', 'S') : -3.4, ('L', 'K') : -2.4,  
 177  ('N', 'P') : -1.0, ('H', 'E') : 0.2, ('N', 'T') : 0.4, ('H', 'A') : -1.0,  
 178  ('Y', 'L') : -0.1, ('Y', 'H') : 2.5, ('G', 'S') : 0.4, ('Y', 'D') : -2.8,  
 179  ('V', 'Q') : -1.7, ('L', 'T') : -1.1, ('G', 'G') : 6.6, ('G', 'C') : -2.0,  
 180  ('E', 'N') : 1.0, ('Y', 'T') : -2.1, ('Y', 'P') : -3.4, ('R', 'N') : 0.3,  
 181  ('V', 'D') : -2.9, ('K', 'R') : 2.9, ('V', 'H') : -2.1, ('I', 'Q') : -2.0,  
 182  ('V', 'P') : -1.9, ('M', 'C') : -1.2, ('K', 'N') : 0.9, ('V', 'T') : 0.2,  
 183  ('M', 'G') : -3.5, ('T', 'S') : 1.4, ('I', 'E') : -2.9, ('M', 'K') : -1.5,  
 184  ('I', 'A') : -0.8, ('N', 'N') : 3.6, ('R', 'R') : 4.8, ('F', 'P') : -3.8,  
 185  ('L', 'I') : 2.8, ('I', 'S') : -1.8, ('D', 'S') : 0.4, ('L', 'S') : -2.2,  
 186  ('I', 'H') : -2.3, ('F', 'D') : -4.7, ('D', 'C') : -3.2, ('F', 'H') : 0.0,  
 187  ('D', 'G') : 0.2, ('F', 'L') : 2.1 
 188  } 
 189  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum100.cmp 
 190  blosum100 = { 
 191  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -4, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -1,  
 192  ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -4, ('W', 'R') : -4,  
 193  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 9, ('S', 'H') : -2,  
 194  ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -5, ('W', 'A') : -4, ('Y', 'M') : -3,  
 195  ('G', 'R') : -4, ('Y', 'I') : -3, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -4,  
 196  ('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -5, ('B', 'S') : -1, ('Y', 'Y') : 8,  
 197  ('G', 'N') : -2, ('E', 'C') : -6, ('Y', 'Q') : -3, ('Z', 'Z') : 4,  
 198  ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
 199  ('T', 'N') : -1, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 2, ('V', 'S') : -3,  
 200  ('Z', 'P') : -3, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -3,  
 201  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -3, ('I', 'H') : -5, ('I', 'D') : -6,  
 202  ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -4,  
 203  ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -4, ('X', 'L') : -2,  
 204  ('T', 'M') : -2, ('Z', 'C') : -6, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -3,  
 205  ('B', 'W') : -6, ('X', 'D') : -3, ('Z', 'K') : 0, ('F', 'A') : -4,  
 206  ('Z', 'W') : -4, ('F', 'E') : -5, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1,  
 207  ('X', 'X') : -2, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -2, ('X', 'T') : -1,  
 208  ('F', 'M') : -1, ('B', 'C') : -5, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3,  
 209  ('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -5, ('Q', 'R') : 0,  
 210  ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -3, ('Q', 'C') : -5, ('W', 'I') : -4,  
 211  ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -5,  
 212  ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -4, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : -1,  
 213  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -3,  
 214  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 0, ('G', 'E') : -4,  
 215  ('G', 'A') : -1, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3,  
 216  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : -2, ('C', 'D') : -5, ('V', 'F') : -2,  
 217  ('T', 'A') : -1, ('T', 'P') : -3, ('B', 'P') : -3, ('T', 'E') : -2,  
 218  ('V', 'N') : -4, ('P', 'G') : -4, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -2,  
 219  ('V', 'R') : -4, ('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -4, ('K', 'L') : -4,  
 220  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -2, ('I', 'G') : -6,  
 221  ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 8, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -2,  
 222  ('Z', 'D') : 0, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -2, ('Q', 'D') : -2,  
 223  ('X', 'G') : -3, ('Z', 'L') : -4, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : -1,  
 224  ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 7, ('X', 'W') : -4,  
 225  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : -1,  
 226  ('F', 'N') : -5, ('S', 'R') : -2, ('W', 'D') : -7, ('V', 'Y') : -3,  
 227  ('W', 'L') : -4, ('H', 'R') : -1, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 0,  
 228  ('W', 'T') : -5, ('T', 'T') : 6, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -6,  
 229  ('L', 'D') : -6, ('B', 'I') : -5, ('L', 'H') : -4, ('S', 'N') : 0,  
 230  ('B', 'T') : -2, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -4, ('E', 'Q') : 1,  
 231  ('Y', 'G') : -6, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -3,  
 232  ('B', 'V') : -5, ('E', 'A') : -2, ('Y', 'W') : 1, ('E', 'E') : 6,  
 233  ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -3,  
 234  ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -5, ('T', 'L') : -3, ('V', 'K') : -4,  
 235  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -2,  
 236  ('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -5, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -5,  
 237  ('V', 'W') : -4, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -4,  
 238  ('K', 'A') : -2, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 5,  
 239  ('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -2, ('Z', 'M') : -3, ('X', 'F') : -3,  
 240  ('K', 'C') : -5, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -4,  
 241  ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -2, ('F', 'G') : -5,  
 242  ('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : -2, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -3,  
 243  ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -5, ('Z', 'F') : -5,  
 244  ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -5, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 0,  
 245  ('L', 'C') : -3, ('W', 'N') : -6, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5,  
 246  ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -4,  
 247  ('H', 'A') : -3, ('S', 'M') : -3, ('Y', 'L') : -3, ('Y', 'H') : 1,  
 248  ('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -2, ('X', 'P') : -3, ('G', 'G') : 6,  
 249  ('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5,  
 250  ('T', 'K') : -2, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -2,  
 251  ('V', 'H') : -5, ('T', 'G') : -3, ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -2,  
 252  ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : -3, ('M', 'C') : -3,  
 253  ('K', 'N') : -1, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -5,  
 254  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -5, ('P', 'M') : -4, ('M', 'K') : -2,  
 255  ('I', 'A') : -3, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -2,  
 256  ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -2,  
 257  ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4,  
 258  ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -3, ('Z', 'R') : -1, ('F', 'H') : -2,  
 259  ('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -2, ('B', 'B') : 4 
 260  } 
 261  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum30.cmp 
 262  blosum30 = { 
 263  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 1,  
 264  ('Q', 'Q') : 8, ('N', 'A') : 0, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : 0,  
 265  ('Q', 'A') : 1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 14, ('S', 'H') : -1,  
 266  ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -2, ('W', 'A') : -5, ('Y', 'M') : -1,  
 267  ('G', 'R') : -2, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -3,  
 268  ('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -2, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 9,  
 269  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : 1, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 4,  
 270  ('V', 'A') : 1, ('C', 'C') : 17, ('M', 'R') : 0, ('V', 'E') : -3,  
 271  ('T', 'N') : 1, ('P', 'P') : 11, ('V', 'I') : 4, ('V', 'S') : -1,  
 272  ('Z', 'P') : 0, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -3,  
 273  ('K', 'K') : 4, ('P', 'D') : -1, ('I', 'H') : -2, ('I', 'D') : -4,  
 274  ('T', 'R') : -3, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -1, ('M', 'N') : 0,  
 275  ('P', 'H') : 1, ('F', 'Q') : -3, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : 0,  
 276  ('T', 'M') : 0, ('Z', 'C') : 0, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -1,  
 277  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -2,  
 278  ('Z', 'W') : -1, ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : 0,  
 279  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : 0, ('X', 'T') : 0,  
 280  ('F', 'M') : -2, ('B', 'C') : -2, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3,  
 281  ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -1, ('Q', 'R') : 3,  
 282  ('N', 'N') : 8, ('W', 'M') : -3, ('Q', 'C') : -2, ('W', 'I') : -3,  
 283  ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -1, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -1,  
 284  ('W', 'Q') : -1, ('H', 'G') : -3, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : -1,  
 285  ('N', 'R') : -2, ('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -4, ('G', 'Q') : -2,  
 286  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -3, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -2,  
 287  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 1, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : 0,  
 288  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : 0, ('C', 'D') : -3, ('V', 'F') : 1,  
 289  ('T', 'A') : 1, ('T', 'P') : 0, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -2,  
 290  ('V', 'N') : -2, ('P', 'G') : -1, ('M', 'A') : 1, ('K', 'H') : -2,  
 291  ('V', 'R') : -1, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -1, ('K', 'L') : -2,  
 292  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : 0, ('I', 'G') : -1,  
 293  ('P', 'K') : 1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : 0, ('I', 'C') : -2,  
 294  ('Z', 'D') : 0, ('F', 'R') : -1, ('X', 'K') : 0, ('Q', 'D') : -1,  
 295  ('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -1, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
 296  ('B', 'L') : -1, ('B', 'H') : -2, ('F', 'F') : 10, ('X', 'W') : -2,  
 297  ('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -2, ('X', 'S') : 0,  
 298  ('F', 'N') : -1, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -4, ('V', 'Y') : 1,  
 299  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : -1, ('W', 'H') : -5, ('H', 'N') : -1,  
 300  ('W', 'T') : -5, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -1, ('W', 'P') : -3,  
 301  ('L', 'D') : -1, ('B', 'I') : -2, ('L', 'H') : -1, ('S', 'N') : 0,  
 302  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -1, ('E', 'Q') : 2,  
 303  ('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -6, ('G', 'D') : -1,  
 304  ('B', 'V') : -2, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : 5, ('E', 'E') : 6,  
 305  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -1, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -2,  
 306  ('P', 'R') : -1, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : 0, ('V', 'K') : -2,  
 307  ('K', 'Q') : 0, ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
 308  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : 0, ('K', 'I') : -2, ('M', 'D') : -3,  
 309  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 20, ('M', 'H') : 2, ('P', 'N') : -3,  
 310  ('K', 'A') : 0, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 2, ('Z', 'E') : 5,  
 311  ('X', 'N') : 0, ('Z', 'A') : 0, ('Z', 'M') : -1, ('X', 'F') : -1,  
 312  ('K', 'C') : -3, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -2,  
 313  ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : 0, ('F', 'G') : -3,  
 314  ('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : 0, ('F', 'K') : -1, ('B', 'A') : 0,  
 315  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 9, ('W', 'G') : 1, ('Z', 'F') : -4,  
 316  ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -2, ('W', 'K') : -2, ('H', 'Q') : 0,  
 317  ('L', 'C') : 0, ('W', 'N') : -7, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -2,  
 318  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -1,  
 319  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : 3, ('Y', 'H') : 0,  
 320  ('Y', 'D') : -1, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -1, ('G', 'G') : 8,  
 321  ('G', 'C') : -4, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -1, ('Y', 'P') : -2,  
 322  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4, ('P', 'Q') : 0, ('T', 'C') : -2,  
 323  ('V', 'H') : -3, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -2, ('Z', 'T') : -1,  
 324  ('C', 'R') : -2, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : 1, ('M', 'C') : -2,  
 325  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 6, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -2,  
 326  ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -4, ('M', 'K') : 2,  
 327  ('I', 'A') : 0, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 8, ('X', 'M') : 0,  
 328  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : 0, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -1,  
 329  ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4,  
 330  ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -3,  
 331  ('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 2, ('X', 'Q') : 0, ('B', 'B') : 5 
 332  } 
 333  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum35.cmp 
 334  blosum35 = { 
 335  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : 1,  
 336  ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -1, ('W', 'R') : 0,  
 337  ('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 12, ('S', 'H') : -1,  
 338  ('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -2, ('W', 'A') : -2, ('Y', 'M') : 0,  
 339  ('G', 'R') : -2, ('Y', 'I') : 0, ('Y', 'E') : -1, ('B', 'Y') : -2,  
 340  ('Y', 'A') : -1, ('V', 'D') : -2, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8,  
 341  ('G', 'N') : 1, ('E', 'C') : -1, ('Y', 'Q') : 0, ('Z', 'Z') : 4,  
 342  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 15, ('M', 'R') : 0, ('V', 'E') : -2,  
 343  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 10, ('V', 'I') : 4, ('V', 'S') : -1,  
 344  ('Z', 'P') : 0, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -1, ('V', 'Q') : -3,  
 345  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -1, ('I', 'H') : -3, ('I', 'D') : -3,  
 346  ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -1, ('M', 'N') : -1,  
 347  ('P', 'H') : -1, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : 0,  
 348  ('T', 'M') : 0, ('Z', 'C') : -2, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -1,  
 349  ('B', 'W') : -3, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -2,  
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 352  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -2, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -2,  
 353  ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -1, ('Q', 'R') : 2,  
 354  ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : 1, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -1,  
 355  ('S', 'C') : -3, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 1, ('L', 'E') : -1,  
 356  ('W', 'Q') : -1, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 1,  
 357  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2,  
 358  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -2, ('V', 'L') : 2, ('G', 'E') : -2,  
 359  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : 0,  
 360  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -3, ('V', 'F') : 1,  
 361  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : 0, ('B', 'P') : -1, ('T', 'E') : -1,  
 362  ('V', 'N') : -2, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : 0, ('K', 'H') : -2,  
 363  ('V', 'R') : -1, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -2,  
 364  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : 0, ('I', 'G') : -3,  
 365  ('P', 'K') : 0, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -4,  
 366  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -1, ('X', 'K') : 0, ('Q', 'D') : -1,  
 367  ('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -2, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : -1,  
 368  ('B', 'L') : -2, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 8, ('X', 'W') : -1,  
 369  ('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : -1, ('S', 'L') : -2, ('X', 'S') : 0,  
 370  ('F', 'N') : -1, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -3, ('V', 'Y') : 0,  
 371  ('W', 'L') : 0, ('H', 'R') : -1, ('W', 'H') : -4, ('H', 'N') : 1,  
 372  ('W', 'T') : -2, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -1, ('W', 'P') : -4,  
 373  ('L', 'D') : -2, ('B', 'I') : -2, ('L', 'H') : -2, ('S', 'N') : 0,  
 374  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -1, ('E', 'Q') : 2,  
 375  ('Y', 'G') : -2, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -5, ('G', 'D') : -2,  
 376  ('B', 'V') : -2, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 3, ('E', 'E') : 6,  
 377  ('Y', 'S') : -1, ('C', 'N') : -1, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -2,  
 378  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : 0, ('V', 'K') : -2,  
 379  ('K', 'Q') : 0, ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
 380  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -1, ('K', 'I') : -2, ('M', 'D') : -3,  
 381  ('V', 'W') : -2, ('W', 'W') : 16, ('M', 'H') : 1, ('P', 'N') : -2,  
 382  ('K', 'A') : 0, ('M', 'L') : 3, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 5,  
 383  ('X', 'N') : 0, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -1,  
 384  ('K', 'C') : -2, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -2,  
 385  ('F', 'C') : -4, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : 0, ('F', 'G') : -3,  
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 389  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -2, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -3,  
 390  ('W', 'S') : -2, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -2,  
 391  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -1, ('Y', 'L') : 0, ('Y', 'H') : 0,  
 392  ('Y', 'D') : -2, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -1, ('G', 'G') : 7,  
 393  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3,  
 394  ('T', 'K') : 0, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : 0, ('T', 'C') : -1,  
 395  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -2, ('Z', 'T') : -1,  
 396  ('C', 'R') : -3, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : 0, ('M', 'C') : -4,  
 397  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -2, ('M', 'G') : -1,  
 398  ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : 0,  
 399  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -1, ('R', 'R') : 8, ('X', 'M') : 0,  
 400  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : 0, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -1,  
 401  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 4,  
 402  ('F', 'D') : -3, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -3,  
 403  ('B', 'F') : -2, ('F', 'L') : 2, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 5 
 404  } 
 405  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum40.cmp 
 406  blosum40 = { 
 407  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 1,  
 408  ('Q', 'Q') : 8, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -2,  
 409  ('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 13, ('S', 'H') : -1,  
 410  ('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -3, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : 1,  
 411  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : 0, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -3,  
 412  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 9,  
 413  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -2, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 5,  
 414  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 16, ('M', 'R') : -1, ('V', 'E') : -3,  
 415  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 11, ('V', 'I') : 4, ('V', 'S') : -1,  
 416  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -1, ('V', 'Q') : -3,  
 417  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -3, ('I', 'D') : -4,  
 418  ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
 419  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1,  
 420  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -3, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -1,  
 421  ('B', 'W') : -4, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3,  
 422  ('Z', 'W') : -2, ('F', 'E') : -3, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : 0,  
 423  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 1, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : 0,  
 424  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -2, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3,  
 425  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -2, ('Q', 'R') : 2,  
 426  ('N', 'N') : 8, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -4, ('W', 'I') : -3,  
 427  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -2,  
 428  ('W', 'Q') : -1, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 1,  
 429  ('N', 'R') : 0, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2,  
 430  ('Y', 'F') : 4, ('C', 'A') : -2, ('V', 'L') : 2, ('G', 'E') : -3,  
 431  ('G', 'A') : 1, ('K', 'R') : 3, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -1,  
 432  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -2, ('V', 'F') : 0,  
 433  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : 0, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1,  
 434  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -1, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1,  
 435  ('V', 'R') : -2, ('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -2,  
 436  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4,  
 437  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 7, ('K', 'D') : 0, ('I', 'C') : -4,  
 438  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -2, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : -1,  
 439  ('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -2, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
 440  ('B', 'L') : -3, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 9, ('X', 'W') : -2,  
 441  ('B', 'D') : 6, ('D', 'A') : -1, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : 0,  
 442  ('F', 'N') : -3, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -5, ('V', 'Y') : -1,  
 443  ('W', 'L') : -1, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -5, ('H', 'N') : 1,  
 444  ('W', 'T') : -4, ('T', 'T') : 6, ('S', 'F') : -2, ('W', 'P') : -4,  
 445  ('L', 'D') : -3, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -2, ('S', 'N') : 1,  
 446  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 6, ('Y', 'K') : -1, ('E', 'Q') : 2,  
 447  ('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -2,  
 448  ('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 3, ('E', 'E') : 7,  
 449  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -2, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -2,  
 450  ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -2,  
 451  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
 452  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -2, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -3,  
 453  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 19, ('M', 'H') : 1, ('P', 'N') : -2,  
 454  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 3, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 5,  
 455  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -1,  
 456  ('K', 'C') : -3, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -3,  
 457  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -3,  
 458  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -3, ('B', 'A') : -1,  
 459  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 9, ('W', 'G') : -2, ('Z', 'F') : -4,  
 460  ('S', 'Q') : 1, ('W', 'C') : -6, ('W', 'K') : -2, ('H', 'Q') : 0,  
 461  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
 462  ('W', 'S') : -5, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -2,  
 463  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : 0, ('Y', 'H') : 2,  
 464  ('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 8,  
 465  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -1, ('Y', 'P') : -3,  
 466  ('T', 'K') : 0, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -1,  
 467  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
 468  ('C', 'R') : -3, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : 0, ('M', 'C') : -3,  
 469  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 6, ('P', 'A') : -2, ('M', 'G') : -2,  
 470  ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -2, ('M', 'K') : -1,  
 471  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -2, ('R', 'R') : 9, ('X', 'M') : 0,  
 472  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1,  
 473  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 4,  
 474  ('F', 'D') : -4, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2,  
 475  ('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 2, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 5 
 476  } 
 477  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum45.cmp 
 478  blosum45 = { 
 479  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
 480  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -2,  
 481  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 10, ('S', 'H') : -1,  
 482  ('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -3, ('W', 'A') : -2, ('Y', 'M') : 0,  
 483  ('G', 'R') : -2, ('Y', 'I') : 0, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -2,  
 484  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8,  
 485  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -3, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 4,  
 486  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 12, ('M', 'R') : -1, ('V', 'E') : -3,  
 487  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 9, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -1,  
 488  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -1, ('V', 'Q') : -3,  
 489  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -1, ('I', 'H') : -3, ('I', 'D') : -4,  
 490  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
 491  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1,  
 492  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -3, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -1,  
 493  ('B', 'W') : -4, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -2,  
 494  ('Z', 'W') : -2, ('F', 'E') : -3, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : 0,  
 495  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : 0,  
 496  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -2, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3,  
 497  ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -3, ('Q', 'R') : 1,  
 498  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -2,  
 499  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -1, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -2,  
 500  ('W', 'Q') : -2, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : 0,  
 501  ('N', 'R') : 0, ('H', 'C') : -3, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2,  
 502  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -2,  
 503  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 3, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -1,  
 504  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -3, ('V', 'F') : 0,  
 505  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1,  
 506  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1,  
 507  ('V', 'R') : -2, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
 508  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 2, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4,  
 509  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : 0, ('I', 'C') : -3,  
 510  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -2, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 0,  
 511  ('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -2, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
 512  ('B', 'L') : -3, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 8, ('X', 'W') : -2,  
 513  ('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : 0,  
 514  ('F', 'N') : -2, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -4, ('V', 'Y') : -1,  
 515  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 1,  
 516  ('W', 'T') : -3, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -2, ('W', 'P') : -3,  
 517  ('L', 'D') : -3, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -2, ('S', 'N') : 1,  
 518  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -1, ('E', 'Q') : 2,  
 519  ('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -3, ('G', 'D') : -1,  
 520  ('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 3, ('E', 'E') : 6,  
 521  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -2, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
 522  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -2,  
 523  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
 524  ('P', 'F') : -3, ('I', 'N') : -2, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -3,  
 525  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 15, ('M', 'H') : 0, ('P', 'N') : -2,  
 526  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 4,  
 527  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -1, ('X', 'F') : -1,  
 528  ('K', 'C') : -3, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -2,  
 529  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -3,  
 530  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -3, ('B', 'A') : -1,  
 531  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -2, ('Z', 'F') : -3,  
 532  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -5, ('W', 'K') : -2, ('H', 'Q') : 1,  
 533  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -3,  
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 535  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : 0, ('Y', 'H') : 2,  
 536  ('Y', 'D') : -2, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -1, ('G', 'G') : 7,  
 537  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -1, ('Y', 'P') : -3,  
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 539  ('V', 'H') : -3, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -2, ('Z', 'T') : -1,  
 540  ('C', 'R') : -3, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : 0, ('M', 'C') : -2,  
 541  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -2,  
 542  ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -2, ('M', 'K') : -1,  
 543  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -2, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -1,  
 544  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1,  
 545  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 4,  
 546  ('F', 'D') : -4, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2,  
 547  ('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 1, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
 548  } 
 549  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum50.cmp 
 550  blosum50 = { 
 551  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
 552  ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3,  
 553  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 10, ('S', 'H') : -1,  
 554  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : 0,  
 555  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -3,  
 556  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8,  
 557  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -3, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 5,  
 558  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 13, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
 559  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 10, ('V', 'I') : 4, ('V', 'S') : -2,  
 560  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -3,  
 561  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -1, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -4,  
 562  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
 563  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1,  
 564  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -3, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -2,  
 565  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3,  
 566  ('Z', 'W') : -2, ('F', 'E') : -3, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : 0,  
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 568  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -3, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3,  
 569  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -3, ('Q', 'R') : 1,  
 570  ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -1, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -3,  
 571  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -3,  
 572  ('W', 'Q') : -1, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0,  
 573  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -3, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2,  
 574  ('Y', 'F') : 4, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -3,  
 575  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 3, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -1,  
 576  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -4, ('V', 'F') : -1,  
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 578  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : 0,  
 579  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
 580  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 2, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4,  
 581  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 7, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -2,  
 582  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 0,  
 583  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
 584  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 8, ('X', 'W') : -3,  
 585  ('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
 586  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -5, ('V', 'Y') : -1,  
 587  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 1,  
 588  ('W', 'T') : -3, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -4,  
 589  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -4, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1,  
 590  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2,  
 591  ('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -3, ('G', 'D') : -1,  
 592  ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 6,  
 593  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -2, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
 594  ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -3,  
 595  ('K', 'Q') : 2, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -1,  
 596  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4,  
 597  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 15, ('M', 'H') : -1, ('P', 'N') : -2,  
 598  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 3, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 5,  
 599  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -1, ('X', 'F') : -2,  
 600  ('K', 'C') : -3, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -3,  
 601  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -4,  
 602  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -2,  
 603  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 8, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -4,  
 604  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -5, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 1,  
 605  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
 606  ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -3,  
 607  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2,  
 608  ('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 8,  
 609  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3,  
 610  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -1, ('T', 'C') : -1,  
 611  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
 612  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -2,  
 613  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -3,  
 614  ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
 615  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -1,  
 616  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1,  
 617  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 4,  
 618  ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -1,  
 619  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 1, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 5 
 620  } 
 621  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum55.cmp 
 622  blosum55 = { 
 623  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
 624  ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3,  
 625  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 10, ('S', 'H') : -1,  
 626  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : 0,  
 627  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -3,  
 628  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8,  
 629  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -3, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 5,  
 630  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 13, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
 631  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 10, ('V', 'I') : 4, ('V', 'S') : -2,  
 632  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -3,  
 633  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -1, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -4,  
 634  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
 635  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1,  
 636  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -3, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -2,  
 637  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3,  
 638  ('Z', 'W') : -2, ('F', 'E') : -3, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : 0,  
 639  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : 0,  
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 641  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -3, ('Q', 'R') : 1,  
 642  ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -1, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -3,  
 643  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -3,  
 644  ('W', 'Q') : -1, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0,  
 645  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -3, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2,  
 646  ('Y', 'F') : 4, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -3,  
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 650  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : 0,  
 651  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
 652  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 2, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4,  
 653  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 7, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -2,  
 654  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 0,  
 655  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
 656  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 8, ('X', 'W') : -3,  
 657  ('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
 658  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -5, ('V', 'Y') : -1,  
 659  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 1,  
 660  ('W', 'T') : -3, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -4,  
 661  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -4, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1,  
 662  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2,  
 663  ('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -3, ('G', 'D') : -1,  
 664  ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 6,  
 665  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -2, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
 666  ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -3,  
 667  ('K', 'Q') : 2, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -1,  
 668  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4,  
 669  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 15, ('M', 'H') : -1, ('P', 'N') : -2,  
 670  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 3, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 5,  
 671  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -1, ('X', 'F') : -2,  
 672  ('K', 'C') : -3, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -3,  
 673  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -4,  
 674  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -2,  
 675  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 8, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -4,  
 676  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -5, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 1,  
 677  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
 678  ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -3,  
 679  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2,  
 680  ('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 8,  
 681  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3,  
 682  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -1, ('T', 'C') : -1,  
 683  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
 684  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -2,  
 685  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -3,  
 686  ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
 687  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -1,  
 688  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1,  
 689  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 4,  
 690  ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -1,  
 691  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 1, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 5 
 692  } 
 693  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum60.cmp 
 694  blosum60 = { 
 695  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
 696  ('Q', 'Q') : 5, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3,  
 697  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 7, ('S', 'H') : -1,  
 698  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -3, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -1,  
 699  ('G', 'R') : -2, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -2,  
 700  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 6,  
 701  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -3, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 3,  
 702  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -1, ('V', 'E') : -2,  
 703  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 7, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
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 709  ('B', 'W') : -4, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -2,  
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 713  ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -3, ('Q', 'R') : 1,  
 714  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -1, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -2,  
 715  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -1, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -3,  
 716  ('W', 'Q') : -2, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0,  
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 719  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -2,  
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 724  ('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -3,  
 725  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 5, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1,  
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 728  ('B', 'L') : -3, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 6, ('X', 'W') : -2,  
 729  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -2, ('X', 'S') : 0,  
 730  ('F', 'N') : -3, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -4, ('V', 'Y') : -1,  
 731  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -2, ('H', 'N') : 1,  
 732  ('W', 'T') : -2, ('T', 'T') : 4, ('S', 'F') : -2, ('W', 'P') : -4,  
 733  ('L', 'D') : -3, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1,  
 734  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2,  
 735  ('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -2, ('G', 'D') : -1,  
 736  ('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 5,  
 737  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -2, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
 738  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -2,  
 739  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
 740  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -3,  
 741  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 10, ('M', 'H') : -1, ('P', 'N') : -2,  
 742  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 4,  
 743  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -1, ('X', 'F') : -1,  
 744  ('K', 'C') : -3, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -3,  
 745  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -3,  
 746  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -3, ('B', 'A') : -2,  
 747  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -2, ('Z', 'F') : -3,  
 748  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -2, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 1,  
 749  ('L', 'C') : -1, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
 750  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -2,  
 751  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -1, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2,  
 752  ('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6,  
 753  ('G', 'C') : -2, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3,  
 754  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4, ('P', 'Q') : -1, ('T', 'C') : -1,  
 755  ('V', 'H') : -3, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
 756  ('C', 'R') : -3, ('V', 'P') : -2, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -1,  
 757  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 4, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -2,  
 758  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -2, ('M', 'K') : -1,  
 759  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 5, ('X', 'M') : -1,  
 760  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -1,  
 761  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 3,  
 762  ('F', 'D') : -3, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -1,  
 763  ('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
 764  } 
 765  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum62.cmp 
 766  blosum62 = { 
 767  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
 768  ('Q', 'Q') : 5, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3,  
 769  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1,  
 770  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -3, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -1,  
 771  ('G', 'R') : -2, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -3,  
 772  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7,  
 773  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -4, ('Y', 'Q') : -1, ('Z', 'Z') : 4,  
 774  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -1, ('V', 'E') : -2,  
 775  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 7, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
 776  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -2,  
 777  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -1, ('I', 'H') : -3, ('I', 'D') : -3,  
 778  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
 779  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -3, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1,  
 780  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -3, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -2,  
 781  ('B', 'W') : -4, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -2,  
 782  ('Z', 'W') : -3, ('F', 'E') : -3, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : 0,  
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 785  ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -3, ('Q', 'R') : 1,  
 786  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -1, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -3,  
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 791  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -2,  
 792  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -3, ('V', 'F') : -1,  
 793  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1,  
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 795  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -2,  
 796  ('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4,  
 797  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 5, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1,  
 798  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 0,  
 799  ('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
 800  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 6, ('X', 'W') : -2,  
 801  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -2, ('X', 'S') : 0,  
 802  ('F', 'N') : -3, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -4, ('V', 'Y') : -1,  
 803  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -2, ('H', 'N') : 1,  
 804  ('W', 'T') : -2, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -2, ('W', 'P') : -4,  
 805  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1,  
 806  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2,  
 807  ('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -2, ('G', 'D') : -1,  
 808  ('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 5,  
 809  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -3, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
 810  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -2,  
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 813  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : -2,  
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 819  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -2, ('Z', 'F') : -3,  
 820  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -2, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 0,  
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 822  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -2,  
 823  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -1, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2,  
 824  ('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6,  
 825  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3,  
 826  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4, ('P', 'Q') : -1, ('T', 'C') : -1,  
 827  ('V', 'H') : -3, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
 828  ('C', 'R') : -3, ('V', 'P') : -2, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -1,  
 829  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 4, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -3,  
 830  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -2, ('M', 'K') : -1,  
 831  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 5, ('X', 'M') : -1,  
 832  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -1,  
 833  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 3,  
 834  ('F', 'D') : -3, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -1,  
 835  ('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
 836  } 
 837  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum65.cmp 
 838  blosum65 = { 
 839  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -2, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
 840  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3,  
 841  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1,  
 842  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -1,  
 843  ('G', 'R') : -2, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('B', 'Y') : -3,  
 844  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7,  
 845  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -4, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4,  
 846  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
 847  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
 848  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -2,  
 849  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -3, ('I', 'D') : -3,  
 850  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
 851  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -3, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1,  
 852  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -4, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -2,  
 853  ('B', 'W') : -4, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -2,  
 854  ('Z', 'W') : -3, ('F', 'E') : -3, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : 0,  
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 857  ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -3, ('Q', 'R') : 1,  
 858  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -2,  
 859  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -3,  
 860  ('W', 'Q') : -2, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0,  
 861  ('N', 'R') : 0, ('H', 'C') : -3, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2,  
 862  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : 0, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -2,  
 863  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -2,  
 864  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -4, ('V', 'F') : -1,  
 865  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1,  
 866  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1,  
 867  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
 868  ('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4,  
 869  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1,  
 870  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 0,  
 871  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
 872  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 6, ('X', 'W') : -2,  
 873  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
 874  ('F', 'N') : -3, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -5, ('V', 'Y') : -1,  
 875  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -2, ('H', 'N') : 1,  
 876  ('W', 'T') : -3, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -2, ('W', 'P') : -4,  
 877  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1,  
 878  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2,  
 879  ('Y', 'G') : -3, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -2, ('G', 'D') : -1,  
 880  ('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 5,  
 881  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -3, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
 882  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -1, ('V', 'K') : -2,  
 883  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
 884  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -3,  
 885  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 10, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : -2,  
 886  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 4,  
 887  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
 888  ('K', 'C') : -3, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -3,  
 889  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -3,  
 890  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -3, ('B', 'A') : -2,  
 891  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -3,  
 892  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -2, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 1,  
 893  ('L', 'C') : -1, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
 894  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -2,  
 895  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2,  
 896  ('Y', 'D') : -3, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6,  
 897  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3,  
 898  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4, ('P', 'Q') : -1, ('T', 'C') : -1,  
 899  ('V', 'H') : -3, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
 900  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -2, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -2,  
 901  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 4, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -3,  
 902  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
 903  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1,  
 904  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -1,  
 905  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 3,  
 906  ('F', 'D') : -4, ('X', 'Y') : -1, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -1,  
 907  ('B', 'F') : -3, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
 908  } 
 909  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum70.cmp 
 910  blosum70 = { 
 911  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
 912  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -2, ('W', 'R') : -3,  
 913  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1,  
 914  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -1,  
 915  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -3, ('B', 'Y') : -3,  
 916  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7,  
 917  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -4, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4,  
 918  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
 919  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
 920  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -2,  
 921  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -4,  
 922  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
 923  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -3, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1,  
 924  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -4, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -2,  
 925  ('B', 'W') : -4, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -2,  
 926  ('Z', 'W') : -3, ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1,  
 927  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : -1,  
 928  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3,  
 929  ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -4, ('Q', 'R') : 1,  
 930  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -3,  
 931  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -3,  
 932  ('W', 'Q') : -2, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0,  
 933  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2,  
 934  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -2,  
 935  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -2,  
 936  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -4, ('V', 'F') : -1,  
 937  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1,  
 938  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -3, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1,  
 939  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
 940  ('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -4,  
 941  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1,  
 942  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : -1,  
 943  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
 944  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 6, ('X', 'W') : -3,  
 945  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
 946  ('F', 'N') : -3, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -5, ('V', 'Y') : -2,  
 947  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -2, ('H', 'N') : 0,  
 948  ('W', 'T') : -3, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -4,  
 949  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -4, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 0,  
 950  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2,  
 951  ('Y', 'G') : -4, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -3, ('G', 'D') : -2,  
 952  ('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 5,  
 953  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -3, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
 954  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -3,  
 955  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
 956  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -3,  
 957  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : -2,  
 958  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 4,  
 959  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
 960  ('K', 'C') : -4, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -3,  
 961  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -4,  
 962  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -3, ('B', 'A') : -2,  
 963  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -4,  
 964  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -3, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 1,  
 965  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
 966  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -3,  
 967  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2,  
 968  ('Y', 'D') : -4, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6,  
 969  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -3,  
 970  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -1,  
 971  ('V', 'H') : -3, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
 972  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -2,  
 973  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 4, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -3,  
 974  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
 975  ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1,  
 976  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -1,  
 977  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 3,  
 978  ('F', 'D') : -4, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -1,  
 979  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
 980  } 
 981  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum75.cmp 
 982  blosum75 = { 
 983  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
 984  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -3, ('W', 'R') : -3,  
 985  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1,  
 986  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -2,  
 987  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -3, ('B', 'Y') : -3,  
 988  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7,  
 989  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -5, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4,  
 990  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
 991  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
 992  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -2,  
 993  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -4,  
 994  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -3,  
 995  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -1,  
 996  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -4, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -2,  
 997  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3,  
 998  ('Z', 'W') : -3, ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1,  
 999  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : -1,  
1000  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3,  
1001  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -4, ('Q', 'R') : 1,  
1002  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -3, ('W', 'I') : -3,  
1003  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -4,  
1004  ('W', 'Q') : -2, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 0,  
1005  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -2,  
1006  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -3,  
1007  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -2,  
1008  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -4, ('V', 'F') : -1,  
1009  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1,  
1010  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -3, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1,  
1011  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
1012  ('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -5,  
1013  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -1,  
1014  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -3, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : -1,  
1015  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -2, ('Z', 'H') : 0,  
1016  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 6, ('X', 'W') : -3,  
1017  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
1018  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -5, ('V', 'Y') : -2,  
1019  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -2, ('H', 'N') : 0,  
1020  ('W', 'T') : -3, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -5,  
1021  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -4, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 0,  
1022  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -2, ('E', 'Q') : 2,  
1023  ('Y', 'G') : -4, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -3, ('G', 'D') : -2,  
1024  ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 5,  
1025  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -3, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
1026  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -3,  
1027  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
1028  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4,  
1029  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : -3,  
1030  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 4,  
1031  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
1032  ('K', 'C') : -4, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -3,  
1033  ('F', 'C') : -2, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -4,  
1034  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -2,  
1035  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -3, ('Z', 'F') : -4,  
1036  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -3, ('W', 'K') : -4, ('H', 'Q') : 1,  
1037  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
1038  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -3,  
1039  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 2,  
1040  ('Y', 'D') : -4, ('E', 'R') : 0, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6,  
1041  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -4,  
1042  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -1,  
1043  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
1044  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -2,  
1045  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 4, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -3,  
1046  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
1047  ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1,  
1048  ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -1,  
1049  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 3,  
1050  ('F', 'D') : -4, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2,  
1051  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
1052  } 
1053  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum80.cmp 
1054  blosum80 = { 
1055  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
1056  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -3, ('W', 'R') : -4,  
1057  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1,  
1058  ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -2,  
1059  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -3, ('B', 'Y') : -3,  
1060  ('Y', 'A') : -2, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7,  
1061  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -5, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4,  
1062  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
1063  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
1064  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -2, ('V', 'Q') : -3,  
1065  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -4,  
1066  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -3,  
1067  ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -3, ('X', 'L') : -2,  
1068  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -4, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -2,  
1069  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3,  
1070  ('Z', 'W') : -4, ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1,  
1071  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : -1,  
1072  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3,  
1073  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -4, ('Q', 'R') : 1,  
1074  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -4, ('W', 'I') : -3,  
1075  ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -4,  
1076  ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -3, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : 0,  
1077  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -2,  
1078  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -3,  
1079  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3,  
1080  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -4, ('V', 'F') : -1,  
1081  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -2, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1,  
1082  ('V', 'N') : -4, ('P', 'G') : -3, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1,  
1083  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
1084  ('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -5,  
1085  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -2,  
1086  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : -1,  
1087  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : 0,  
1088  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 6, ('X', 'W') : -3,  
1089  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
1090  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -6, ('V', 'Y') : -2,  
1091  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 0,  
1092  ('W', 'T') : -4, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -5,  
1093  ('L', 'D') : -5, ('B', 'I') : -4, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 0,  
1094  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -3, ('E', 'Q') : 2,  
1095  ('Y', 'G') : -4, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : -3, ('G', 'D') : -2,  
1096  ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 6,  
1097  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -3, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
1098  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -3,  
1099  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
1100  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4,  
1101  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : -3,  
1102  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 1, ('Z', 'E') : 4,  
1103  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
1104  ('K', 'C') : -4, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -3,  
1105  ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -4,  
1106  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -2,  
1107  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -4, ('Z', 'F') : -4,  
1108  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -3, ('W', 'K') : -4, ('H', 'Q') : 1,  
1109  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
1110  ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -3,  
1111  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : 2,  
1112  ('Y', 'D') : -4, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6,  
1113  ('G', 'C') : -4, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -4,  
1114  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -1,  
1115  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
1116  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : -2, ('M', 'C') : -2,  
1117  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -4,  
1118  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
1119  ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1,  
1120  ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -1,  
1121  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4,  
1122  ('F', 'D') : -4, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2,  
1123  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
1124  } 
1125  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum85.cmp 
1126  blosum85 = { 
1127  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -1, ('V', 'T') : 0,  
1128  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -3, ('W', 'R') : -4,  
1129  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -1,  
1130  ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -3, ('Y', 'M') : -2,  
1131  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -4,  
1132  ('Y', 'A') : -3, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 7,  
1133  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -5, ('Y', 'Q') : -2, ('Z', 'Z') : 4,  
1134  ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
1135  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
1136  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -3,  
1137  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -5,  
1138  ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -3,  
1139  ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -3, ('X', 'L') : -2,  
1140  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -5, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -2,  
1141  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3,  
1142  ('Z', 'W') : -4, ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1,  
1143  ('X', 'X') : -2, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -1, ('X', 'T') : -1,  
1144  ('F', 'M') : -1, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3,  
1145  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -4, ('Q', 'R') : 1,  
1146  ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -4, ('W', 'I') : -3,  
1147  ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -4,  
1148  ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -3, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : 0,  
1149  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -3,  
1150  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 0, ('G', 'E') : -3,  
1151  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3,  
1152  ('M', 'Q') : 0, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -5, ('V', 'F') : -1,  
1153  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -2, ('B', 'P') : -3, ('T', 'E') : -1,  
1154  ('V', 'N') : -4, ('P', 'G') : -3, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -1,  
1155  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -3, ('K', 'L') : -3,  
1156  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -5,  
1157  ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 7, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -2,  
1158  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : -1,  
1159  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -4, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : 0,  
1160  ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 7, ('X', 'W') : -3,  
1161  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
1162  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -6, ('V', 'Y') : -2,  
1163  ('W', 'L') : -3, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 0,  
1164  ('W', 'T') : -4, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -5,  
1165  ('L', 'D') : -5, ('B', 'I') : -5, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 0,  
1166  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 4, ('Y', 'K') : -3, ('E', 'Q') : 2,  
1167  ('Y', 'G') : -5, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -3, ('G', 'D') : -2,  
1168  ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 6,  
1169  ('Y', 'S') : -2, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -1, ('T', 'H') : -2,  
1170  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -3,  
1171  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -2,  
1172  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4,  
1173  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -3,  
1174  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 4,  
1175  ('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
1176  ('K', 'C') : -4, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -4,  
1177  ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -4,  
1178  ('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -2,  
1179  ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -4, ('Z', 'F') : -4,  
1180  ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -4, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 1,  
1181  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5,  
1182  ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -3,  
1183  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : 2,  
1184  ('Y', 'D') : -4, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6,  
1185  ('G', 'C') : -4, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -4,  
1186  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -2,  
1187  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2, ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -1,  
1188  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : -2, ('M', 'C') : -2,  
1189  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -4,  
1190  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
1191  ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1,  
1192  ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -1,  
1193  ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4,  
1194  ('F', 'D') : -4, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2,  
1195  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
1196  } 
1197  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum90.cmp 
1198  blosum90 = { 
1199  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -1,  
1200  ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -3, ('W', 'R') : -4,  
1201  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -2,  
1202  ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -4, ('Y', 'M') : -2,  
1203  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -4,  
1204  ('Y', 'A') : -3, ('V', 'D') : -5, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8,  
1205  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -6, ('Y', 'Q') : -3, ('Z', 'Z') : 4,  
1206  ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
1207  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
1208  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -3,  
1209  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -3, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -5,  
1210  ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -3,  
1211  ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -3, ('X', 'L') : -2,  
1212  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -5, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -3,  
1213  ('B', 'W') : -6, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -3,  
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1215  ('X', 'X') : -2, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -2, ('X', 'T') : -1,  
1216  ('F', 'M') : -1, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3,  
1217  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -5, ('Q', 'R') : 1,  
1218  ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -4, ('W', 'I') : -4,  
1219  ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -4,  
1220  ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -3, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : 0,  
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1223  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3,  
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1227  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -3, ('K', 'L') : -3,  
1228  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -5,  
1229  ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 7, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -2,  
1230  ('Z', 'D') : 0, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : -1,  
1231  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -4, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : 0,  
1232  ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 7, ('X', 'W') : -3,  
1233  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
1234  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -6, ('V', 'Y') : -3,  
1235  ('W', 'L') : -3, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 0,  
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1237  ('L', 'D') : -5, ('B', 'I') : -5, ('L', 'H') : -4, ('S', 'N') : 0,  
1238  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -3, ('E', 'Q') : 2,  
1239  ('Y', 'G') : -5, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -2,  
1240  ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 6,  
1241  ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -2,  
1242  ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -5, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -3,  
1243  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -2,  
1244  ('P', 'F') : -4, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -4,  
1245  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -3,  
1246  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 4,  
1247  ('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
1248  ('K', 'C') : -4, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -4,  
1249  ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -5,  
1250  ('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : -2, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -2,  
1251  ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -4, ('Z', 'F') : -4,  
1252  ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -4, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 1,  
1253  ('L', 'C') : -2, ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5,  
1254  ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -3,  
1255  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : 1,  
1256  ('Y', 'D') : -4, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 6,  
1257  ('G', 'C') : -4, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -4,  
1258  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -2,  
1259  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -3, ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -1,  
1260  ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -3, ('P', 'E') : -2, ('M', 'C') : -2,  
1261  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -4,  
1262  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
1263  ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1,  
1264  ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -2,  
1265  ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4,  
1266  ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2,  
1267  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
1268  } 
1269  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/blosum95.cmp 
1270  blosum95 = { 
1271  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -1,  
1272  ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -4, ('W', 'R') : -4,  
1273  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 9, ('S', 'H') : -2,  
1274  ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -5, ('W', 'A') : -4, ('Y', 'M') : -3,  
1275  ('G', 'R') : -4, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -4,  
1276  ('Y', 'A') : -3, ('V', 'D') : -5, ('B', 'S') : -1, ('Y', 'Y') : 8,  
1277  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -6, ('Y', 'Q') : -3, ('Z', 'Z') : 4,  
1278  ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
1279  ('T', 'N') : -1, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -3,  
1280  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -3,  
1281  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -3, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -5,  
1282  ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -3,  
1283  ('P', 'H') : -3, ('F', 'Q') : -4, ('Z', 'G') : -3, ('X', 'L') : -2,  
1284  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -5, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -3,  
1285  ('B', 'W') : -6, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : 0, ('F', 'A') : -3,  
1286  ('Z', 'W') : -4, ('F', 'E') : -5, ('D', 'N') : 1, ('B', 'K') : -1,  
1287  ('X', 'X') : -2, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -2, ('X', 'T') : -1,  
1288  ('F', 'M') : -1, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -3,  
1289  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -5, ('Q', 'R') : 0,  
1290  ('N', 'N') : 7, ('W', 'M') : -2, ('Q', 'C') : -4, ('W', 'I') : -4,  
1291  ('S', 'C') : -2, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : -1, ('L', 'E') : -4,  
1292  ('W', 'Q') : -3, ('H', 'G') : -3, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : 0,  
1293  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -3,  
1294  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -1, ('V', 'L') : 0, ('G', 'E') : -3,  
1295  ('G', 'A') : -1, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 1, ('Y', 'R') : -3,  
1296  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : -2, ('C', 'D') : -5, ('V', 'F') : -2,  
1297  ('T', 'A') : 0, ('T', 'P') : -2, ('B', 'P') : -3, ('T', 'E') : -2,  
1298  ('V', 'N') : -4, ('P', 'G') : -4, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -1,  
1299  ('V', 'R') : -4, ('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -3, ('K', 'L') : -3,  
1300  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -6,  
1301  ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 7, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -2,  
1302  ('Z', 'D') : 0, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : -1,  
1303  ('X', 'G') : -3, ('Z', 'L') : -4, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : 0,  
1304  ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 7, ('X', 'W') : -4,  
1305  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : -1,  
1306  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -2, ('W', 'D') : -6, ('V', 'Y') : -3,  
1307  ('W', 'L') : -3, ('H', 'R') : -1, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 0,  
1308  ('W', 'T') : -4, ('T', 'T') : 6, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -5,  
1309  ('L', 'D') : -5, ('B', 'I') : -5, ('L', 'H') : -4, ('S', 'N') : 0,  
1310  ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -3, ('E', 'Q') : 2,  
1311  ('Y', 'G') : -5, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -2,  
1312  ('B', 'V') : -5, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : 2, ('E', 'E') : 6,  
1313  ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -2,  
1314  ('P', 'R') : -3, ('V', 'G') : -5, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -3,  
1315  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -2,  
1316  ('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -5,  
1317  ('V', 'W') : -3, ('W', 'W') : 11, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -3,  
1318  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 4,  
1319  ('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
1320  ('K', 'C') : -5, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -2, ('B', 'M') : -4,  
1321  ('F', 'C') : -3, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -5,  
1322  ('B', 'E') : 0, ('X', 'V') : -2, ('F', 'K') : -4, ('B', 'A') : -3,  
1323  ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -5, ('Z', 'F') : -4,  
1324  ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -4, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 1,  
1325  ('L', 'C') : -3, ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5,  
1326  ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -3,  
1327  ('H', 'A') : -3, ('S', 'M') : -3, ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : 1,  
1328  ('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -3, ('G', 'G') : 6,  
1329  ('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5,  
1330  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -2, ('T', 'C') : -2,  
1331  ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -3, ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -2,  
1332  ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : -2, ('M', 'C') : -3,  
1333  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : -1, ('M', 'G') : -4,  
1334  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : -2,  
1335  ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -4, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -2,  
1336  ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -2, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -2,  
1337  ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 4,  
1338  ('F', 'D') : -5, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : -1, ('F', 'H') : -2,  
1339  ('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
1340  } 
1341  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/feng.cmp 
1342  feng = { 
1343  ('W', 'F') : 3, ('L', 'R') : 2, ('I', 'I') : 6, ('Q', 'Q') : 6,  
1344  ('W', 'N') : 0, ('V', 'I') : 5, ('H', 'T') : 2, ('H', 'P') : 3,  
1345  ('W', 'V') : 3, ('Q', 'E') : 4, ('W', 'R') : 2, ('Q', 'A') : 3,  
1346  ('H', 'H') : 6, ('H', 'D') : 3, ('L', 'N') : 1, ('Y', 'M') : 2,  
1347  ('Y', 'I') : 3, ('Y', 'E') : 1, ('E', 'S') : 3, ('Y', 'A') : 2,  
1348  ('Y', 'Y') : 6, ('T', 'C') : 2, ('E', 'C') : 0, ('Y', 'Q') : 2,  
1349  ('E', 'G') : 4, ('V', 'A') : 5, ('C', 'C') : 6, ('M', 'R') : 2,  
1350  ('P', 'T') : 4, ('V', 'E') : 4, ('P', 'P') : 6, ('I', 'T') : 3,  
1351  ('K', 'S') : 3, ('R', 'G') : 3, ('I', 'P') : 2, ('R', 'C') : 2,  
1352  ('A', 'T') : 5, ('K', 'K') : 6, ('A', 'P') : 5, ('V', 'M') : 4,  
1353  ('I', 'D') : 1, ('K', 'C') : 0, ('K', 'G') : 2, ('R', 'S') : 3,  
1354  ('F', 'Q') : 1, ('F', 'A') : 2, ('V', 'V') : 6, ('M', 'N') : 1,  
1355  ('F', 'E') : 0, ('D', 'N') : 5, ('F', 'I') : 4, ('F', 'M') : 2,  
1356  ('M', 'S') : 1, ('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : 2, ('W', 'E') : 1,  
1357  ('W', 'A') : 2, ('W', 'M') : 3, ('H', 'S') : 3, ('W', 'I') : 2,  
1358  ('S', 'C') : 4, ('L', 'A') : 2, ('L', 'E') : 1, ('W', 'Q') : 1,  
1359  ('H', 'G') : 1, ('Q', 'N') : 3, ('H', 'C') : 2, ('L', 'M') : 5,  
1360  ('W', 'Y') : 3, ('Y', 'N') : 3, ('E', 'P') : 3, ('Y', 'F') : 5,  
1361  ('E', 'T') : 3, ('A', 'A') : 6, ('I', 'N') : 2, ('G', 'A') : 5,  
1362  ('Y', 'V') : 3, ('E', 'D') : 5, ('W', 'H') : 1, ('Y', 'R') : 1,  
1363  ('M', 'Q') : 2, ('P', 'S') : 4, ('R', 'H') : 4, ('A', 'C') : 2,  
1364  ('R', 'D') : 2, ('K', 'P') : 2, ('L', 'D') : 1, ('K', 'T') : 4,  
1365  ('V', 'N') : 2, ('M', 'A') : 2, ('K', 'H') : 3, ('V', 'R') : 2,  
1366  ('P', 'C') : 2, ('M', 'E') : 1, ('A', 'S') : 5, ('T', 'T') : 6,  
1367  ('R', 'T') : 3, ('I', 'G') : 2, ('R', 'P') : 3, ('K', 'D') : 3,  
1368  ('I', 'C') : 2, ('F', 'R') : 1, ('F', 'V') : 4, ('L', 'C') : 2,  
1369  ('F', 'F') : 6, ('D', 'A') : 4, ('F', 'N') : 1, ('W', 'D') : 0,  
1370  ('L', 'P') : 3, ('Q', 'S') : 3, ('N', 'C') : 2, ('N', 'G') : 3,  
1371  ('H', 'N') : 4, ('W', 'T') : 1, ('Q', 'G') : 2, ('W', 'P') : 2,  
1372  ('Q', 'C') : 1, ('N', 'S') : 5, ('L', 'H') : 3, ('L', 'L') : 6,  
1373  ('G', 'T') : 2, ('M', 'M') : 6, ('G', 'P') : 3, ('Y', 'K') : 1,  
1374  ('Y', 'G') : 2, ('Y', 'C') : 3, ('E', 'A') : 4, ('E', 'E') : 6,  
1375  ('Y', 'S') : 3, ('M', 'P') : 2, ('V', 'C') : 2, ('M', 'T') : 3,  
1376  ('V', 'G') : 4, ('R', 'E') : 2, ('V', 'K') : 3, ('K', 'Q') : 4,  
1377  ('R', 'A') : 2, ('I', 'R') : 2, ('N', 'A') : 3, ('V', 'S') : 2,  
1378  ('M', 'D') : 0, ('M', 'H') : 1, ('K', 'A') : 3, ('R', 'Q') : 3,  
1379  ('K', 'E') : 4, ('F', 'S') : 3, ('I', 'K') : 2, ('D', 'P') : 2,  
1380  ('D', 'T') : 2, ('I', 'M') : 4, ('F', 'C') : 3, ('W', 'L') : 4,  
1381  ('F', 'G') : 1, ('F', 'K') : 0, ('F', 'T') : 1, ('D', 'D') : 6,  
1382  ('Q', 'T') : 3, ('W', 'G') : 3, ('Q', 'P') : 3, ('W', 'C') : 3,  
1383  ('W', 'K') : 1, ('H', 'Q') : 4, ('Q', 'D') : 4, ('W', 'W') : 6,  
1384  ('V', 'L') : 5, ('L', 'G') : 2, ('W', 'S') : 2, ('L', 'K') : 2,  
1385  ('N', 'P') : 2, ('H', 'E') : 2, ('N', 'T') : 4, ('H', 'A') : 2,  
1386  ('Y', 'L') : 3, ('Y', 'H') : 3, ('G', 'S') : 5, ('Y', 'D') : 2,  
1387  ('V', 'Q') : 2, ('L', 'T') : 2, ('G', 'G') : 6, ('G', 'C') : 3,  
1388  ('E', 'N') : 3, ('Y', 'T') : 2, ('Y', 'P') : 2, ('R', 'N') : 2,  
1389  ('V', 'D') : 3, ('K', 'R') : 5, ('V', 'H') : 1, ('I', 'Q') : 1,  
1390  ('V', 'P') : 3, ('M', 'C') : 2, ('K', 'N') : 4, ('V', 'T') : 3,  
1391  ('M', 'G') : 1, ('T', 'S') : 5, ('I', 'E') : 1, ('M', 'K') : 2,  
1392  ('I', 'A') : 2, ('N', 'N') : 6, ('R', 'R') : 6, ('F', 'P') : 2,  
1393  ('L', 'I') : 5, ('I', 'S') : 2, ('D', 'S') : 3, ('L', 'S') : 2,  
1394  ('I', 'H') : 1, ('F', 'D') : 1, ('D', 'C') : 1, ('F', 'H') : 2,  
1395  ('D', 'G') : 4, ('F', 'L') : 4 
1396  } 
1397  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/fitch.cmp 
1398  fitch = { 
1399  ('W', 'F') : 2, ('U', 'I') : 1, ('W', 'T') : 0, ('R', 'R') : 3,  
1400  ('N', 'M') : 1, ('U', 'M') : 2, ('U', 'O') : 1, ('N', 'A') : 2,  
1401  ('U', 'A') : 1, ('N', 'C') : 1, ('U', 'C') : 1, ('N', 'E') : 2,  
1402  ('U', 'E') : 1, ('W', 'H') : 1, ('W', 'R') : 1, ('W', 'V') : 2,  
1403  ('Q', 'E') : 1, ('S', 'S') : 3, ('T', 'T') : 3, ('S', 'F') : 2,  
1404  ('Q', 'A') : 1, ('Q', 'C') : 1, ('H', 'F') : 1, ('S', 'H') : 1,  
1405  ('L', 'H') : 1, ('S', 'N') : 2, ('Q', 'I') : 2, ('S', 'L') : 2,  
1406  ('L', 'L') : 3, ('Y', 'M') : 1, ('M', 'M') : 3, ('Y', 'I') : 1,  
1407  ('W', 'N') : 2, ('Y', 'R') : 2, ('Y', 'E') : 1, ('O', 'O') : 3,  
1408  ('Y', 'A') : 2, ('Y', 'C') : 2, ('U', 'S') : 2, ('Y', 'U') : 2,  
1409  ('Q', 'Q') : 3, ('E', 'A') : 1, ('N', 'L') : 1, ('E', 'C') : 1,  
1410  ('W', 'W') : 3, ('E', 'E') : 3, ('Y', 'S') : 2, ('V', 'A') : 2,  
1411  ('C', 'C') : 3, ('V', 'C') : 2, ('T', 'H') : 0, ('V', 'E') : 1,  
1412  ('T', 'N') : 0, ('O', 'I') : 1, ('R', 'E') : 2, ('O', 'E') : 1,  
1413  ('R', 'A') : 1, ('O', 'C') : 2, ('R', 'C') : 2, ('O', 'A') : 2,  
1414  ('V', 'Q') : 1, ('V', 'M') : 2, ('V', 'S') : 1, ('Q', 'O') : 2,  
1415  ('I', 'H') : 1, ('M', 'F') : 1, ('R', 'Q') : 2, ('M', 'H') : 0,  
1416  ('O', 'F') : 2, ('T', 'F') : 1, ('M', 'I') : 2, ('M', 'L') : 1,  
1417  ('V', 'T') : 1, ('Q', 'H') : 2, ('Q', 'N') : 1, ('T', 'M') : 1,  
1418  ('W', 'M') : 2, ('Y', 'Y') : 3, ('T', 'S') : 2, ('R', 'O') : 1,  
1419  ('T', 'R') : 2, ('H', 'H') : 3, ('F', 'A') : 1, ('F', 'C') : 2,  
1420  ('F', 'E') : 1, ('W', 'L') : 1, ('T', 'L') : 1, ('U', 'R') : 2,  
1421  ('U', 'H') : 2, ('N', 'H') : 2, ('U', 'Q') : 2, ('W', 'E') : 2,  
1422  ('U', 'L') : 1, ('W', 'C') : 1, ('U', 'N') : 1, ('W', 'A') : 1,  
1423  ('W', 'O') : 1, ('I', 'F') : 0, ('U', 'F') : 2, ('N', 'F') : 1,  
1424  ('L', 'C') : 1, ('S', 'C') : 2, ('L', 'A') : 2, ('S', 'A') : 1,  
1425  ('W', 'S') : 2, ('L', 'E') : 2, ('S', 'E') : 2, ('Q', 'L') : 1,  
1426  ('H', 'E') : 1, ('S', 'I') : 1, ('H', 'C') : 1, ('S', 'O') : 2,  
1427  ('H', 'A') : 2, ('S', 'M') : 1, ('Y', 'L') : 2, ('Y', 'N') : 1,  
1428  ('Y', 'H') : 1, ('O', 'M') : 0, ('Y', 'Q') : 1, ('Y', 'F') : 1,  
1429  ('W', 'I') : 1, ('C', 'A') : 1, ('R', 'I') : 2, ('Y', 'O') : 1,  
1430  ('Q', 'M') : 1, ('S', 'Q') : 2, ('U', 'T') : 2, ('Y', 'T') : 2,  
1431  ('Y', 'V') : 2, ('O', 'L') : 1, ('R', 'N') : 1, ('A', 'A') : 3,  
1432  ('N', 'I') : 2, ('R', 'L') : 1, ('T', 'I') : 1, ('L', 'F') : 1,  
1433  ('T', 'O') : 1, ('R', 'H') : 2, ('O', 'H') : 2, ('V', 'F') : 2,  
1434  ('T', 'C') : 2, ('V', 'H') : 1, ('T', 'A') : 0, ('R', 'F') : 1,  
1435  ('V', 'L') : 2, ('T', 'E') : 1, ('V', 'N') : 1, ('M', 'A') : 0,  
1436  ('Q', 'F') : 1, ('M', 'C') : 0, ('W', 'U') : 2, ('I', 'I') : 3,  
1437  ('V', 'V') : 3, ('O', 'N') : 2, ('I', 'E') : 2, ('T', 'Q') : 2,  
1438  ('I', 'A') : 1, ('N', 'N') : 3, ('I', 'C') : 0, ('S', 'R') : 2,  
1439  ('V', 'R') : 1, ('L', 'I') : 1, ('V', 'I') : 1, ('R', 'M') : 2,  
1440  ('Y', 'W') : 1, ('M', 'E') : 2, ('V', 'U') : 2, ('W', 'Q') : 0,  
1441  ('U', 'U') : 3, ('V', 'O') : 1, ('F', 'F') : 3 
1442  } 
1443  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/genetic.cmp 
1444  genetic = { 
1445  ('W', 'F') : 0.0, ('L', 'R') : -0.4, ('I', 'I') : 4.1, ('Q', 'Q') : 5.5,  
1446  ('W', 'N') : -3.0, ('V', 'I') : 1.0, ('H', 'T') : -1.8, ('H', 'P') : 0.7,  
1447  ('W', 'V') : -2.1, ('Q', 'E') : 2.0, ('W', 'R') : 1.8, ('Q', 'A') : -2.1,  
1448  ('H', 'H') : 4.7, ('H', 'D') : 1.7, ('L', 'N') : -2.2, ('Y', 'M') : -2.9,  
1449  ('Y', 'I') : -1.6, ('Y', 'E') : -0.9, ('E', 'S') : -2.8, ('Y', 'A') : -2.4,  
1450  ('Y', 'Y') : 6.5, ('T', 'C') : -1.9, ('E', 'C') : -3.0, ('Y', 'Q') : -0.8,  
1451  ('E', 'G') : 1.4, ('V', 'A') : 1.0, ('C', 'C') : 5.5, ('M', 'R') : -0.4,  
1452  ('P', 'T') : 1.1, ('V', 'E') : 1.3, ('P', 'P') : 3.8, ('I', 'T') : 0.8,  
1453  ('K', 'S') : -1.5, ('R', 'G') : 0.8, ('I', 'P') : -1.6, ('R', 'C') : 0.7,  
1454  ('A', 'T') : 0.9, ('K', 'K') : 5.6, ('A', 'P') : 0.8, ('V', 'M') : 1.0,  
1455  ('I', 'D') : -2.1, ('K', 'C') : -3.2, ('K', 'G') : -2.2, ('R', 'S') : 0.3,  
1456  ('F', 'Q') : -2.1, ('F', 'A') : -2.4, ('V', 'V') : 4.1, ('M', 'N') : 0.1,  
1457  ('F', 'E') : -2.9, ('D', 'N') : 1.7, ('F', 'I') : 1.3, ('F', 'M') : 0.5,  
1458  ('M', 'S') : -1.3, ('S', 'S') : 2.6, ('L', 'Q') : 0.1, ('W', 'E') : -3.2,  
1459  ('W', 'A') : -2.2, ('W', 'M') : -2.0, ('H', 'S') : -1.6, ('W', 'I') : -2.2,  
1460  ('S', 'C') : 1.5, ('L', 'A') : -2.3, ('L', 'E') : -2.5, ('W', 'Q') : -2.3,  
1461  ('H', 'G') : -2.2, ('Q', 'N') : 0.4, ('H', 'C') : -1.6, ('L', 'M') : 1.5,  
1462  ('W', 'Y') : -0.5, ('Y', 'N') : 2.5, ('E', 'P') : -2.1, ('Y', 'F') : 2.0,  
1463  ('E', 'T') : -2.1, ('A', 'A') : 4.0, ('I', 'N') : 0.9, ('G', 'A') : 1.2,  
1464  ('Y', 'V') : -2.2, ('E', 'D') : 3.8, ('W', 'H') : -2.1, ('Y', 'R') : -1.9,  
1465  ('M', 'Q') : -1.2, ('P', 'S') : 0.4, ('R', 'H') : 3.6, ('A', 'C') : -1.9,  
1466  ('R', 'D') : -2.3, ('K', 'P') : -1.5, ('L', 'D') : -2.4, ('K', 'T') : 1.0,  
1467  ('V', 'N') : -2.2, ('M', 'A') : -2.0, ('K', 'H') : 0.6, ('V', 'R') : -2.1,  
1468  ('P', 'C') : -1.9, ('M', 'E') : -1.8, ('A', 'S') : 0.1, ('T', 'T') : 4.0,  
1469  ('R', 'T') : -0.6, ('I', 'G') : -2.5, ('R', 'P') : 0.3, ('K', 'D') : 0.3,  
1470  ('I', 'C') : -1.9, ('F', 'R') : -1.5, ('F', 'V') : 1.0, ('L', 'C') : -1.3,  
1471  ('F', 'F') : 4.5, ('D', 'A') : 1.0, ('F', 'N') : -1.3, ('W', 'D') : -2.9,  
1472  ('L', 'P') : 0.0, ('Q', 'S') : -2.3, ('N', 'C') : -1.5, ('N', 'G') : -2.6,  
1473  ('H', 'N') : 1.8, ('W', 'T') : -2.2, ('Q', 'G') : -2.1, ('W', 'P') : -1.6,  
1474  ('Q', 'C') : -3.1, ('N', 'S') : -0.3, ('L', 'H') : -0.1, ('L', 'L') : 3.4,  
1475  ('G', 'T') : -2.1, ('M', 'M') : 5.4, ('G', 'P') : -1.8, ('Y', 'K') : -0.8,  
1476  ('Y', 'G') : -1.8, ('Y', 'C') : 2.6, ('E', 'A') : 1.3, ('E', 'E') : 5.7,  
1477  ('Y', 'S') : 0.3, ('M', 'P') : -1.4, ('V', 'C') : -2.2, ('M', 'T') : 0.7,  
1478  ('V', 'G') : 1.1, ('R', 'E') : -2.0, ('V', 'K') : -2.1, ('K', 'Q') : 2.2,  
1479  ('R', 'A') : -1.6, ('I', 'R') : -1.2, ('N', 'A') : -1.7, ('V', 'S') : -2.2,  
1480  ('M', 'D') : -2.5, ('M', 'H') : -1.8, ('K', 'A') : -1.9, ('R', 'Q') : 0.3,  
1481  ('K', 'E') : 2.0, ('F', 'S') : 0.0, ('I', 'K') : 0.7, ('D', 'P') : -2.2,  
1482  ('D', 'T') : -2.1, ('I', 'M') : 3.3, ('F', 'C') : 1.8, ('W', 'L') : -0.3,  
1483  ('F', 'G') : -1.9, ('F', 'K') : -2.8, ('F', 'T') : -2.1, ('D', 'D') : 4.8,  
1484  ('Q', 'T') : -1.7, ('W', 'G') : 1.4, ('Q', 'P') : 1.0, ('W', 'C') : 4.1,  
1485  ('W', 'K') : -3.0, ('H', 'Q') : 3.6, ('Q', 'D') : 0.3, ('W', 'W') : 7.5,  
1486  ('V', 'L') : 1.1, ('L', 'G') : -2.2, ('W', 'S') : 0.8, ('L', 'K') : -2.0,  
1487  ('N', 'P') : -1.6, ('H', 'E') : 0.3, ('N', 'T') : 0.9, ('H', 'A') : -2.1,  
1488  ('Y', 'L') : -1.6, ('Y', 'H') : 2.3, ('G', 'S') : -0.6, ('Y', 'D') : 2.3,  
1489  ('V', 'Q') : -2.0, ('L', 'T') : -1.9, ('G', 'G') : 4.2, ('G', 'C') : 1.0,  
1490  ('E', 'N') : 0.3, ('Y', 'T') : -2.1, ('Y', 'P') : -2.3, ('R', 'N') : -1.5,  
1491  ('V', 'D') : 1.0, ('K', 'R') : -0.2, ('V', 'H') : -2.1, ('I', 'Q') : -1.9,  
1492  ('V', 'P') : -2.1, ('M', 'C') : -2.7, ('K', 'N') : 3.5, ('V', 'T') : -2.2,  
1493  ('M', 'G') : -2.3, ('T', 'S') : 1.0, ('I', 'E') : -2.3, ('M', 'K') : 1.6,  
1494  ('I', 'A') : -1.8, ('N', 'N') : 4.7, ('R', 'R') : 2.9, ('F', 'P') : -1.8,  
1495  ('L', 'I') : 1.2, ('I', 'S') : -0.5, ('D', 'S') : -2.1, ('L', 'S') : -1.2,  
1496  ('I', 'H') : -1.8, ('F', 'D') : -1.7, ('D', 'C') : -1.6, ('F', 'H') : -1.1,  
1497  ('D', 'G') : 1.1, ('F', 'L') : 2.2 
1498  } 
1499  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/gonnet.cmp 
1500  gonnet = { 
1501  ('W', 'F') : 3.6, ('L', 'R') : -2.2, ('I', 'I') : 4.0, ('Q', 'Q') : 2.7,  
1502  ('W', 'N') : -3.6, ('V', 'I') : 3.1, ('H', 'T') : -0.3, ('H', 'P') : -1.1,  
1503  ('W', 'V') : -2.6, ('Q', 'E') : 1.7, ('W', 'R') : -1.6, ('Q', 'A') : -0.2,  
1504  ('H', 'H') : 6.0, ('H', 'D') : 0.4, ('L', 'N') : -3.0, ('Y', 'M') : -0.2,  
1505  ('Y', 'I') : -0.7, ('Y', 'E') : -2.7, ('E', 'S') : 0.2, ('Y', 'A') : -2.2,  
1506  ('Y', 'Y') : 7.8, ('T', 'C') : -0.5, ('E', 'C') : -3.0, ('Y', 'Q') : -1.7,  
1507  ('E', 'G') : -0.8, ('V', 'A') : 0.1, ('C', 'C') : 11.5, ('M', 'R') : -1.7,  
1508  ('P', 'T') : 0.1, ('V', 'E') : -1.9, ('P', 'P') : 7.6, ('I', 'T') : -0.6,  
1509  ('K', 'S') : 0.1, ('R', 'G') : -1.0, ('I', 'P') : -2.6, ('R', 'C') : -2.2,  
1510  ('A', 'T') : 0.6, ('K', 'K') : 3.2, ('A', 'P') : 0.3, ('V', 'M') : 1.6,  
1511  ('I', 'D') : -3.8, ('K', 'C') : -2.8, ('K', 'G') : -1.1, ('R', 'S') : -0.2,  
1512  ('F', 'Q') : -2.6, ('F', 'A') : -2.3, ('V', 'V') : 3.4, ('M', 'N') : -2.2,  
1513  ('F', 'E') : -3.9, ('D', 'N') : 2.2, ('F', 'I') : 1.0, ('F', 'M') : 1.6,  
1514  ('M', 'S') : -1.4, ('S', 'S') : 2.2, ('L', 'Q') : -1.6, ('W', 'E') : -4.3,  
1515  ('W', 'A') : -3.6, ('W', 'M') : -1.0, ('H', 'S') : -0.2, ('W', 'I') : -1.8,  
1516  ('S', 'C') : 0.1, ('L', 'A') : -1.2, ('L', 'E') : -2.8, ('W', 'Q') : -2.7,  
1517  ('H', 'G') : -1.4, ('Q', 'N') : 0.7, ('H', 'C') : -1.3, ('L', 'M') : 2.8,  
1518  ('W', 'Y') : 4.1, ('Y', 'N') : -1.4, ('E', 'P') : -0.5, ('Y', 'F') : 5.1,  
1519  ('E', 'T') : -0.1, ('A', 'A') : 2.4, ('I', 'N') : -2.8, ('G', 'A') : 0.5,  
1520  ('Y', 'V') : -1.1, ('E', 'D') : 2.7, ('W', 'H') : -0.8, ('Y', 'R') : -1.8,  
1521  ('M', 'Q') : -1.0, ('P', 'S') : 0.4, ('R', 'H') : 0.6, ('A', 'C') : 0.5,  
1522  ('R', 'D') : -0.3, ('K', 'P') : -0.6, ('L', 'D') : -4.0, ('K', 'T') : 0.1,  
1523  ('V', 'N') : -2.2, ('M', 'A') : -0.7, ('K', 'H') : 0.6, ('V', 'R') : -2.0,  
1524  ('P', 'C') : -3.1, ('M', 'E') : -2.0, ('A', 'S') : 1.1, ('T', 'T') : 2.5,  
1525  ('R', 'T') : -0.2, ('I', 'G') : -4.5, ('R', 'P') : -0.9, ('K', 'D') : 0.5,  
1526  ('I', 'C') : -1.1, ('F', 'R') : -3.2, ('F', 'V') : 0.1, ('L', 'C') : -1.5,  
1527  ('F', 'F') : 7.0, ('D', 'A') : -0.3, ('F', 'N') : -3.1, ('W', 'D') : -5.2,  
1528  ('L', 'P') : -2.3, ('Q', 'S') : 0.2, ('N', 'C') : -1.8, ('N', 'G') : 0.4,  
1529  ('H', 'N') : 1.2, ('W', 'T') : -3.5, ('Q', 'G') : -1.0, ('W', 'P') : -5.0,  
1530  ('Q', 'C') : -2.4, ('N', 'S') : 0.9, ('L', 'H') : -1.9, ('L', 'L') : 4.0,  
1531  ('G', 'T') : -1.1, ('M', 'M') : 4.3, ('G', 'P') : -1.6, ('Y', 'K') : -2.1,  
1532  ('Y', 'G') : -4.0, ('Y', 'C') : -0.5, ('E', 'A') : 0.0, ('E', 'E') : 3.6,  
1533  ('Y', 'S') : -1.9, ('M', 'P') : -2.4, ('V', 'C') : 0.0, ('M', 'T') : -0.6,  
1534  ('V', 'G') : -3.3, ('R', 'E') : 0.4, ('V', 'K') : -1.7, ('K', 'Q') : 1.5,  
1535  ('R', 'A') : -0.6, ('I', 'R') : -2.4, ('N', 'A') : -0.3, ('V', 'S') : -1.0,  
1536  ('M', 'D') : -3.0, ('M', 'H') : -1.3, ('K', 'A') : -0.4, ('R', 'Q') : 1.5,  
1537  ('K', 'E') : 1.2, ('F', 'S') : -2.8, ('I', 'K') : -2.1, ('D', 'P') : -0.7,  
1538  ('D', 'T') : 0.0, ('I', 'M') : 2.5, ('F', 'C') : -0.8, ('W', 'L') : -0.7,  
1539  ('F', 'G') : -5.2, ('F', 'K') : -3.3, ('F', 'T') : -2.2, ('D', 'D') : 4.7,  
1540  ('Q', 'T') : 0.0, ('W', 'G') : -4.0, ('Q', 'P') : -0.2, ('W', 'C') : -1.0,  
1541  ('W', 'K') : -3.5, ('H', 'Q') : 1.2, ('Q', 'D') : 0.9, ('W', 'W') : 14.2,  
1542  ('V', 'L') : 1.8, ('L', 'G') : -4.4, ('W', 'S') : -3.3, ('L', 'K') : -2.1,  
1543  ('N', 'P') : -0.9, ('H', 'E') : 0.4, ('N', 'T') : 0.5, ('H', 'A') : -0.8,  
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1546  ('E', 'N') : 0.9, ('Y', 'T') : -1.9, ('Y', 'P') : -3.1, ('R', 'N') : 0.3,  
1547  ('V', 'D') : -2.9, ('K', 'R') : 2.7, ('V', 'H') : -2.0, ('I', 'Q') : -1.9,  
1548  ('V', 'P') : -1.8, ('M', 'C') : -0.9, ('K', 'N') : 0.8, ('V', 'T') : 0.0,  
1549  ('M', 'G') : -3.5, ('T', 'S') : 1.5, ('I', 'E') : -2.7, ('M', 'K') : -1.4,  
1550  ('I', 'A') : -0.8, ('N', 'N') : 3.8, ('R', 'R') : 4.7, ('F', 'P') : -3.8,  
1551  ('L', 'I') : 2.8, ('I', 'S') : -1.8, ('D', 'S') : 0.5, ('L', 'S') : -2.1,  
1552  ('I', 'H') : -2.2, ('F', 'D') : -4.5, ('D', 'C') : -3.2, ('F', 'H') : -0.1,  
1553  ('D', 'G') : 0.1, ('F', 'L') : 2.0 
1554  } 
1555  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/grant.cmp 
1556  grant = { 
1557  ('L', 'R') : 103, ('I', 'I') : 215, ('Q', 'Q') : 215, ('N', 'E') : 150,  
1558  ('Q', 'Y') : 128, ('H', 'P') : 138, ('W', 'V') : 186, ('Q', 'E') : 173,  
1559  ('H', 'L') : 129, ('W', 'R') : 118, ('H', 'H') : 215, ('N', 'Q') : 169,  
1560  ('U', 'S') : 70, ('N', 'U') : 62, ('G', 'V') : 94, ('G', 'R') : 161,  
1561  ('I', 'N') : 121, ('Y', 'E') : 156, ('E', 'S') : 157, ('G', 'F') : 75,  
1562  ('Y', 'Y') : 215, ('R', 'R') : 215, ('Y', 'U') : 77, ('C', 'C') : 215,  
1563  ('M', 'R') : 124, ('V', 'E') : 146, ('T', 'N') : 41, ('M', 'V') : 194,  
1564  ('P', 'P') : 215, ('A', 'L') : 89, ('V', 'S') : 91, ('O', 'E') : 123,  
1565  ('I', 'P') : 112, ('T', 'F') : 175, ('I', 'L') : 109, ('C', 'S') : 103,  
1566  ('A', 'P') : 107, ('C', 'W') : 17, ('M', 'F') : 187, ('O', 'Y') : 68,  
1567  ('T', 'R') : 114, ('O', 'U') : 179, ('V', 'R') : 119, ('U', 'R') : 113,  
1568  ('R', 'S') : 105, ('F', 'U') : 193, ('F', 'Y') : 62, ('M', 'N') : 73,  
1569  ('F', 'E') : 112, ('G', 'N') : 173, ('P', 'U') : 117, ('S', 'S') : 215,  
1570  ('Q', 'V') : 119, ('W', 'E') : 126, ('Q', 'R') : 172, ('N', 'N') : 215,  
1571  ('H', 'W') : 121, ('Q', 'H') : 191, ('H', 'S') : 126, ('N', 'F') : 57,  
1572  ('H', 'O') : 132, ('Q', 'F') : 99, ('W', 'U') : 210, ('L', 'E') : 157,  
1573  ('C', 'P') : 46, ('N', 'R') : 129, ('H', 'C') : 41, ('N', 'V') : 82,  
1574  ('G', 'U') : 77, ('A', 'S') : 150, ('Q', 'W') : 106, ('G', 'Q') : 186,  
1575  ('E', 'P') : 177, ('A', 'N') : 192, ('G', 'Y') : 117, ('A', 'A') : 215,  
1576  ('G', 'E') : 150, ('G', 'A') : 170, ('Y', 'V') : 106, ('Y', 'R') : 90,  
1577  ('G', 'I') : 159, ('C', 'F') : 10, ('M', 'Q') : 114, ('T', 'I') : 105,  
1578  ('P', 'S') : 141, ('M', 'U') : 200, ('T', 'M') : 148, ('A', 'C') : 61,  
1579  ('O', 'F') : 193, ('M', 'Y') : 88, ('T', 'A') : 34, ('A', 'O') : 55,  
1580  ('C', 'L') : 20, ('I', 'S') : 94, ('C', 'O') : 21, ('T', 'Y') : 31,  
1581  ('I', 'O') : 130, ('M', 'E') : 134, ('V', 'V') : 215, ('O', 'V') : 160,  
1582  ('M', 'I') : 120, ('T', 'Q') : 85, ('O', 'R') : 138, ('M', 'M') : 215,  
1583  ('T', 'U') : 154, ('I', 'C') : 13, ('F', 'R') : 118, ('A', 'W') : 47,  
1584  ('F', 'V') : 165, ('I', 'H') : 183, ('C', 'E') : 66, ('F', 'F') : 215,  
1585  ('M', 'A') : 55, ('Q', 'U') : 102, ('L', 'P') : 188, ('N', 'O') : 72,  
1586  ('Q', 'S') : 147, ('H', 'V') : 131, ('W', 'L') : 121, ('H', 'R') : 186,  
1587  ('W', 'P') : 120, ('Q', 'C') : 61, ('H', 'F') : 115, ('N', 'S') : 169,  
1588  ('Q', 'O') : 116, ('U', 'U') : 215, ('N', 'W') : 66, ('L', 'L') : 215,  
1589  ('G', 'P') : 122, ('A', 'U') : 43, ('E', 'U') : 123, ('T', 'P') : 68,  
1590  ('I', 'Q') : 162, ('G', 'L') : 108, ('E', 'E') : 215, ('G', 'H') : 175,  
1591  ('Y', 'S') : 159, ('M', 'P') : 128, ('O', 'O') : 215, ('A', 'F') : 38,  
1592  ('T', 'H') : 100, ('P', 'R') : 112, ('T', 'L') : 67, ('I', 'V') : 118,  
1593  ('I', 'R') : 189, ('A', 'V') : 63, ('A', 'R') : 119, ('C', 'U') : 17,  
1594  ('M', 'H') : 128, ('O', 'W') : 182, ('I', 'F') : 113, ('C', 'Y') : 56,  
1595  ('M', 'L') : 131, ('O', 'S') : 71, ('T', 'T') : 215, ('F', 'S') : 60,  
1596  ('F', 'W') : 194, ('L', 'S') : 116, ('N', 'H') : 147, ('A', 'H') : 134,  
1597  ('Q', 'P') : 139, ('N', 'L') : 104, ('H', 'Y') : 117, ('H', 'U') : 116,  
1598  ('A', 'I') : 114, ('W', 'W') : 215, ('W', 'S') : 73, ('Q', 'L') : 124,  
1599  ('N', 'P') : 124, ('H', 'E') : 168, ('L', 'U') : 119, ('I', 'W') : 113,  
1600  ('Y', 'L') : 155, ('G', 'W') : 81, ('G', 'S') : 135, ('E', 'R') : 144,  
1601  ('W', 'Y') : 80, ('G', 'G') : 215, ('T', 'V') : 127, ('G', 'C') : 45,  
1602  ('G', 'O') : 93, ('Y', 'P') : 173, ('A', 'E') : 130, ('O', 'L') : 103,  
1603  ('M', 'S') : 80, ('T', 'O') : 178, ('I', 'Y') : 88, ('M', 'W') : 205,  
1604  ('T', 'C') : 0, ('I', 'U') : 108, ('T', 'G') : 63, ('V', 'L') : 151,  
1605  ('C', 'R') : 35, ('V', 'P') : 147, ('M', 'C') : 19, ('C', 'V') : 23,  
1606  ('A', 'Q') : 154, ('M', 'G') : 89, ('T', 'S') : 38, ('I', 'E') : 137,  
1607  ('T', 'W') : 154, ('A', 'Y') : 121, ('O', 'P') : 105, ('M', 'O') : 179,  
1608  ('F', 'P') : 101, ('N', 'Y') : 135, ('T', 'E') : 87, ('V', 'U') : 183,  
1609  ('N', 'C') : 76, ('F', 'L') : 102 
1610  } 
1611  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/ident.cmp 
1612  ident = { 
1613  ('W', 'F') : -1, ('L', 'R') : -1, ('I', 'I') : 6, ('Q', 'Q') : 6,  
1614  ('W', 'N') : -1, ('V', 'I') : -1, ('H', 'T') : -1, ('H', 'P') : -1,  
1615  ('W', 'V') : -1, ('Q', 'E') : -1, ('W', 'R') : -1, ('Q', 'A') : -1,  
1616  ('H', 'H') : 6, ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -1, ('Y', 'M') : -1,  
1617  ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -1, ('E', 'S') : -1, ('Y', 'A') : -1,  
1618  ('Y', 'Y') : 6, ('T', 'C') : -1, ('E', 'C') : -1, ('Y', 'Q') : -1,  
1619  ('E', 'G') : -1, ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 6, ('M', 'R') : -1,  
1620  ('P', 'T') : -1, ('V', 'E') : -1, ('P', 'P') : 6, ('I', 'T') : -1,  
1621  ('K', 'S') : -1, ('R', 'G') : -1, ('I', 'P') : -1, ('R', 'C') : -1,  
1622  ('A', 'T') : -1, ('K', 'K') : 6, ('A', 'P') : -1, ('V', 'M') : -1,  
1623  ('I', 'D') : -1, ('K', 'C') : -1, ('K', 'G') : -1, ('R', 'S') : -1,  
1624  ('F', 'Q') : -1, ('F', 'A') : -1, ('V', 'V') : 6, ('M', 'N') : -1,  
1625  ('F', 'E') : -1, ('D', 'N') : -1, ('F', 'I') : -1, ('F', 'M') : -1,  
1626  ('M', 'S') : -1, ('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : -1, ('W', 'E') : -1,  
1627  ('W', 'A') : -1, ('W', 'M') : -1, ('H', 'S') : -1, ('W', 'I') : -1,  
1628  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -1, ('L', 'E') : -1, ('W', 'Q') : -1,  
1629  ('H', 'G') : -1, ('Q', 'N') : -1, ('H', 'C') : -1, ('L', 'M') : -1,  
1630  ('W', 'Y') : -1, ('Y', 'N') : -1, ('E', 'P') : -1, ('Y', 'F') : -1,  
1631  ('E', 'T') : -1, ('A', 'A') : 6, ('I', 'N') : -1, ('G', 'A') : -1,  
1632  ('Y', 'V') : -1, ('E', 'D') : -1, ('W', 'H') : -1, ('Y', 'R') : -1,  
1633  ('M', 'Q') : -1, ('P', 'S') : -1, ('R', 'H') : -1, ('A', 'C') : -1,  
1634  ('R', 'D') : -1, ('K', 'P') : -1, ('L', 'D') : -1, ('K', 'T') : -1,  
1635  ('V', 'N') : -1, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : -1, ('V', 'R') : -1,  
1636  ('P', 'C') : -1, ('M', 'E') : -1, ('A', 'S') : -1, ('T', 'T') : 6,  
1637  ('R', 'T') : -1, ('I', 'G') : -1, ('R', 'P') : -1, ('K', 'D') : -1,  
1638  ('I', 'C') : -1, ('F', 'R') : -1, ('F', 'V') : -1, ('L', 'C') : -1,  
1639  ('F', 'F') : 6, ('D', 'A') : -1, ('F', 'N') : -1, ('W', 'D') : -1,  
1640  ('L', 'P') : -1, ('Q', 'S') : -1, ('N', 'C') : -1, ('N', 'G') : -1,  
1641  ('H', 'N') : -1, ('W', 'T') : -1, ('Q', 'G') : -1, ('W', 'P') : -1,  
1642  ('Q', 'C') : -1, ('N', 'S') : -1, ('L', 'H') : -1, ('L', 'L') : 6,  
1643  ('G', 'T') : -1, ('M', 'M') : 6, ('G', 'P') : -1, ('Y', 'K') : -1,  
1644  ('Y', 'G') : -1, ('Y', 'C') : -1, ('E', 'A') : -1, ('E', 'E') : 6,  
1645  ('Y', 'S') : -1, ('M', 'P') : -1, ('V', 'C') : -1, ('M', 'T') : -1,  
1646  ('V', 'G') : -1, ('R', 'E') : -1, ('V', 'K') : -1, ('K', 'Q') : -1,  
1647  ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -1, ('N', 'A') : -1, ('V', 'S') : -1,  
1648  ('M', 'D') : -1, ('M', 'H') : -1, ('K', 'A') : -1, ('R', 'Q') : -1,  
1649  ('K', 'E') : -1, ('F', 'S') : -1, ('I', 'K') : -1, ('D', 'P') : -1,  
1650  ('D', 'T') : -1, ('I', 'M') : -1, ('F', 'C') : -1, ('W', 'L') : -1,  
1651  ('F', 'G') : -1, ('F', 'K') : -1, ('F', 'T') : -1, ('D', 'D') : 6,  
1652  ('Q', 'T') : -1, ('W', 'G') : -1, ('Q', 'P') : -1, ('W', 'C') : -1,  
1653  ('W', 'K') : -1, ('H', 'Q') : -1, ('Q', 'D') : -1, ('W', 'W') : 6,  
1654  ('V', 'L') : -1, ('L', 'G') : -1, ('W', 'S') : -1, ('L', 'K') : -1,  
1655  ('N', 'P') : -1, ('H', 'E') : -1, ('N', 'T') : -1, ('H', 'A') : -1,  
1656  ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : -1, ('G', 'S') : -1, ('Y', 'D') : -1,  
1657  ('V', 'Q') : -1, ('L', 'T') : -1, ('G', 'G') : 6, ('G', 'C') : -1,  
1658  ('E', 'N') : -1, ('Y', 'T') : -1, ('Y', 'P') : -1, ('R', 'N') : -1,  
1659  ('V', 'D') : -1, ('K', 'R') : -1, ('V', 'H') : -1, ('I', 'Q') : -1,  
1660  ('V', 'P') : -1, ('M', 'C') : -1, ('K', 'N') : -1, ('V', 'T') : -1,  
1661  ('M', 'G') : -1, ('T', 'S') : -1, ('I', 'E') : -1, ('M', 'K') : -1,  
1662  ('I', 'A') : -1, ('N', 'N') : 6, ('R', 'R') : 6, ('F', 'P') : -1,  
1663  ('L', 'I') : -1, ('I', 'S') : -1, ('D', 'S') : -1, ('L', 'S') : -1,  
1664  ('I', 'H') : -1, ('F', 'D') : -1, ('D', 'C') : -1, ('F', 'H') : -1,  
1665  ('D', 'G') : -1, ('F', 'L') : -1 
1666  } 
1667  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/johnson.cmp 
1668  johnson = { 
1669  ('W', 'F') : 3.4, ('S', 'P') : -1.0, ('N', 'M') : -3.7, ('Q', 'Q') : 9.0,  
1670  ('N', 'A') : -1.4, ('N', 'E') : -0.7, ('W', 'V') : -4.9, ('Q', 'E') : 2.4,  
1671  ('L', 'H') : -4.2, ('W', 'R') : -3.8, ('Q', 'A') : -0.6, ('S', 'D') : -0.2,  
1672  ('H', 'H') : 12.7, ('Q', 'M') : -0.6, ('S', 'H') : -2.6, ('H', 'D') : -0.7,  
1673  ('Q', 'I') : -7.0, ('S', 'L') : -5.2, ('Y', 'M') : -1.3, ('Y', 'I') : -2.5,  
1674  ('Y', 'E') : -3.7, ('Y', 'A') : -4.0, ('G', 'F') : -8.6, ('V', 'T') : -1.9,  
1675  ('Y', 'Y') : 10.5, ('V', 'H') : -3.9, ('E', 'C') : -6.9, ('Y', 'Q') : -5.1,  
1676  ('V', 'A') : -0.5, ('C', 'C') : 16.1, ('V', 'E') : -4.2, ('T', 'N') : 0.1,  
1677  ('R', 'K') : 3.2, ('P', 'P') : 10.3, ('V', 'I') : 3.9, ('R', 'G') : -2.8,  
1678  ('V', 'M') : 0.7, ('T', 'F') : -5.0, ('R', 'C') : -5.6, ('V', 'Q') : -3.6,  
1679  ('K', 'K') : 7.6, ('P', 'D') : -1.0, ('I', 'H') : -5.1, ('M', 'F') : -0.6,  
1680  ('I', 'D') : -4.8, ('K', 'C') : -8.7, ('P', 'L') : -2.8, ('K', 'G') : -3.5,  
1681  ('P', 'H') : -4.3, ('T', 'R') : -1.4, ('F', 'A') : -3.2, ('F', 'E') : -6.4,  
1682  ('S', 'S') : 5.8, ('W', 'E') : -7.6, ('N', 'N') : 8.0, ('W', 'M') : -0.9,  
1683  ('Q', 'C') : -6.9, ('N', 'F') : -3.8, ('S', 'C') : -7.7, ('L', 'A') : -3.3,  
1684  ('S', 'G') : -1.3, ('L', 'E') : -5.6, ('W', 'Q') : -8.2, ('H', 'G') : -3.2,  
1685  ('S', 'K') : -1.5, ('Q', 'N') : -0.8, ('V', 'D') : -5.2, ('H', 'C') : -8.2,  
1686  ('Y', 'N') : -1.3, ('Y', 'F') : 3.4, ('W', 'I') : -3.3, ('C', 'A') : -3.4,  
1687  ('G', 'E') : -2.5, ('G', 'A') : -0.5, ('Y', 'V') : -1.8, ('E', 'D') : 2.4,  
1688  ('W', 'H') : -4.0, ('Y', 'R') : -2.1, ('N', 'I') : -4.7, ('R', 'L') : -3.7,  
1689  ('T', 'I') : -3.2, ('Q', 'L') : -4.4, ('R', 'H') : 0.1, ('T', 'M') : -3.2,  
1690  ('V', 'F') : -1.3, ('R', 'D') : -3.4, ('T', 'A') : -0.8, ('T', 'P') : -2.0,  
1691  ('T', 'E') : -0.5, ('V', 'N') : -5.7, ('P', 'G') : -2.5, ('M', 'A') : -1.5,  
1692  ('K', 'H') : 0.1, ('V', 'R') : -4.9, ('P', 'C') : -8.9, ('M', 'E') : -2.8,  
1693  ('V', 'V') : 7.0, ('T', 'T') : 6.8, ('M', 'I') : 2.6, ('T', 'Q') : -0.4,  
1694  ('I', 'G') : -5.5, ('P', 'K') : -0.6, ('M', 'M') : 11.2, ('K', 'D') : -1.5,  
1695  ('I', 'C') : -7.7, ('L', 'C') : -8.7, ('F', 'F') : 10.4, ('D', 'A') : -1.6,  
1696  ('S', 'R') : -0.6, ('W', 'D') : -6.0, ('N', 'C') : -7.6, ('N', 'G') : -1.4,  
1697  ('W', 'T') : -9.3, ('Q', 'G') : -2.8, ('S', 'F') : -4.8, ('W', 'P') : -7.4,  
1698  ('L', 'D') : -8.0, ('H', 'F') : -1.7, ('Q', 'K') : 1.1, ('S', 'N') : 1.0,  
1699  ('L', 'L') : 7.3, ('Q', 'F') : -6.4, ('Y', 'K') : -3.7, ('Y', 'G') : -5.4,  
1700  ('Y', 'C') : -7.7, ('G', 'D') : -2.1, ('E', 'A') : -0.7, ('Y', 'W') : 2.3,  
1701  ('E', 'E') : 8.6, ('Y', 'S') : -3.4, ('R', 'M') : -4.2, ('V', 'C') : -4.8,  
1702  ('T', 'H') : -3.0, ('R', 'I') : -5.4, ('V', 'G') : -5.6, ('T', 'L') : -4.6,  
1703  ('R', 'E') : -0.2, ('V', 'K') : -3.7, ('R', 'Q') : 2.1, ('R', 'A') : -1.6,  
1704  ('T', 'D') : -1.8, ('P', 'F') : -5.0, ('V', 'S') : -4.3, ('K', 'I') : -4.7,  
1705  ('M', 'D') : -5.9, ('W', 'W') : 15.2, ('M', 'H') : -2.3, ('P', 'N') : -2.4,  
1706  ('I', 'F') : 0.5, ('K', 'A') : -0.9, ('M', 'L') : 4.4, ('K', 'E') : 1.1,  
1707  ('N', 'K') : 0.1, ('R', 'P') : -3.6, ('L', 'F') : 1.8, ('F', 'C') : -4.4,  
1708  ('W', 'G') : -6.3, ('W', 'L') : -1.0, ('D', 'D') : 8.5, ('N', 'H') : 1.7,  
1709  ('S', 'Q') : -1.2, ('Q', 'P') : -3.6, ('N', 'L') : -4.8, ('W', 'K') : -5.4,  
1710  ('Q', 'D') : -1.1, ('W', 'N') : -6.1, ('S', 'A') : 0.0, ('L', 'G') : -7.2,  
1711  ('W', 'S') : -6.2, ('S', 'E') : -2.2, ('L', 'K') : -3.4, ('H', 'E') : -2.3,  
1712  ('S', 'I') : -4.7, ('Q', 'H') : 1.4, ('H', 'A') : -3.1, ('S', 'M') : -4.8,  
1713  ('Y', 'L') : -2.4, ('Y', 'H') : -0.4, ('Y', 'D') : -3.8, ('G', 'G') : 8.0,  
1714  ('G', 'C') : -8.2, ('Y', 'T') : -2.7, ('W', 'C') : -9.1, ('Y', 'P') : -7.0,  
1715  ('T', 'K') : -0.2, ('R', 'N') : -1.5, ('A', 'A') : 6.0, ('W', 'A') : -5.8,  
1716  ('T', 'C') : -6.0, ('N', 'D') : 2.6, ('R', 'F') : -6.0, ('T', 'G') : -3.8,  
1717  ('V', 'L') : 1.8, ('V', 'P') : -5.2, ('P', 'E') : -1.5, ('M', 'C') : -4.4,  
1718  ('I', 'I') : 8.1, ('P', 'A') : -1.0, ('M', 'G') : -5.2, ('T', 'S') : 2.0,  
1719  ('I', 'E') : -4.8, ('P', 'M') : -9.8, ('M', 'K') : -1.9, ('K', 'F') : -5.6,  
1720  ('I', 'A') : -2.2, ('P', 'I') : -5.7, ('R', 'R') : 10.0, ('L', 'I') : 2.6,  
1721  ('F', 'D') : -7.0, ('D', 'C') : -9.7 
1722  } 
1723  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/levin.cmp 
1724  levin = { 
1725  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -1, ('S', 'P') : 0, ('I', 'I') : 2,  
1726  ('Q', 'Q') : 2, ('N', 'A') : 0, ('H', 'T') : 0, ('N', 'E') : 0,  
1727  ('H', 'P') : 0, ('W', 'V') : 0, ('Q', 'E') : 1, ('W', 'R') : 0,  
1728  ('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 2, ('H', 'D') : 0,  
1729  ('L', 'N') : -1, ('W', 'A') : -1, ('Y', 'M') : 0, ('Y', 'I') : 0,  
1730  ('Y', 'E') : -1, ('Y', 'A') : -1, ('Y', 'Y') : 2, ('Y', 'Q') : -1,  
1731  ('E', 'G') : 0, ('A', 'D') : 0, ('C', 'C') : 2, ('M', 'R') : -1,  
1732  ('V', 'E') : -1, ('T', 'N') : 0, ('R', 'K') : 1, ('P', 'P') : 3,  
1733  ('I', 'T') : 0, ('K', 'S') : 0, ('R', 'G') : 0, ('I', 'P') : -1,  
1734  ('C', 'G') : 0, ('C', 'S') : 0, ('A', 'P') : -1, ('I', 'D') : -1,  
1735  ('M', 'I') : 0, ('K', 'G') : 0, ('M', 'N') : -1, ('F', 'Q') : -1,  
1736  ('I', 'V') : 1, ('F', 'A') : -1, ('V', 'V') : 2, ('F', 'E') : -1,  
1737  ('C', 'M') : 0, ('F', 'I') : 1, ('F', 'M') : 0, ('S', 'S') : 2,  
1738  ('L', 'Q') : -1, ('W', 'E') : -1, ('N', 'N') : 3, ('V', 'A') : 0,  
1739  ('C', 'K') : 0, ('W', 'M') : 0, ('H', 'S') : 0, ('L', 'V') : 1,  
1740  ('L', 'A') : 0, ('H', 'K') : 0, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -1,  
1741  ('W', 'Q') : -1, ('H', 'G') : 0, ('Q', 'N') : 1, ('T', 'A') : 0,  
1742  ('L', 'M') : 2, ('W', 'Y') : 0, ('Y', 'N') : -1, ('E', 'P') : -1,  
1743  ('Y', 'F') : 1, ('W', 'I') : 0, ('R', 'S') : 0, ('Y', 'V') : 0,  
1744  ('E', 'D') : 1, ('W', 'H') : -1, ('Y', 'R') : -1, ('M', 'Q') : -1,  
1745  ('A', 'G') : 0, ('C', 'D') : 0, ('R', 'D') : 0, ('C', 'H') : 0,  
1746  ('T', 'P') : 0, ('K', 'T') : 0, ('V', 'N') : -1, ('P', 'G') : 0,  
1747  ('M', 'A') : 0, ('C', 'P') : 0, ('V', 'R') : -1, ('M', 'V') : 0,  
1748  ('M', 'E') : -1, ('C', 'T') : 0, ('I', 'K') : -1, ('R', 'T') : 0,  
1749  ('T', 'Q') : 0, ('I', 'G') : -1, ('R', 'P') : 0, ('K', 'D') : 0,  
1750  ('F', 'R') : -1, ('F', 'V') : 0, ('K', 'P') : 0, ('L', 'C') : 0,  
1751  ('F', 'F') : 2, ('F', 'N') : -1, ('V', 'D') : -1, ('L', 'P') : -1,  
1752  ('W', 'K') : -1, ('L', 'T') : 0, ('I', 'N') : -1, ('I', 'S') : -1,  
1753  ('H', 'R') : 0, ('N', 'G') : 0, ('C', 'I') : 0, ('H', 'N') : 0,  
1754  ('W', 'T') : -1, ('Q', 'G') : 0, ('W', 'P') : -1, ('L', 'D') : -1,  
1755  ('L', 'H') : -1, ('S', 'N') : 0, ('L', 'L') : 2, ('M', 'M') : 2,  
1756  ('Y', 'K') : -1, ('Y', 'G') : -1, ('Y', 'C') : -1, ('E', 'E') : 2,  
1757  ('Y', 'S') : -1, ('M', 'P') : -1, ('C', 'A') : 0, ('M', 'T') : 0,  
1758  ('V', 'G') : -1, ('C', 'E') : 0, ('R', 'E') : 0, ('V', 'K') : -1,  
1759  ('K', 'Q') : 0, ('R', 'A') : 0, ('I', 'R') : -1, ('T', 'D') : 0,  
1760  ('V', 'S') : -1, ('C', 'Q') : 0, ('M', 'D') : -1, ('W', 'W') : 2,  
1761  ('M', 'H') : -1, ('T', 'G') : 0, ('K', 'A') : 0, ('R', 'Q') : 0,  
1762  ('T', 'T') : 2, ('F', 'S') : -1, ('D', 'P') : 0, ('F', 'C') : -1,  
1763  ('W', 'L') : 0, ('F', 'G') : -1, ('F', 'K') : -1, ('D', 'D') : 2,  
1764  ('L', 'S') : -1, ('W', 'G') : -1, ('S', 'Q') : 0, ('Q', 'P') : 0,  
1765  ('W', 'C') : -1, ('N', 'D') : 1, ('H', 'Q') : 0, ('Q', 'D') : 0,  
1766  ('W', 'N') : -1, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -1, ('W', 'S') : -1,  
1767  ('S', 'E') : 0, ('L', 'K') : -1, ('N', 'P') : 0, ('H', 'E') : 0,  
1768  ('H', 'A') : 0, ('Y', 'L') : 0, ('Y', 'H') : 0, ('Y', 'D') : -1,  
1769  ('V', 'Q') : -1, ('G', 'G') : 2, ('Y', 'T') : -1, ('R', 'N') : 0,  
1770  ('Y', 'P') : -1, ('A', 'E') : 1, ('C', 'V') : 0, ('M', 'S') : -1,  
1771  ('A', 'A') : 2, ('V', 'H') : -1, ('T', 'E') : 0, ('C', 'N') : 0,  
1772  ('I', 'Q') : -1, ('C', 'R') : 0, ('V', 'P') : -1, ('K', 'E') : 0,  
1773  ('K', 'N') : 1, ('V', 'T') : 0, ('M', 'G') : -1, ('T', 'S') : 0,  
1774  ('I', 'E') : -1, ('M', 'K') : -1, ('I', 'A') : 0, ('R', 'R') : 2,  
1775  ('F', 'P') : -1, ('L', 'I') : 0, ('W', 'D') : -1, ('F', 'T') : -1,  
1776  ('K', 'K') : 2, ('I', 'H') : -1, ('F', 'D') : -1, ('F', 'H') : -1,  
1777  ('D', 'G') : 0, ('F', 'L') : 0 
1778  } 
1779  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/mclach.cmp 
1780  mclach = { 
1781  ('N', 'I') : 1, ('K', 'V') : 2, ('S', 'P') : 3, ('N', 'M') : 2,  
1782  ('L', 'V') : 5, ('N', 'A') : 3, ('H', 'T') : 4, ('N', 'E') : 4,  
1783  ('Q', 'Y') : 1, ('H', 'P') : 3, ('W', 'V') : 2, ('H', 'L') : 2,  
1784  ('Q', 'A') : 3, ('H', 'H') : 8, ('N', 'Q') : 4, ('Q', 'M') : 3,  
1785  ('Q', 'I') : 0, ('S', 'L') : 2, ('G', 'V') : 2, ('Y', 'M') : 2,  
1786  ('K', 'L') : 2, ('Y', 'I') : 3, ('E', 'S') : 4, ('K', 'A') : 3,  
1787  ('E', 'W') : 1, ('G', 'F') : 0, ('E', 'K') : 4, ('Y', 'Y') : 9,  
1788  ('K', 'F') : 0, ('E', 'G') : 3, ('C', 'C') : 9, ('C', 'G') : 1,  
1789  ('M', 'V') : 4, ('P', 'P') : 8, ('A', 'L') : 2, ('K', 'S') : 3,  
1790  ('R', 'G') : 3, ('K', 'W') : 1, ('R', 'C') : 1, ('I', 'L') : 5,  
1791  ('C', 'S') : 2, ('C', 'W') : 2, ('K', 'C') : 0, ('R', 'W') : 3,  
1792  ('P', 'L') : 1, ('K', 'G') : 3, ('R', 'S') : 4, ('D', 'R') : 1,  
1793  ('D', 'V') : 1, ('D', 'N') : 5, ('F', 'I') : 3, ('F', 'M') : 5,  
1794  ('D', 'F') : 1, ('S', 'S') : 8, ('Q', 'V') : 2, ('S', 'W') : 3,  
1795  ('Q', 'R') : 5, ('N', 'N') : 8, ('H', 'W') : 3, ('W', 'M') : 1,  
1796  ('H', 'S') : 3, ('W', 'I') : 3, ('T', 'F') : 1, ('Q', 'F') : 0,  
1797  ('S', 'G') : 3, ('H', 'G') : 2, ('C', 'P') : 0, ('N', 'R') : 3,  
1798  ('H', 'C') : 3, ('N', 'V') : 1, ('E', 'P') : 4, ('Y', 'F') : 6,  
1799  ('E', 'T') : 4, ('G', 'Y') : 0, ('E', 'H') : 2, ('E', 'L') : 1,  
1800  ('Y', 'V') : 3, ('G', 'M') : 1, ('G', 'I') : 1, ('P', 'W') : 0,  
1801  ('R', 'L') : 2, ('T', 'I') : 3, ('A', 'G') : 3, ('R', 'H') : 5,  
1802  ('T', 'M') : 3, ('T', 'A') : 3, ('K', 'T') : 3, ('P', 'G') : 3,  
1803  ('T', 'Y') : 1, ('A', 'W') : 1, ('C', 'T') : 2, ('V', 'V') : 8,  
1804  ('R', 'T') : 3, ('R', 'P') : 3, ('D', 'Y') : 1, ('F', 'V') : 3,  
1805  ('D', 'Q') : 4, ('K', 'P') : 3, ('D', 'I') : 1, ('D', 'M') : 2,  
1806  ('F', 'F') : 9, ('D', 'A') : 3, ('D', 'E') : 5, ('N', 'K') : 4,  
1807  ('Q', 'W') : 2, ('S', 'V') : 2, ('Q', 'S') : 4, ('H', 'V') : 2,  
1808  ('W', 'L') : 3, ('N', 'G') : 3, ('Q', 'G') : 2, ('S', 'F') : 2,  
1809  ('Q', 'C') : 0, ('H', 'F') : 4, ('N', 'S') : 5, ('Q', 'K') : 4,  
1810  ('N', 'W') : 0, ('L', 'L') : 8, ('E', 'Y') : 2, ('M', 'M') : 8,  
1811  ('E', 'Q') : 5, ('E', 'I') : 1, ('E', 'M') : 1, ('E', 'A') : 4,  
1812  ('G', 'L') : 1, ('Y', 'W') : 6, ('E', 'E') : 8, ('R', 'M') : 1,  
1813  ('P', 'V') : 2, ('A', 'F') : 1, ('C', 'A') : 1, ('R', 'I') : 1,  
1814  ('T', 'L') : 3, ('I', 'V') : 5, ('C', 'I') : 1, ('R', 'A') : 2,  
1815  ('C', 'Y') : 1, ('C', 'M') : 3, ('P', 'F') : 1, ('A', 'V') : 3,  
1816  ('K', 'I') : 1, ('R', 'Y') : 2, ('K', 'M') : 1, ('K', 'H') : 4,  
1817  ('T', 'P') : 3, ('M', 'L') : 6, ('T', 'T') : 8, ('C', 'L') : 0,  
1818  ('D', 'P') : 3, ('N', 'F') : 0, ('K', 'Y') : 1, ('D', 'T') : 3,  
1819  ('D', 'H') : 4, ('D', 'L') : 1, ('K', 'K') : 8, ('D', 'D') : 8,  
1820  ('Q', 'T') : 3, ('N', 'H') : 4, ('Q', 'P') : 3, ('N', 'L') : 1,  
1821  ('H', 'Y') : 4, ('S', 'Y') : 3, ('W', 'W') : 9, ('H', 'M') : 3,  
1822  ('S', 'A') : 4, ('H', 'I') : 2, ('Q', 'L') : 3, ('N', 'P') : 1,  
1823  ('S', 'I') : 2, ('Q', 'H') : 4, ('N', 'T') : 3, ('H', 'A') : 3,  
1824  ('S', 'M') : 2, ('Y', 'L') : 3, ('G', 'W') : 1, ('E', 'R') : 3,  
1825  ('E', 'V') : 2, ('G', 'G') : 8, ('T', 'V') : 3, ('E', 'F') : 0,  
1826  ('C', 'F') : 0, ('A', 'A') : 8, ('K', 'R') : 5, ('A', 'M') : 3,  
1827  ('Q', 'Q') : 8, ('R', 'F') : 1, ('T', 'G') : 2, ('A', 'I') : 2,  
1828  ('P', 'Y') : 0, ('C', 'V') : 1, ('I', 'I') : 8, ('P', 'A') : 4,  
1829  ('T', 'S') : 5, ('P', 'M') : 1, ('R', 'V') : 2, ('T', 'W') : 2,  
1830  ('A', 'Y') : 1, ('P', 'I') : 1, ('R', 'R') : 8, ('N', 'Y') : 2,  
1831  ('D', 'S') : 3, ('D', 'W') : 0, ('M', 'I') : 5, ('D', 'K') : 3,  
1832  ('N', 'C') : 1, ('E', 'C') : 0, ('D', 'C') : 1, ('D', 'G') : 3,  
1833  ('F', 'L') : 5, ('W', 'F') : 6 
1834  } 
1835  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/miyata.cmp 
1836  miyata = { 
1837  ('W', 'F') : 0.14, ('L', 'R') : -1.37, ('S', 'P') : 0.69, ('I', 'I') : 1.25,  
1838  ('Q', 'Q') : 1.25, ('N', 'A') : -0.53, ('H', 'T') : -0.07, ('N', 'E') : 0.4,  
1839  ('H', 'P') : -0.9, ('W', 'V') : -1.26, ('W', 'R') : -1.47, ('Q', 'A') : -0.67,  
1840  ('H', 'H') : 1.25, ('N', 'Q') : 0.26, ('H', 'D') : -0.47, ('L', 'N') : -2.24,  
1841  ('Y', 'M') : 0.32, ('Y', 'I') : 0.39, ('Y', 'E') : -1.97, ('E', 'S') : -0.81,  
1842  ('Y', 'A') : -1.93, ('Y', 'Y') : 1.25, ('E', 'C') : -2.01, ('Y', 'Q') : -1.23,  
1843  ('E', 'G') : -1.53, ('V', 'A') : -0.6, ('C', 'C') : 1.25, ('M', 'R') : -1.04,  
1844  ('V', 'E') : -1.72, ('R', 'K') : 0.85, ('P', 'P') : 1.25, ('I', 'T') : -0.89,  
1845  ('K', 'S') : -1.46, ('R', 'G') : -2.33, ('I', 'P') : -1.37, ('R', 'C') : -1.81,  
1846  ('V', 'Q') : -0.88, ('K', 'K') : 1.25, ('A', 'P') : 1.19, ('I', 'D') : -2.73,  
1847  ('K', 'C') : -2.02, ('M', 'I') : 0.96, ('K', 'G') : -2.29, ('R', 'S') : -1.49,  
1848  ('F', 'Q') : -1.56, ('I', 'V') : 0.4, ('M', 'V') : 0.63, ('F', 'A') : -1.98,  
1849  ('V', 'V') : 1.25, ('M', 'N') : -1.83, ('F', 'E') : -2.34, ('D', 'N') : 0.6,  
1850  ('F', 'I') : 0.64, ('F', 'M') : 0.43, ('M', 'S') : -1.42, ('S', 'S') : 1.25,  
1851  ('L', 'Q') : -1.45, ('W', 'E') : -2.83, ('W', 'A') : -2.98, ('W', 'M') : -0.64,  
1852  ('H', 'S') : -0.69, ('L', 'V') : 0.34, ('S', 'C') : -0.59, ('L', 'A') : -1.51,  
1853  ('S', 'G') : 0.4, ('L', 'E') : -2.28, ('W', 'Q') : -2.17, ('H', 'G') : -1.53,  
1854  ('H', 'C') : -1.31, ('W', 'Y') : 0.19, ('Y', 'N') : -2.17, ('E', 'P') : -1.23,  
1855  ('I', 'L') : 1.11, ('E', 'T') : -0.58, ('W', 'I') : -0.47, ('A', 'A') : 1.25,  
1856  ('I', 'N') : -2.12, ('G', 'A') : 0.34, ('Y', 'V') : -0.27, ('W', 'H') : -1.91,  
1857  ('Y', 'R') : -0.77, ('M', 'Q') : -1.05, ('R', 'H') : 0.43, ('A', 'C') : -0.14,  
1858  ('R', 'D') : -1.09, ('T', 'A') : 0.35, ('T', 'P') : 0.38, ('L', 'D') : -2.85,  
1859  ('K', 'T') : -0.85, ('V', 'N') : -1.51, ('M', 'A') : -1.17, ('K', 'H') : 0.46,  
1860  ('V', 'R') : -1.18, ('P', 'C') : -0.08, ('M', 'E') : -1.88, ('I', 'K') : -1.59,  
1861  ('T', 'T') : 1.25, ('R', 'T') : -0.78, ('I', 'G') : -2.35, ('R', 'P') : -1.65,  
1862  ('K', 'D') : -0.8, ('I', 'C') : -0.38, ('F', 'R') : -1.22, ('F', 'V') : -0.18,  
1863  ('D', 'Q') : -0.22, ('K', 'P') : -1.69, ('F', 'F') : 1.25, ('D', 'A') : -1.12,  
1864  ('D', 'E') : 0.35, ('F', 'N') : -2.45, ('W', 'D') : -3.63, ('L', 'P') : -1.45,  
1865  ('Q', 'S') : -0.4, ('N', 'C') : -1.58, ('N', 'G') : -0.71, ('H', 'N') : -0.04,  
1866  ('W', 'T') : -2.25, ('Q', 'G') : -1.23, ('W', 'P') : -2.92, ('Q', 'C') : -1.23,  
1867  ('N', 'S') : -0.06, ('L', 'H') : -1.34, ('L', 'L') : 1.25, ('M', 'M') : 1.25,  
1868  ('G', 'P') : 0.28, ('Y', 'K') : -1.17, ('E', 'Q') : 0.41, ('Y', 'G') : -2.83,  
1869  ('Y', 'C') : -1.13, ('E', 'A') : -1.21, ('E', 'E') : 1.25, ('Y', 'S') : -2.08,  
1870  ('M', 'P') : -1.11, ('V', 'C') : 0.39, ('M', 'T') : -0.61, ('V', 'G') : -1.51,  
1871  ('R', 'E') : -0.2, ('V', 'K') : -1.45, ('K', 'Q') : 0.19, ('R', 'A') : -1.67,  
1872  ('I', 'R') : -1.24, ('V', 'S') : -0.9, ('M', 'L') : 0.84, ('M', 'D') : -2.44,  
1873  ('W', 'W') : 1.25, ('M', 'H') : -0.94, ('K', 'A') : -1.71, ('R', 'Q') : 0.12,  
1874  ('K', 'E') : 0.11, ('F', 'S') : -2.2, ('D', 'P') : -1.15, ('D', 'T') : -0.8,  
1875  ('F', 'C') : -0.99, ('W', 'L') : -0.48, ('F', 'G') : -2.89, ('F', 'K') : -1.6,  
1876  ('F', 'T') : -1.35, ('D', 'D') : 1.25, ('Q', 'T') : 0.13, ('W', 'G') : -3.88,  
1877  ('Q', 'P') : -0.67, ('W', 'C') : -2.09, ('W', 'K') : -1.86, ('H', 'Q') : 0.93,  
1878  ('L', 'C') : -0.4, ('W', 'N') : -3.14, ('S', 'A') : 0.74, ('L', 'G') : -2.42,  
1879  ('W', 'S') : -3.13, ('L', 'K') : -1.73, ('N', 'P') : -0.55, ('H', 'E') : 0.29,  
1880  ('N', 'T') : -0.15, ('H', 'A') : -0.92, ('Y', 'L') : 0.31, ('Y', 'H') : -1.02,  
1881  ('Y', 'D') : -2.7, ('L', 'T') : -1.0, ('G', 'G') : 1.25, ('G', 'C') : -0.97,  
1882  ('Y', 'T') : -1.2, ('Y', 'P') : -1.87, ('R', 'N') : -0.79, ('V', 'D') : -2.15,  
1883  ('T', 'C') : -0.2, ('V', 'H') : -0.86, ('T', 'G') : -0.45, ('I', 'Q') : -1.32,  
1884  ('V', 'P') : -0.54, ('M', 'C') : -0.21, ('K', 'N') : -0.59, ('V', 'T') : -0.17,  
1885  ('M', 'G') : -2.09, ('T', 'S') : 0.36, ('I', 'E') : -2.14, ('M', 'K') : -1.38,  
1886  ('I', 'A') : -1.44, ('N', 'N') : 1.25, ('R', 'R') : 1.25, ('F', 'P') : -1.92,  
1887  ('I', 'S') : -1.7, ('D', 'S') : -0.62, ('Y', 'F') : 0.77, ('L', 'S') : -1.79,  
1888  ('I', 'H') : -1.2, ('F', 'D') : -3.02, ('D', 'C') : -2.23, ('F', 'H') : -1.38,  
1889  ('D', 'G') : -1.12, ('F', 'L') : 0.62 
1890  } 
1891  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/nwsgappep.cmp 
1892  nwsgappep = { 
1893  ('W', 'F') : 1.3, ('S', 'P') : 0.4, ('W', 'B') : -0.7, ('N', 'N') : 1.5,  
1894  ('N', 'A') : 0.2, ('N', 'E') : 0.5, ('Z', 'Y') : -0.6, ('W', 'V') : -0.8,  
1895  ('L', 'B') : -0.5, ('W', 'R') : 1.4, ('Q', 'A') : 0.2, ('S', 'D') : 0.2,  
1896  ('H', 'H') : 1.5, ('Q', 'M') : 0.0, ('S', 'H') : -0.2, ('H', 'D') : 0.4,  
1897  ('Q', 'I') : -0.3, ('S', 'L') : -0.4, ('Y', 'M') : -0.1, ('Q', 'E') : 0.7,  
1898  ('Y', 'I') : 0.1, ('Y', 'E') : -0.5, ('Y', 'A') : -0.3, ('G', 'F') : -0.6,  
1899  ('V', 'T') : 0.2, ('G', 'B') : 0.6, ('Y', 'Y') : 1.5, ('N', 'L') : -0.4,  
1900  ('E', 'C') : -0.6, ('Y', 'Q') : -0.6, ('Z', 'Z') : 1.1, ('V', 'A') : 0.2,  
1901  ('C', 'C') : 1.5, ('V', 'E') : -0.2, ('T', 'N') : 0.2, ('R', 'K') : 0.8,  
1902  ('P', 'P') : 1.5, ('V', 'I') : 1.1, ('T', 'B') : 0.2, ('R', 'G') : -0.3,  
1903  ('V', 'M') : 0.6, ('T', 'F') : -0.3, ('R', 'C') : -0.3, ('V', 'Q') : -0.2,  
1904  ('K', 'K') : 1.5, ('M', 'B') : -0.3, ('P', 'D') : 0.1, ('I', 'H') : -0.3,  
1905  ('M', 'F') : 0.5, ('I', 'D') : -0.2, ('K', 'C') : -0.6, ('L', 'L') : 1.5,  
1906  ('K', 'G') : -0.1, ('P', 'H') : 0.2, ('Z', 'G') : 0.3, ('W', 'M') : -0.3,  
1907  ('Z', 'C') : -0.6, ('T', 'R') : -0.1, ('Z', 'K') : 0.4, ('F', 'A') : -0.5,  
1908  ('Z', 'W') : -0.8, ('F', 'E') : -0.7, ('Z', 'S') : 0.0, ('D', 'B') : 1.1,  
1909  ('S', 'S') : 1.5, ('W', 'E') : -1.1, ('W', 'A') : -0.8, ('N', 'B') : 1.1,  
1910  ('Q', 'C') : -0.6, ('Z', 'Q') : 1.1, ('N', 'F') : -0.5, ('S', 'C') : 0.7,  
1911  ('Q', 'F') : -0.8, ('S', 'G') : 0.6, ('Q', 'B') : 0.5, ('W', 'Q') : -0.5,  
1912  ('H', 'G') : -0.2, ('S', 'K') : 0.2, ('L', 'I') : 0.8, ('V', 'D') : -0.2,  
1913  ('H', 'C') : -0.1, ('L', 'E') : -0.3, ('Y', 'N') : -0.1, ('Y', 'F') : 1.4,  
1914  ('W', 'I') : -0.5, ('C', 'A') : 0.3, ('G', 'E') : 0.5, ('G', 'A') : 0.7,  
1915  ('Y', 'V') : -0.1, ('E', 'D') : 1.0, ('W', 'H') : -0.1, ('Y', 'R') : -0.6,  
1916  ('N', 'I') : -0.3, ('R', 'L') : -0.4, ('T', 'I') : 0.2, ('V', 'B') : -0.2,  
1917  ('R', 'H') : 0.5, ('T', 'M') : 0.0, ('V', 'F') : 0.2, ('R', 'D') : 0.0,  
1918  ('T', 'A') : 0.4, ('T', 'P') : 0.3, ('T', 'E') : 0.2, ('V', 'N') : -0.3,  
1919  ('P', 'G') : 0.3, ('M', 'A') : 0.0, ('K', 'H') : 0.1, ('V', 'R') : -0.3,  
1920  ('P', 'C') : 0.1, ('M', 'E') : -0.2, ('V', 'V') : 1.5, ('T', 'T') : 1.5,  
1921  ('M', 'I') : 0.6, ('T', 'Q') : -0.1, ('I', 'G') : -0.3, ('P', 'K') : 0.1,  
1922  ('M', 'M') : 1.5, ('K', 'D') : 0.3, ('I', 'C') : 0.2, ('Z', 'D') : 0.9,  
1923  ('Y', 'W') : 1.1, ('Z', 'L') : -0.2, ('P', 'L') : -0.3, ('Z', 'I') : -0.2,  
1924  ('Z', 'T') : 0.1, ('L', 'C') : -0.8, ('F', 'B') : -0.7, ('Z', 'P') : 0.2,  
1925  ('F', 'F') : 1.5, ('D', 'A') : 0.3, ('S', 'R') : 0.1, ('W', 'D') : -1.1,  
1926  ('R', 'R') : 1.5, ('W', 'K') : 0.1, ('N', 'M') : -0.3, ('N', 'C') : -0.3,  
1927  ('N', 'G') : 0.4, ('S', 'B') : 0.3, ('W', 'T') : -0.6, ('Q', 'G') : 0.2,  
1928  ('S', 'F') : -0.3, ('W', 'P') : -0.8, ('L', 'D') : -0.5, ('H', 'F') : -0.1,  
1929  ('L', 'H') : -0.2, ('S', 'N') : 0.3, ('H', 'B') : 0.4, ('Q', 'K') : 0.4,  
1930  ('R', 'P') : 0.3, ('Y', 'K') : -0.6, ('Y', 'B') : -0.3, ('Y', 'G') : -0.7,  
1931  ('Y', 'C') : 1.0, ('G', 'D') : 0.7, ('E', 'A') : 0.3, ('T', 'S') : 0.3,  
1932  ('E', 'E') : 1.5, ('Y', 'S') : -0.4, ('R', 'M') : 0.2, ('V', 'C') : 0.2,  
1933  ('T', 'H') : -0.1, ('R', 'I') : -0.3, ('V', 'S') : -0.1, ('V', 'G') : 0.2,  
1934  ('T', 'L') : -0.1, ('R', 'E') : 0.0, ('V', 'K') : -0.2, ('R', 'Q') : 0.4,  
1935  ('R', 'A') : -0.3, ('Z', 'H') : 0.5, ('T', 'D') : 0.2, ('P', 'F') : -0.7,  
1936  ('L', 'A') : -0.1, ('K', 'I') : -0.2, ('M', 'D') : -0.4, ('P', 'B') : 0.1,  
1937  ('W', 'W') : 1.5, ('M', 'H') : -0.3, ('P', 'N') : 0.0, ('I', 'F') : 0.7,  
1938  ('K', 'A') : 0.0, ('M', 'L') : 1.3, ('I', 'B') : -0.2, ('K', 'E') : 0.3,  
1939  ('Z', 'E') : 1.1, ('Q', 'N') : 0.4, ('Z', 'A') : 0.2, ('Z', 'M') : -0.1,  
1940  ('L', 'F') : 1.2, ('F', 'C') : -0.1, ('W', 'G') : -1.0, ('W', 'L') : 0.5,  
1941  ('C', 'B') : -0.4, ('B', 'A') : 0.2, ('D', 'D') : 1.5, ('N', 'H') : 0.5,  
1942  ('S', 'Q') : -0.1, ('Q', 'P') : 0.3, ('W', 'C') : -1.2, ('N', 'D') : 0.7,  
1943  ('Q', 'D') : 0.7, ('W', 'N') : -0.3, ('S', 'A') : 0.4, ('L', 'G') : -0.5,  
1944  ('W', 'S') : 0.3, ('S', 'E') : 0.2, ('L', 'K') : -0.3, ('H', 'E') : 0.4,  
1945  ('S', 'I') : -0.1, ('Q', 'H') : 0.7, ('H', 'A') : -0.1, ('S', 'M') : -0.3,  
1946  ('Y', 'L') : 0.3, ('Y', 'H') : 0.3, ('Y', 'D') : -0.5, ('G', 'G') : 1.5,  
1947  ('G', 'C') : 0.2, ('Y', 'T') : -0.3, ('E', 'B') : 0.7, ('Y', 'P') : -0.8,  
1948  ('T', 'K') : 0.2, ('R', 'N') : 0.1, ('A', 'A') : 1.5, ('N', 'K') : 0.4,  
1949  ('T', 'C') : 0.2, ('V', 'H') : -0.3, ('Q', 'Q') : 1.5, ('R', 'F') : -0.5,  
1950  ('T', 'G') : 0.4, ('V', 'L') : 0.8, ('R', 'B') : 0.1, ('V', 'P') : 0.1,  
1951  ('P', 'E') : 0.1, ('M', 'C') : -0.6, ('I', 'I') : 1.5, ('P', 'A') : 0.5,  
1952  ('M', 'G') : -0.3, ('K', 'B') : 0.4, ('I', 'E') : -0.2, ('P', 'M') : -0.2,  
1953  ('M', 'K') : 0.2, ('K', 'F') : -0.7, ('I', 'A') : 0.0, ('P', 'I') : -0.2,  
1954  ('Q', 'L') : -0.1, ('Z', 'F') : -0.7, ('Z', 'B') : 0.6, ('Z', 'N') : 0.4,  
1955  ('Z', 'V') : -0.2, ('F', 'D') : -1.0, ('Z', 'R') : 0.2, ('D', 'C') : -0.5,  
1956  ('B', 'B') : 1.1 
1957  } 
1958  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam120.cmp 
1959  pam120 = { 
1960  ('W', 'F') : -1, ('L', 'R') : -4, ('S', 'P') : 1, ('V', 'T') : 0,  
1961  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -5, ('W', 'R') : 1,  
1962  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 7, ('S', 'H') : -2,  
1963  ('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -7, ('Y', 'M') : -4,  
1964  ('G', 'R') : -4, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -5, ('B', 'Y') : -3,  
1965  ('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 8,  
1966  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -7, ('Y', 'Q') : -5, ('Z', 'Z') : 4,  
1967  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -1, ('V', 'E') : -3,  
1968  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 6, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -2,  
1969  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -4, ('V', 'Q') : -3,  
1970  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -3, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -3,  
1971  ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -3,  
1972  ('P', 'H') : -1, ('F', 'Q') : -6, ('Z', 'G') : -2, ('X', 'L') : -2,  
1973  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -7, ('X', 'H') : -2, ('D', 'R') : -3,  
1974  ('B', 'W') : -6, ('X', 'D') : -2, ('Z', 'K') : -1, ('F', 'A') : -4,  
1975  ('Z', 'W') : -7, ('F', 'E') : -7, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : 0,  
1976  ('X', 'X') : -2, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : 0, ('X', 'T') : -1,  
1977  ('F', 'M') : -1, ('B', 'C') : -6, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3,  
1978  ('S', 'S') : 3, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -8, ('Q', 'R') : 1,  
1979  ('N', 'N') : 4, ('W', 'M') : -6, ('Q', 'C') : -7, ('W', 'I') : -6,  
1980  ('S', 'C') : 0, ('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : 1, ('L', 'E') : -4,  
1981  ('W', 'Q') : -6, ('H', 'G') : -4, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : 0,  
1982  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -3,  
1983  ('Y', 'F') : 4, ('C', 'A') : -3, ('V', 'L') : 1, ('G', 'E') : -1,  
1984  ('G', 'A') : 1, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 3, ('Y', 'R') : -5,  
1985  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : 0, ('C', 'D') : -7, ('V', 'F') : -3,  
1986  ('T', 'A') : 1, ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -2,  
1987  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -2, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -2,  
1988  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -3, ('K', 'L') : -4,  
1989  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -2, ('I', 'G') : -4,  
1990  ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 8, ('K', 'D') : -1, ('I', 'C') : -3,  
1991  ('Z', 'D') : 3, ('F', 'R') : -5, ('X', 'K') : -2, ('Q', 'D') : 1,  
1992  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -4, ('Z', 'H') : 1,  
1993  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 8, ('X', 'W') : -5,  
1994  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : -1,  
1995  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -8, ('V', 'Y') : -3,  
1996  ('W', 'L') : -3, ('H', 'R') : 1, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 2,  
1997  ('W', 'T') : -6, ('T', 'T') : 4, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -7,  
1998  ('L', 'D') : -5, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1,  
1999  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 5, ('Y', 'K') : -5, ('E', 'Q') : 2,  
2000  ('Y', 'G') : -6, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : -1, ('G', 'D') : 0,  
2001  ('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : -2, ('E', 'E') : 5,  
2002  ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -5, ('V', 'C') : -3, ('T', 'H') : -3,  
2003  ('P', 'R') : -1, ('V', 'G') : -2, ('T', 'L') : -3, ('V', 'K') : -4,  
2004  ('K', 'Q') : 0, ('R', 'A') : -3, ('I', 'R') : -2, ('T', 'D') : -1,  
2005  ('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -2, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4,  
2006  ('V', 'W') : -8, ('W', 'W') : 12, ('M', 'H') : -4, ('P', 'N') : -2,  
2007  ('K', 'A') : -2, ('M', 'L') : 3, ('K', 'E') : -1, ('Z', 'E') : 4,  
2008  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -3,  
2009  ('K', 'C') : -7, ('B', 'Q') : 0, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -4,  
2010  ('F', 'C') : -6, ('Z', 'Q') : 4, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -5,  
2011  ('B', 'E') : 3, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -7, ('B', 'A') : 0,  
2012  ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 5, ('W', 'G') : -8, ('Z', 'F') : -6,  
2013  ('S', 'Q') : -2, ('W', 'C') : -8, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 3,  
2014  ('L', 'C') : -7, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -5,  
2015  ('W', 'S') : -2, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -2,  
2016  ('H', 'A') : -3, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : -1,  
2017  ('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -3, ('X', 'P') : -2, ('G', 'G') : 5,  
2018  ('G', 'C') : -4, ('E', 'N') : 1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -6,  
2019  ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 3, ('P', 'Q') : 0, ('T', 'C') : -3,  
2020  ('V', 'H') : -3, ('T', 'G') : -1, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -2,  
2021  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -2, ('P', 'E') : -2, ('M', 'C') : -6,  
2022  ('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 6, ('P', 'A') : 1, ('M', 'G') : -4,  
2023  ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : 0,  
2024  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -2,  
2025  ('L', 'I') : 1, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1,  
2026  ('Z', 'N') : 0, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 3,  
2027  ('F', 'D') : -7, ('X', 'Y') : -3, ('Z', 'R') : -1, ('F', 'H') : -3,  
2028  ('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 0, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
2029  } 
2030  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam180.cmp 
2031  pam180 = { 
2032  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -4, ('S', 'P') : 1, ('V', 'T') : 0,  
2033  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : 0, ('Z', 'Y') : -6, ('W', 'R') : 2,  
2034  ('Q', 'A') : -1, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -2,  
2035  ('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -8, ('Y', 'M') : -4,  
2036  ('G', 'R') : -4, ('Y', 'I') : -2, ('Y', 'E') : -6, ('B', 'Y') : -4,  
2037  ('Y', 'A') : -5, ('V', 'D') : -3, ('B', 'S') : 1, ('Y', 'Y') : 11,  
2038  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -7, ('Y', 'Q') : -6, ('Z', 'Z') : 5,  
2039  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 13, ('M', 'R') : -1, ('V', 'E') : -3,  
2040  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 5, ('V', 'S') : -2,  
2041  ('Z', 'P') : -1, ('V', 'M') : 2, ('T', 'F') : -4, ('V', 'Q') : -3,  
2042  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -2, ('I', 'H') : -4, ('I', 'D') : -3,  
2043  ('T', 'R') : -2, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -3, ('M', 'N') : -3,  
2044  ('P', 'H') : -1, ('F', 'Q') : -6, ('Z', 'G') : -1, ('X', 'L') : -2,  
2045  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -7, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -3,  
2046  ('B', 'W') : -7, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 0, ('F', 'A') : -5,  
2047  ('Z', 'W') : -8, ('F', 'E') : -7, ('D', 'N') : 3, ('B', 'K') : 0,  
2048  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 1, ('B', 'G') : 0, ('X', 'T') : -1,  
2049  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -6, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3,  
2050  ('S', 'S') : 3, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -9, ('Q', 'R') : 1,  
2051  ('N', 'N') : 4, ('W', 'M') : -6, ('Q', 'C') : -7, ('W', 'I') : -7,  
2052  ('S', 'C') : 0, ('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : 1, ('L', 'E') : -5,  
2053  ('W', 'Q') : -6, ('H', 'G') : -3, ('S', 'K') : -1, ('Q', 'N') : 0,  
2054  ('N', 'R') : -1, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -2,  
2055  ('Y', 'F') : 7, ('C', 'A') : -3, ('V', 'L') : 2, ('G', 'E') : 0,  
2056  ('G', 'A') : 1, ('K', 'R') : 4, ('E', 'D') : 4, ('Y', 'R') : -6,  
2057  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : 0, ('C', 'D') : -7, ('V', 'F') : -2,  
2058  ('T', 'A') : 2, ('T', 'P') : 0, ('B', 'P') : -2, ('T', 'E') : -1,  
2059  ('V', 'N') : -3, ('P', 'G') : -1, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -1,  
2060  ('V', 'R') : -4, ('P', 'C') : -4, ('M', 'E') : -3, ('K', 'L') : -4,  
2061  ('V', 'V') : 6, ('M', 'I') : 2, ('T', 'Q') : -2, ('I', 'G') : -4,  
2062  ('P', 'K') : -2, ('M', 'M') : 9, ('K', 'D') : 0, ('I', 'C') : -3,  
2063  ('Z', 'D') : 3, ('F', 'R') : -6, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 2,  
2064  ('X', 'G') : -2, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -4, ('Z', 'H') : 2,  
2065  ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 10, ('X', 'W') : -6,  
2066  ('B', 'D') : 4, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -4, ('X', 'S') : 0,  
2067  ('F', 'N') : -5, ('S', 'R') : -1, ('W', 'D') : -9, ('V', 'Y') : -4,  
2068  ('W', 'L') : -3, ('H', 'R') : 2, ('W', 'H') : -4, ('H', 'N') : 2,  
2069  ('W', 'T') : -7, ('T', 'T') : 4, ('S', 'F') : -4, ('W', 'P') : -7,  
2070  ('L', 'D') : -6, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3, ('S', 'N') : 1,  
2071  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 7, ('Y', 'K') : -6, ('E', 'Q') : 3,  
2072  ('Y', 'G') : -7, ('Z', 'S') : -1, ('Y', 'C') : 0, ('G', 'D') : 0,  
2073  ('B', 'V') : -3, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : -1, ('E', 'E') : 5,  
2074  ('Y', 'S') : -4, ('C', 'N') : -5, ('V', 'C') : -3, ('T', 'H') : -2,  
2075  ('P', 'R') : -1, ('V', 'G') : -2, ('T', 'L') : -3, ('V', 'K') : -4,  
2076  ('K', 'Q') : 0, ('R', 'A') : -3, ('I', 'R') : -3, ('T', 'D') : -1,  
2077  ('P', 'F') : -6, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3, ('M', 'D') : -4,  
2078  ('V', 'W') : -8, ('W', 'W') : 18, ('M', 'H') : -3, ('P', 'N') : -1,  
2079  ('K', 'A') : -2, ('M', 'L') : 4, ('K', 'E') : -1, ('Z', 'E') : 5,  
2080  ('X', 'N') : -1, ('Z', 'A') : 0, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -3,  
2081  ('K', 'C') : -7, ('B', 'Q') : 1, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -3,  
2082  ('F', 'C') : -6, ('Z', 'Q') : 5, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -6,  
2083  ('B', 'E') : 3, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -7, ('B', 'A') : 0,  
2084  ('X', 'R') : -2, ('D', 'D') : 5, ('W', 'G') : -9, ('Z', 'F') : -7,  
2085  ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -10, ('W', 'K') : -5, ('H', 'Q') : 4,  
2086  ('L', 'C') : -8, ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -6,  
2087  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : -1, ('H', 'E') : 0, ('S', 'I') : -2,  
2088  ('H', 'A') : -2, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : 0,  
2089  ('Y', 'D') : -6, ('E', 'R') : -2, ('X', 'P') : -1, ('G', 'G') : 6,  
2090  ('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : 2, ('Y', 'T') : -4, ('Y', 'P') : -7,  
2091  ('T', 'K') : 0, ('A', 'A') : 3, ('P', 'Q') : 0, ('T', 'C') : -3,  
2092  ('V', 'H') : -3, ('T', 'G') : -1, ('I', 'Q') : -3, ('Z', 'T') : -1,  
2093  ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -2, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -7,  
2094  ('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 6, ('P', 'A') : 1, ('M', 'G') : -4,  
2095  ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -3, ('P', 'M') : -3, ('M', 'K') : 1,  
2096  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -3, ('R', 'R') : 8, ('X', 'M') : -1,  
2097  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 3, ('X', 'E') : -1,  
2098  ('Z', 'N') : 1, ('X', 'A') : -1, ('B', 'R') : -2, ('B', 'N') : 3,  
2099  ('F', 'D') : -8, ('X', 'Y') : -3, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -3,  
2100  ('B', 'F') : -6, ('F', 'L') : 1, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 4 
2101  } 
2102  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam250.cmp 
2103  pam250 = { 
2104  ('W', 'F') : 0, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : 1, ('V', 'T') : 0,  
2105  ('Q', 'Q') : 4, ('N', 'A') : 0, ('Z', 'Y') : -4, ('W', 'R') : 2,  
2106  ('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 6, ('S', 'H') : -1,  
2107  ('H', 'D') : 1, ('L', 'N') : -3, ('W', 'A') : -6, ('Y', 'M') : -2,  
2108  ('G', 'R') : -3, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -4, ('B', 'Y') : -3,  
2109  ('Y', 'A') : -3, ('V', 'D') : -2, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 10,  
2110  ('G', 'N') : 0, ('E', 'C') : -5, ('Y', 'Q') : -4, ('Z', 'Z') : 3,  
2111  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 12, ('M', 'R') : 0, ('V', 'E') : -2,  
2112  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 6, ('V', 'I') : 4, ('V', 'S') : -1,  
2113  ('Z', 'P') : 0, ('V', 'M') : 2, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -2,  
2114  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -1, ('I', 'H') : -2, ('I', 'D') : -2,  
2115  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
2116  ('P', 'H') : 0, ('F', 'Q') : -5, ('Z', 'G') : 0, ('X', 'L') : -1,  
2117  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -5, ('X', 'H') : -1, ('D', 'R') : -1,  
2118  ('B', 'W') : -5, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 0, ('F', 'A') : -3,  
2119  ('Z', 'W') : -6, ('F', 'E') : -5, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : 1,  
2120  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 1, ('B', 'G') : 0, ('X', 'T') : 0,  
2121  ('F', 'M') : 0, ('B', 'C') : -4, ('Z', 'I') : -2, ('Z', 'V') : -2,  
2122  ('S', 'S') : 2, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -7, ('Q', 'R') : 1,  
2123  ('N', 'N') : 2, ('W', 'M') : -4, ('Q', 'C') : -5, ('W', 'I') : -5,  
2124  ('S', 'C') : 0, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 1, ('L', 'E') : -3,  
2125  ('W', 'Q') : -5, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 1,  
2126  ('N', 'R') : 0, ('H', 'C') : -3, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -1,  
2127  ('Y', 'F') : 7, ('C', 'A') : -2, ('V', 'L') : 2, ('G', 'E') : 0,  
2128  ('G', 'A') : 1, ('K', 'R') : 3, ('E', 'D') : 3, ('Y', 'R') : -4,  
2129  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : 0, ('C', 'D') : -5, ('V', 'F') : -1,  
2130  ('T', 'A') : 1, ('T', 'P') : 0, ('B', 'P') : -1, ('T', 'E') : 0,  
2131  ('V', 'N') : -2, ('P', 'G') : 0, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : 0,  
2132  ('V', 'R') : -2, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
2133  ('V', 'V') : 4, ('M', 'I') : 2, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -3,  
2134  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : 0, ('I', 'C') : -2,  
2135  ('Z', 'D') : 3, ('F', 'R') : -4, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 2,  
2136  ('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : 2,  
2137  ('B', 'L') : -3, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 9, ('X', 'W') : -4,  
2138  ('B', 'D') : 3, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : 0,  
2139  ('F', 'N') : -3, ('S', 'R') : 0, ('W', 'D') : -7, ('V', 'Y') : -2,  
2140  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 2, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 2,  
2141  ('W', 'T') : -5, ('T', 'T') : 3, ('S', 'F') : -3, ('W', 'P') : -6,  
2142  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -2, ('L', 'H') : -2, ('S', 'N') : 1,  
2143  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 6, ('Y', 'K') : -4, ('E', 'Q') : 2,  
2144  ('Y', 'G') : -5, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : 0, ('G', 'D') : 1,  
2145  ('B', 'V') : -2, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : 0, ('E', 'E') : 4,  
2146  ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -1,  
2147  ('P', 'R') : 0, ('V', 'G') : -1, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -2,  
2148  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -2, ('I', 'R') : -2, ('T', 'D') : 0,  
2149  ('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -2, ('K', 'I') : -2, ('M', 'D') : -3,  
2150  ('V', 'W') : -6, ('W', 'W') : 17, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : 0,  
2151  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 4, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 3,  
2152  ('X', 'N') : 0, ('Z', 'A') : 0, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
2153  ('K', 'C') : -5, ('B', 'Q') : 1, ('X', 'B') : -1, ('B', 'M') : -2,  
2154  ('F', 'C') : -4, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -5,  
2155  ('B', 'E') : 3, ('X', 'V') : -1, ('F', 'K') : -5, ('B', 'A') : 0,  
2156  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 4, ('W', 'G') : -7, ('Z', 'F') : -5,  
2157  ('S', 'Q') : -1, ('W', 'C') : -8, ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 3,  
2158  ('L', 'C') : -6, ('W', 'N') : -4, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
2159  ('W', 'S') : -2, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 1, ('S', 'I') : -1,  
2160  ('H', 'A') : -1, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : -1, ('Y', 'H') : 0,  
2161  ('Y', 'D') : -4, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -1, ('G', 'G') : 5,  
2162  ('G', 'C') : -3, ('E', 'N') : 1, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5,  
2163  ('T', 'K') : 0, ('A', 'A') : 2, ('P', 'Q') : 0, ('T', 'C') : -2,  
2164  ('V', 'H') : -2, ('T', 'G') : 0, ('I', 'Q') : -2, ('Z', 'T') : -1,  
2165  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -1, ('P', 'E') : -1, ('M', 'C') : -5,  
2166  ('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : 1, ('M', 'G') : -3,  
2167  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -2, ('P', 'M') : -2, ('M', 'K') : 0,  
2168  ('I', 'A') : -1, ('P', 'I') : -2, ('R', 'R') : 6, ('X', 'M') : -1,  
2169  ('L', 'I') : 2, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1,  
2170  ('Z', 'N') : 1, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : -1, ('B', 'N') : 2,  
2171  ('F', 'D') : -6, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2,  
2172  ('B', 'F') : -4, ('F', 'L') : 2, ('X', 'Q') : -1, ('B', 'B') : 3 
2173  } 
2174  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam30.cmp 
2175  pam30 = { 
2176  ('W', 'F') : -4, ('L', 'R') : -8, ('S', 'P') : -2, ('V', 'T') : -3,  
2177  ('Q', 'Q') : 8, ('N', 'A') : -4, ('Z', 'Y') : -9, ('W', 'R') : -2,  
2178  ('Q', 'A') : -4, ('S', 'D') : -4, ('H', 'H') : 9, ('S', 'H') : -6,  
2179  ('H', 'D') : -4, ('L', 'N') : -7, ('W', 'A') : -13, ('Y', 'M') : -11,  
2180  ('G', 'R') : -9, ('Y', 'I') : -6, ('Y', 'E') : -8, ('B', 'Y') : -6,  
2181  ('Y', 'A') : -8, ('V', 'D') : -8, ('B', 'S') : -1, ('Y', 'Y') : 10,  
2182  ('G', 'N') : -3, ('E', 'C') : -14, ('Y', 'Q') : -12, ('Z', 'Z') : 6,  
2183  ('V', 'A') : -2, ('C', 'C') : 10, ('M', 'R') : -4, ('V', 'E') : -6,  
2184  ('T', 'N') : -2, ('P', 'P') : 8, ('V', 'I') : 2, ('V', 'S') : -6,  
2185  ('Z', 'P') : -4, ('V', 'M') : -1, ('T', 'F') : -9, ('V', 'Q') : -7,  
2186  ('K', 'K') : 7, ('P', 'D') : -8, ('I', 'H') : -9, ('I', 'D') : -7,  
2187  ('T', 'R') : -6, ('P', 'L') : -7, ('K', 'G') : -7, ('M', 'N') : -9,  
2188  ('P', 'H') : -4, ('F', 'Q') : -13, ('Z', 'G') : -5, ('X', 'L') : -6,  
2189  ('T', 'M') : -4, ('Z', 'C') : -14, ('X', 'H') : -5, ('D', 'R') : -10,  
2190  ('B', 'W') : -10, ('X', 'D') : -5, ('Z', 'K') : -4, ('F', 'A') : -8,  
2191  ('Z', 'W') : -14, ('F', 'E') : -14, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : -2,  
2192  ('X', 'X') : -5, ('F', 'I') : -2, ('B', 'G') : -3, ('X', 'T') : -4,  
2193  ('F', 'M') : -4, ('B', 'C') : -12, ('Z', 'I') : -6, ('Z', 'V') : -6,  
2194  ('S', 'S') : 6, ('L', 'Q') : -5, ('W', 'E') : -17, ('Q', 'R') : -2,  
2195  ('N', 'N') : 8, ('W', 'M') : -13, ('Q', 'C') : -14, ('W', 'I') : -14,  
2196  ('S', 'C') : -3, ('L', 'A') : -6, ('S', 'G') : -2, ('L', 'E') : -9,  
2197  ('W', 'Q') : -13, ('H', 'G') : -9, ('S', 'K') : -4, ('Q', 'N') : -3,  
2198  ('N', 'R') : -6, ('H', 'C') : -7, ('Y', 'N') : -4, ('G', 'Q') : -7,  
2199  ('Y', 'F') : 2, ('C', 'A') : -6, ('V', 'L') : -2, ('G', 'E') : -4,  
2200  ('G', 'A') : -2, ('K', 'R') : 0, ('E', 'D') : 2, ('Y', 'R') : -10,  
2201  ('M', 'Q') : -4, ('T', 'I') : -2, ('C', 'D') : -14, ('V', 'F') : -8,  
2202  ('T', 'A') : -1, ('T', 'P') : -4, ('B', 'P') : -7, ('T', 'E') : -6,  
2203  ('V', 'N') : -8, ('P', 'G') : -6, ('M', 'A') : -5, ('K', 'H') : -6,  
2204  ('V', 'R') : -8, ('P', 'C') : -8, ('M', 'E') : -7, ('K', 'L') : -8,  
2205  ('V', 'V') : 7, ('M', 'I') : -1, ('T', 'Q') : -5, ('I', 'G') : -11,  
2206  ('P', 'K') : -6, ('M', 'M') : 11, ('K', 'D') : -4, ('I', 'C') : -6,  
2207  ('Z', 'D') : 1, ('F', 'R') : -9, ('X', 'K') : -5, ('Q', 'D') : -2,  
2208  ('X', 'G') : -5, ('Z', 'L') : -7, ('X', 'C') : -9, ('Z', 'H') : -1,  
2209  ('B', 'L') : -9, ('B', 'H') : -1, ('F', 'F') : 9, ('X', 'W') : -11,  
2210  ('B', 'D') : 6, ('D', 'A') : -3, ('S', 'L') : -8, ('X', 'S') : -3,  
2211  ('F', 'N') : -9, ('S', 'R') : -3, ('W', 'D') : -15, ('V', 'Y') : -7,  
2212  ('W', 'L') : -6, ('H', 'R') : -2, ('W', 'H') : -7, ('H', 'N') : 0,  
2213  ('W', 'T') : -13, ('T', 'T') : 7, ('S', 'F') : -6, ('W', 'P') : -14,  
2214  ('L', 'D') : -12, ('B', 'I') : -6, ('L', 'H') : -6, ('S', 'N') : 0,  
2215  ('B', 'T') : -3, ('L', 'L') : 7, ('Y', 'K') : -9, ('E', 'Q') : 1,  
2216  ('Y', 'G') : -14, ('Z', 'S') : -5, ('Y', 'C') : -4, ('G', 'D') : -3,  
2217  ('B', 'V') : -8, ('E', 'A') : -2, ('Y', 'W') : -5, ('E', 'E') : 8,  
2218  ('Y', 'S') : -7, ('C', 'N') : -11, ('V', 'C') : -6, ('T', 'H') : -7,  
2219  ('P', 'R') : -4, ('V', 'G') : -5, ('T', 'L') : -7, ('V', 'K') : -9,  
2220  ('K', 'Q') : -3, ('R', 'A') : -7, ('I', 'R') : -5, ('T', 'D') : -5,  
2221  ('P', 'F') : -10, ('I', 'N') : -5, ('K', 'I') : -6, ('M', 'D') : -11,  
2222  ('V', 'W') : -15, ('W', 'W') : 13, ('M', 'H') : -10, ('P', 'N') : -6,  
2223  ('K', 'A') : -7, ('M', 'L') : 1, ('K', 'E') : -4, ('Z', 'E') : 6,  
2224  ('X', 'N') : -3, ('Z', 'A') : -3, ('Z', 'M') : -5, ('X', 'F') : -8,  
2225  ('K', 'C') : -14, ('B', 'Q') : -3, ('X', 'B') : -5, ('B', 'M') : -10,  
2226  ('F', 'C') : -13, ('Z', 'Q') : 6, ('X', 'Z') : -5, ('F', 'G') : -9,  
2227  ('B', 'E') : 1, ('X', 'V') : -5, ('F', 'K') : -14, ('B', 'A') : -3,  
2228  ('X', 'R') : -6, ('D', 'D') : 8, ('W', 'G') : -15, ('Z', 'F') : -13,  
2229  ('S', 'Q') : -5, ('W', 'C') : -15, ('W', 'K') : -12, ('H', 'Q') : 1,  
2230  ('L', 'C') : -15, ('W', 'N') : -8, ('S', 'A') : 0, ('L', 'G') : -10,  
2231  ('W', 'S') : -5, ('S', 'E') : -4, ('H', 'E') : -5, ('S', 'I') : -7,  
2232  ('H', 'A') : -7, ('S', 'M') : -5, ('Y', 'L') : -7, ('Y', 'H') : -3,  
2233  ('Y', 'D') : -11, ('E', 'R') : -9, ('X', 'P') : -5, ('G', 'G') : 6,  
2234  ('G', 'C') : -9, ('E', 'N') : -2, ('Y', 'T') : -6, ('Y', 'P') : -13,  
2235  ('T', 'K') : -3, ('A', 'A') : 6, ('P', 'Q') : -3, ('T', 'C') : -8,  
2236  ('V', 'H') : -6, ('T', 'G') : -6, ('I', 'Q') : -8, ('Z', 'T') : -6,  
2237  ('C', 'R') : -8, ('V', 'P') : -6, ('P', 'E') : -5, ('M', 'C') : -13,  
2238  ('K', 'N') : -1, ('I', 'I') : 8, ('P', 'A') : -2, ('M', 'G') : -8,  
2239  ('T', 'S') : 0, ('I', 'E') : -5, ('P', 'M') : -8, ('M', 'K') : -2,  
2240  ('I', 'A') : -5, ('P', 'I') : -8, ('R', 'R') : 8, ('X', 'M') : -5,  
2241  ('L', 'I') : -1, ('X', 'I') : -5, ('Z', 'B') : 0, ('X', 'E') : -5,  
2242  ('Z', 'N') : -3, ('X', 'A') : -3, ('B', 'R') : -7, ('B', 'N') : 6,  
2243  ('F', 'D') : -15, ('X', 'Y') : -7, ('Z', 'R') : -4, ('F', 'H') : -6,  
2244  ('B', 'F') : -10, ('F', 'L') : -3, ('X', 'Q') : -5, ('B', 'B') : 6 
2245  } 
2246  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam300.cmp 
2247  pam300 = { 
2248  ('W', 'F') : 1, ('L', 'R') : -3, ('S', 'P') : 1, ('V', 'T') : 0,  
2249  ('Q', 'Q') : 4, ('N', 'A') : 0, ('Z', 'Y') : -5, ('W', 'R') : 3,  
2250  ('Q', 'A') : 0, ('S', 'D') : 0, ('H', 'H') : 7, ('S', 'H') : -1,  
2251  ('H', 'D') : 1, ('L', 'N') : -3, ('W', 'A') : -6, ('Y', 'M') : -2,  
2252  ('G', 'R') : -2, ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -5, ('B', 'Y') : -4,  
2253  ('Y', 'A') : -4, ('V', 'D') : -2, ('B', 'S') : 1, ('Y', 'Y') : 12,  
2254  ('G', 'N') : 1, ('E', 'C') : -6, ('Y', 'Q') : -4, ('Z', 'Z') : 3,  
2255  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 15, ('M', 'R') : 0, ('V', 'E') : -2,  
2256  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 6, ('V', 'I') : 4, ('V', 'S') : -1,  
2257  ('Z', 'P') : 0, ('V', 'M') : 2, ('T', 'F') : -3, ('V', 'Q') : -2,  
2258  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -1, ('I', 'H') : -2, ('I', 'D') : -2,  
2259  ('T', 'R') : -1, ('P', 'L') : -3, ('K', 'G') : -2, ('M', 'N') : -2,  
2260  ('P', 'H') : 0, ('F', 'Q') : -5, ('Z', 'G') : 0, ('X', 'L') : -1,  
2261  ('T', 'M') : -1, ('Z', 'C') : -6, ('X', 'H') : 0, ('D', 'R') : -1,  
2262  ('B', 'W') : -6, ('X', 'D') : -1, ('Z', 'K') : 1, ('F', 'A') : -4,  
2263  ('Z', 'W') : -6, ('F', 'E') : -6, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : 1,  
2264  ('X', 'X') : -1, ('F', 'I') : 1, ('B', 'G') : 1, ('X', 'T') : 0,  
2265  ('F', 'M') : 1, ('B', 'C') : -5, ('Z', 'I') : -2, ('Z', 'V') : -2,  
2266  ('S', 'S') : 1, ('L', 'Q') : -2, ('W', 'E') : -8, ('Q', 'R') : 2,  
2267  ('N', 'N') : 2, ('W', 'M') : -5, ('Q', 'C') : -6, ('W', 'I') : -6,  
2268  ('S', 'C') : 0, ('L', 'A') : -2, ('S', 'G') : 1, ('L', 'E') : -4,  
2269  ('W', 'Q') : -5, ('H', 'G') : -2, ('S', 'K') : 0, ('Q', 'N') : 1,  
2270  ('N', 'R') : 0, ('H', 'C') : -4, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -1,  
2271  ('Y', 'F') : 9, ('C', 'A') : -2, ('V', 'L') : 2, ('G', 'E') : 0,  
2272  ('G', 'A') : 2, ('K', 'R') : 4, ('E', 'D') : 4, ('Y', 'R') : -5,  
2273  ('M', 'Q') : -1, ('T', 'I') : 0, ('C', 'D') : -6, ('V', 'F') : -1,  
2274  ('T', 'A') : 1, ('T', 'P') : 1, ('B', 'P') : 0, ('T', 'E') : 0,  
2275  ('V', 'N') : -2, ('P', 'G') : 0, ('M', 'A') : -1, ('K', 'H') : 0,  
2276  ('V', 'R') : -3, ('P', 'C') : -3, ('M', 'E') : -2, ('K', 'L') : -3,  
2277  ('V', 'V') : 5, ('M', 'I') : 3, ('T', 'Q') : -1, ('I', 'G') : -3,  
2278  ('P', 'K') : -1, ('M', 'M') : 6, ('K', 'D') : 0, ('I', 'C') : -3,  
2279  ('Z', 'D') : 3, ('F', 'R') : -5, ('X', 'K') : -1, ('Q', 'D') : 2,  
2280  ('X', 'G') : -1, ('Z', 'L') : -3, ('X', 'C') : -3, ('Z', 'H') : 2,  
2281  ('B', 'L') : -4, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 11, ('X', 'W') : -4,  
2282  ('B', 'D') : 3, ('D', 'A') : 0, ('S', 'L') : -3, ('X', 'S') : 0,  
2283  ('F', 'N') : -4, ('S', 'R') : 0, ('W', 'D') : -7, ('V', 'Y') : -3,  
2284  ('W', 'L') : -2, ('H', 'R') : 2, ('W', 'H') : -3, ('H', 'N') : 2,  
2285  ('W', 'T') : -6, ('T', 'T') : 2, ('S', 'F') : -4, ('W', 'P') : -6,  
2286  ('L', 'D') : -4, ('B', 'I') : -2, ('L', 'H') : -2, ('S', 'N') : 1,  
2287  ('B', 'T') : 0, ('L', 'L') : 7, ('Y', 'K') : -5, ('E', 'Q') : 3,  
2288  ('Y', 'G') : -6, ('Z', 'S') : 0, ('Y', 'C') : 1, ('G', 'D') : 1,  
2289  ('B', 'V') : -2, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : 0, ('E', 'E') : 4,  
2290  ('Y', 'S') : -3, ('C', 'N') : -4, ('V', 'C') : -2, ('T', 'H') : -1,  
2291  ('P', 'R') : 0, ('V', 'G') : -1, ('T', 'L') : -2, ('V', 'K') : -2,  
2292  ('K', 'Q') : 1, ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -2, ('T', 'D') : 0,  
2293  ('P', 'F') : -5, ('I', 'N') : -2, ('K', 'I') : -2, ('M', 'D') : -3,  
2294  ('V', 'W') : -7, ('W', 'W') : 22, ('M', 'H') : -2, ('P', 'N') : 0,  
2295  ('K', 'A') : -1, ('M', 'L') : 4, ('K', 'E') : 0, ('Z', 'E') : 3,  
2296  ('X', 'N') : 0, ('Z', 'A') : 0, ('Z', 'M') : -2, ('X', 'F') : -2,  
2297  ('K', 'C') : -6, ('B', 'Q') : 2, ('X', 'B') : 0, ('B', 'M') : -2,  
2298  ('F', 'C') : -5, ('Z', 'Q') : 3, ('X', 'Z') : -1, ('F', 'G') : -5,  
2299  ('B', 'E') : 3, ('X', 'V') : 0, ('F', 'K') : -6, ('B', 'A') : 0,  
2300  ('X', 'R') : -1, ('D', 'D') : 4, ('W', 'G') : -8, ('Z', 'F') : -5,  
2301  ('S', 'Q') : 0, ('W', 'C') : -9, ('W', 'K') : -4, ('H', 'Q') : 3,  
2302  ('L', 'C') : -7, ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -4,  
2303  ('W', 'S') : -3, ('S', 'E') : 0, ('H', 'E') : 1, ('S', 'I') : -1,  
2304  ('H', 'A') : -1, ('S', 'M') : -2, ('Y', 'L') : 0, ('Y', 'H') : 0,  
2305  ('Y', 'D') : -5, ('E', 'R') : -1, ('X', 'P') : -1, ('G', 'G') : 5,  
2306  ('G', 'C') : -4, ('E', 'N') : 2, ('Y', 'T') : -3, ('Y', 'P') : -5,  
2307  ('T', 'K') : 0, ('A', 'A') : 2, ('P', 'Q') : 0, ('T', 'C') : -2,  
2308  ('V', 'H') : -2, ('T', 'G') : 0, ('I', 'Q') : -2, ('Z', 'T') : 0,  
2309  ('C', 'R') : -4, ('V', 'P') : -1, ('P', 'E') : 0, ('M', 'C') : -6,  
2310  ('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 5, ('P', 'A') : 1, ('M', 'G') : -3,  
2311  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -2, ('P', 'M') : -2, ('M', 'K') : 0,  
2312  ('I', 'A') : 0, ('P', 'I') : -2, ('R', 'R') : 7, ('X', 'M') : -1,  
2313  ('L', 'I') : 3, ('X', 'I') : -1, ('Z', 'B') : 2, ('X', 'E') : -1,  
2314  ('Z', 'N') : 1, ('X', 'A') : 0, ('B', 'R') : 0, ('B', 'N') : 2,  
2315  ('F', 'D') : -6, ('X', 'Y') : -2, ('Z', 'R') : 0, ('F', 'H') : -2,  
2316  ('B', 'F') : -5, ('F', 'L') : 3, ('X', 'Q') : 0, ('B', 'B') : 3 
2317  } 
2318  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam60.cmp 
2319  pam60 = { 
2320  ('W', 'F') : -3, ('L', 'R') : -6, ('S', 'P') : 0, ('V', 'T') : -1,  
2321  ('Q', 'Q') : 7, ('N', 'A') : -2, ('Z', 'Y') : -7, ('W', 'R') : 0,  
2322  ('Q', 'A') : -3, ('S', 'D') : -2, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -4,  
2323  ('H', 'D') : -2, ('L', 'N') : -5, ('W', 'A') : -10, ('Y', 'M') : -7,  
2324  ('G', 'R') : -7, ('Y', 'I') : -4, ('Y', 'E') : -7, ('B', 'Y') : -5,  
2325  ('Y', 'A') : -6, ('V', 'D') : -6, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 9,  
2326  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -10, ('Y', 'Q') : -8, ('Z', 'Z') : 5,  
2327  ('V', 'A') : -1, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -4,  
2328  ('T', 'N') : -1, ('P', 'P') : 7, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -4,  
2329  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 0, ('T', 'F') : -6, ('V', 'Q') : -5,  
2330  ('K', 'K') : 6, ('P', 'D') : -5, ('I', 'H') : -6, ('I', 'D') : -5,  
2331  ('T', 'R') : -4, ('P', 'L') : -5, ('K', 'G') : -5, ('M', 'N') : -6,  
2332  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -9, ('Z', 'G') : -3, ('X', 'L') : -4,  
2333  ('T', 'M') : -2, ('Z', 'C') : -10, ('X', 'H') : -3, ('D', 'R') : -6,  
2334  ('B', 'W') : -8, ('X', 'D') : -3, ('Z', 'K') : -2, ('F', 'A') : -6,  
2335  ('Z', 'W') : -11, ('F', 'E') : -10, ('D', 'N') : 2, ('B', 'K') : -1,  
2336  ('X', 'X') : -3, ('F', 'I') : -1, ('B', 'G') : -2, ('X', 'T') : -2,  
2337  ('F', 'M') : -2, ('B', 'C') : -9, ('Z', 'I') : -4, ('Z', 'V') : -5,  
2338  ('S', 'S') : 5, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -12, ('Q', 'R') : 0,  
2339  ('N', 'N') : 6, ('W', 'M') : -9, ('Q', 'C') : -10, ('W', 'I') : -10,  
2340  ('S', 'C') : -1, ('L', 'A') : -4, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -7,  
2341  ('W', 'Q') : -9, ('H', 'G') : -6, ('S', 'K') : -2, ('Q', 'N') : -2,  
2342  ('N', 'R') : -3, ('H', 'C') : -6, ('Y', 'N') : -3, ('G', 'Q') : -5,  
2343  ('Y', 'F') : 3, ('C', 'A') : -5, ('V', 'L') : -1, ('G', 'E') : -2,  
2344  ('G', 'A') : 0, ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 3, ('Y', 'R') : -8,  
2345  ('M', 'Q') : -2, ('T', 'I') : -1, ('C', 'D') : -10, ('V', 'F') : -5,  
2346  ('T', 'A') : 1, ('T', 'P') : -2, ('B', 'P') : -4, ('T', 'E') : -4,  
2347  ('V', 'N') : -5, ('P', 'G') : -4, ('M', 'A') : -3, ('K', 'H') : -4,  
2348  ('V', 'R') : -5, ('P', 'C') : -6, ('M', 'E') : -5, ('K', 'L') : -6,  
2349  ('V', 'V') : 6, ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -4, ('I', 'G') : -7,  
2350  ('P', 'K') : -4, ('M', 'M') : 10, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -4,  
2351  ('Z', 'D') : 2, ('F', 'R') : -7, ('X', 'K') : -3, ('Q', 'D') : -1,  
2352  ('X', 'G') : -3, ('Z', 'L') : -5, ('X', 'C') : -6, ('Z', 'H') : 0,  
2353  ('B', 'L') : -7, ('B', 'H') : 0, ('F', 'F') : 8, ('X', 'W') : -8,  
2354  ('B', 'D') : 5, ('D', 'A') : -2, ('S', 'L') : -6, ('X', 'S') : -2,  
2355  ('F', 'N') : -6, ('S', 'R') : -2, ('W', 'D') : -11, ('V', 'Y') : -5,  
2356  ('W', 'L') : -4, ('H', 'R') : 0, ('W', 'H') : -5, ('H', 'N') : 1,  
2357  ('W', 'T') : -9, ('T', 'T') : 6, ('S', 'F') : -5, ('W', 'P') : -10,  
2358  ('L', 'D') : -9, ('B', 'I') : -4, ('L', 'H') : -4, ('S', 'N') : 1,  
2359  ('B', 'T') : -2, ('L', 'L') : 6, ('Y', 'K') : -7, ('E', 'Q') : 2,  
2360  ('Y', 'G') : -10, ('Z', 'S') : -3, ('Y', 'C') : -2, ('G', 'D') : -2,  
2361  ('B', 'V') : -5, ('E', 'A') : -1, ('Y', 'W') : -3, ('E', 'E') : 7,  
2362  ('Y', 'S') : -5, ('C', 'N') : -7, ('V', 'C') : -4, ('T', 'H') : -5,  
2363  ('P', 'R') : -2, ('V', 'G') : -4, ('T', 'L') : -5, ('V', 'K') : -6,  
2364  ('K', 'Q') : -1, ('R', 'A') : -5, ('I', 'R') : -4, ('T', 'D') : -3,  
2365  ('P', 'F') : -7, ('I', 'N') : -4, ('K', 'I') : -4, ('M', 'D') : -7,  
2366  ('V', 'W') : -11, ('W', 'W') : 13, ('M', 'H') : -7, ('P', 'N') : -4,  
2367  ('K', 'A') : -5, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : -3, ('Z', 'E') : 5,  
2368  ('X', 'N') : -2, ('Z', 'A') : -2, ('Z', 'M') : -4, ('X', 'F') : -5,  
2369  ('K', 'C') : -10, ('B', 'Q') : -1, ('X', 'B') : -3, ('B', 'M') : -6,  
2370  ('F', 'C') : -9, ('Z', 'Q') : 6, ('X', 'Z') : -3, ('F', 'G') : -7,  
2371  ('B', 'E') : 2, ('X', 'V') : -3, ('F', 'K') : -10, ('B', 'A') : -2,  
2372  ('X', 'R') : -4, ('D', 'D') : 7, ('W', 'G') : -11, ('Z', 'F') : -10,  
2373  ('S', 'Q') : -3, ('W', 'C') : -12, ('W', 'K') : -8, ('H', 'Q') : 2,  
2374  ('L', 'C') : -11, ('W', 'N') : -6, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -8,  
2375  ('W', 'S') : -4, ('S', 'E') : -2, ('H', 'E') : -3, ('S', 'I') : -4,  
2376  ('H', 'A') : -5, ('S', 'M') : -4, ('Y', 'L') : -5, ('Y', 'H') : -2,  
2377  ('Y', 'D') : -8, ('E', 'R') : -6, ('X', 'P') : -3, ('G', 'G') : 6,  
2378  ('G', 'C') : -7, ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -5, ('Y', 'P') : -10,  
2379  ('T', 'K') : -2, ('A', 'A') : 5, ('P', 'Q') : -1, ('T', 'C') : -5,  
2380  ('V', 'H') : -5, ('T', 'G') : -3, ('I', 'Q') : -5, ('Z', 'T') : -4,  
2381  ('C', 'R') : -6, ('V', 'P') : -4, ('P', 'E') : -3, ('M', 'C') : -10,  
2382  ('K', 'N') : 0, ('I', 'I') : 7, ('P', 'A') : 0, ('M', 'G') : -6,  
2383  ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -4, ('P', 'M') : -6, ('M', 'K') : 0,  
2384  ('I', 'A') : -3, ('P', 'I') : -6, ('R', 'R') : 8, ('X', 'M') : -3,  
2385  ('L', 'I') : 0, ('X', 'I') : -3, ('Z', 'B') : 1, ('X', 'E') : -3,  
2386  ('Z', 'N') : -1, ('X', 'A') : -2, ('B', 'R') : -5, ('B', 'N') : 5,  
2387  ('F', 'D') : -11, ('X', 'Y') : -5, ('Z', 'R') : -2, ('F', 'H') : -4,  
2388  ('B', 'F') : -8, ('F', 'L') : -1, ('X', 'Q') : -3, ('B', 'B') : 5 
2389  } 
2390  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/pam90.cmp 
2391  pam90 = { 
2392  ('W', 'F') : -2, ('L', 'R') : -5, ('S', 'P') : 0, ('V', 'T') : -1,  
2393  ('Q', 'Q') : 6, ('N', 'A') : -1, ('Z', 'Y') : -6, ('W', 'R') : 0,  
2394  ('Q', 'A') : -2, ('S', 'D') : -1, ('H', 'H') : 8, ('S', 'H') : -3,  
2395  ('H', 'D') : -1, ('L', 'N') : -4, ('W', 'A') : -8, ('Y', 'M') : -6,  
2396  ('G', 'R') : -5, ('Y', 'I') : -3, ('Y', 'E') : -6, ('B', 'Y') : -4,  
2397  ('Y', 'A') : -5, ('V', 'D') : -4, ('B', 'S') : 0, ('Y', 'Y') : 9,  
2398  ('G', 'N') : -1, ('E', 'C') : -8, ('Y', 'Q') : -6, ('Z', 'Z') : 5,  
2399  ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 9, ('M', 'R') : -2, ('V', 'E') : -3,  
2400  ('T', 'N') : 0, ('P', 'P') : 7, ('V', 'I') : 3, ('V', 'S') : -3,  
2401  ('Z', 'P') : -2, ('V', 'M') : 1, ('T', 'F') : -5, ('V', 'Q') : -4,  
2402  ('K', 'K') : 5, ('P', 'D') : -4, ('I', 'H') : -5, ('I', 'D') : -4,  
2403  ('T', 'R') : -3, ('P', 'L') : -4, ('K', 'G') : -4, ('M', 'N') : -4,  
2404  ('P', 'H') : -2, ('F', 'Q') : -7, ('Z', 'G') : -2, ('T', 'M') : -2,  
2405  ('Z', 'C') : -8, ('D', 'R') : -5, ('B', 'W') : -7, ('Z', 'K') : -1,  
2406  ('F', 'A') : -5, ('Z', 'W') : -8, ('F', 'E') : -8, ('D', 'N') : 3,  
2407  ('B', 'K') : 0, ('F', 'I') : 0, ('B', 'G') : -1, ('F', 'M') : -1,  
2408  ('B', 'C') : -7, ('Z', 'I') : -3, ('Z', 'V') : -3, ('S', 'S') : 4,  
2409  ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -10, ('Q', 'R') : 0, ('N', 'N') : 5,  
2410  ('W', 'M') : -7, ('Q', 'C') : -8, ('W', 'I') : -8, ('S', 'C') : -1,  
2411  ('L', 'A') : -3, ('S', 'G') : 0, ('L', 'E') : -5, ('W', 'Q') : -7,  
2412  ('H', 'G') : -5, ('S', 'K') : -1, ('L', 'I') : 1, ('N', 'R') : -2,  
2413  ('H', 'C') : -5, ('Y', 'N') : -2, ('G', 'Q') : -3, ('Y', 'F') : 4,  
2414  ('C', 'A') : -3, ('V', 'L') : 0, ('G', 'E') : -1, ('G', 'A') : 0,  
2415  ('K', 'R') : 2, ('E', 'D') : 4, ('Y', 'R') : -6, ('M', 'Q') : -2,  
2416  ('T', 'I') : 0, ('C', 'D') : -8, ('V', 'F') : -4, ('T', 'A') : 1,  
2417  ('T', 'P') : -1, ('B', 'P') : -3, ('T', 'E') : -2, ('V', 'N') : -4,  
2418  ('P', 'G') : -3, ('M', 'A') : -2, ('K', 'H') : -2, ('V', 'R') : -4,  
2419  ('P', 'C') : -5, ('M', 'E') : -4, ('K', 'L') : -5, ('V', 'V') : 6,  
2420  ('M', 'I') : 1, ('T', 'Q') : -3, ('I', 'G') : -5, ('P', 'K') : -3,  
2421  ('M', 'M') : 9, ('K', 'D') : -2, ('I', 'C') : -3, ('Z', 'D') : 3,  
2422  ('F', 'R') : -6, ('Q', 'D') : 0, ('Z', 'L') : -4, ('Z', 'H') : 1,  
2423  ('B', 'L') : -5, ('B', 'H') : 1, ('F', 'F') : 8, ('B', 'D') : 5,  
2424  ('D', 'A') : -1, ('S', 'L') : -5, ('F', 'N') : -5, ('S', 'R') : -1,  
2425  ('W', 'D') : -9, ('W', 'L') : -3, ('H', 'R') : 1, ('W', 'H') : -4,  
2426  ('H', 'N') : 2, ('W', 'T') : -7, ('T', 'T') : 5, ('S', 'F') : -4,  
2427  ('W', 'P') : -8, ('L', 'D') : -7, ('B', 'I') : -3, ('L', 'H') : -3,  
2428  ('S', 'N') : 1, ('B', 'T') : -1, ('L', 'L') : 6, ('Y', 'K') : -6,  
2429  ('E', 'Q') : 2, ('Y', 'G') : -8, ('Z', 'S') : -2, ('Y', 'C') : -1,  
2430  ('G', 'D') : -1, ('B', 'V') : -4, ('E', 'A') : 0, ('Y', 'W') : -2,  
2431  ('E', 'E') : 6, ('Y', 'S') : -4, ('C', 'N') : -6, ('V', 'C') : -3,  
2432  ('T', 'H') : -3, ('P', 'R') : -1, ('V', 'G') : -3, ('T', 'L') : -3,  
2433  ('V', 'K') : -5, ('K', 'Q') : -1, ('R', 'A') : -4, ('I', 'R') : -3,  
2434  ('T', 'D') : -2, ('P', 'F') : -6, ('I', 'N') : -3, ('K', 'I') : -3,  
2435  ('M', 'D') : -5, ('V', 'W') : -9, ('W', 'W') : 13, ('M', 'H') : -5,  
2436  ('P', 'N') : -2, ('K', 'A') : -3, ('M', 'L') : 2, ('K', 'E') : -2,  
2437  ('Z', 'E') : 5, ('Q', 'N') : -1, ('Z', 'A') : -1, ('Z', 'M') : -3,  
2438  ('K', 'C') : -8, ('B', 'Q') : 0, ('B', 'M') : -5, ('F', 'C') : -7,  
2439  ('Z', 'Q') : 5, ('F', 'G') : -6, ('B', 'E') : 2, ('F', 'K') : -8,  
2440  ('B', 'A') : -1, ('D', 'D') : 6, ('W', 'G') : -9, ('S', 'Q') : -2,  
2441  ('W', 'C') : -10, ('W', 'K') : -6, ('H', 'Q') : 2, ('L', 'C') : -9,  
2442  ('W', 'N') : -5, ('S', 'A') : 1, ('L', 'G') : -6, ('W', 'S') : -3,  
2443  ('S', 'E') : -2, ('H', 'E') : -1, ('S', 'I') : -3, ('H', 'A') : -4,  
2444  ('S', 'M') : -3, ('Y', 'L') : -3, ('Y', 'H') : -1, ('Y', 'D') : -6,  
2445  ('E', 'R') : -4, ('G', 'G') : 5, ('G', 'C') : -5, ('E', 'N') : 0,  
2446  ('Y', 'T') : -4, ('Y', 'P') : -8, ('T', 'K') : -1, ('A', 'A') : 4,  
2447  ('P', 'Q') : -1, ('T', 'C') : -4, ('V', 'H') : -4, ('T', 'G') : -2,  
2448  ('I', 'Q') : -4, ('Z', 'T') : -2, ('C', 'R') : -5, ('V', 'P') : -3,  
2449  ('P', 'E') : -2, ('M', 'C') : -8, ('K', 'N') : 1, ('I', 'I') : 6,  
2450  ('P', 'A') : 0, ('M', 'G') : -5, ('T', 'S') : 2, ('I', 'E') : -3,  
2451  ('P', 'M') : -4, ('M', 'K') : 0, ('I', 'A') : -2, ('P', 'I') : -4,  
2452  ('R', 'R') : 7, ('Z', 'F') : -8, ('Z', 'B') : 2, ('Z', 'N') : 0,  
2453  ('B', 'R') : -3, ('B', 'N') : 4, ('F', 'D') : -8, ('Z', 'R') : -1,  
2454  ('F', 'H') : -3, ('B', 'F') : -6, ('F', 'L') : 0, ('V', 'Y') : -4,  
2455  ('B', 'B') : 4 
2456  } 
2457  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/rao.cmp 
2458  rao = { 
2459  ('W', 'F') : 11, ('S', 'P') : 10, ('N', 'M') : 6, ('Q', 'Q') : 16,  
2460  ('N', 'A') : 9, ('N', 'E') : 10, ('W', 'V') : 11, ('Q', 'E') : 11,  
2461  ('L', 'H') : 10, ('W', 'R') : 7, ('Q', 'A') : 11, ('S', 'D') : 10,  
2462  ('H', 'H') : 16, ('Q', 'M') : 9, ('S', 'H') : 10, ('H', 'D') : 9,  
2463  ('Q', 'I') : 6, ('S', 'L') : 8, ('Y', 'M') : 8, ('Y', 'I') : 10,  
2464  ('Y', 'E') : 6, ('Y', 'A') : 9, ('G', 'F') : 7, ('V', 'T') : 10,  
2465  ('Y', 'Y') : 16, ('V', 'H') : 9, ('E', 'C') : 9, ('Y', 'Q') : 8,  
2466  ('V', 'A') : 9, ('C', 'C') : 16, ('V', 'E') : 4, ('T', 'N') : 10,  
2467  ('R', 'K') : 11, ('P', 'P') : 16, ('V', 'I') : 12, ('R', 'G') : 7,  
2468  ('V', 'M') : 9, ('T', 'F') : 10, ('R', 'C') : 8, ('V', 'Q') : 6,  
2469  ('K', 'K') : 16, ('P', 'D') : 8, ('I', 'H') : 8, ('M', 'F') : 10,  
2470  ('I', 'D') : 3, ('K', 'C') : 9, ('P', 'L') : 4, ('K', 'G') : 7,  
2471  ('P', 'H') : 5, ('T', 'R') : 9, ('F', 'A') : 10, ('F', 'E') : 6,  
2472  ('S', 'S') : 16, ('W', 'E') : 7, ('N', 'N') : 16, ('W', 'M') : 10,  
2473  ('Q', 'C') : 10, ('N', 'F') : 6, ('S', 'C') : 10, ('L', 'A') : 11,  
2474  ('S', 'G') : 11, ('L', 'E') : 7, ('W', 'Q') : 9, ('H', 'G') : 7,  
2475  ('S', 'K') : 10, ('Q', 'N') : 11, ('V', 'D') : 3, ('H', 'C') : 10,  
2476  ('Y', 'N') : 8, ('Y', 'F') : 10, ('W', 'I') : 11, ('C', 'A') : 11,  
2477  ('G', 'E') : 6, ('G', 'A') : 8, ('Y', 'V') : 10, ('E', 'D') : 11,  
2478  ('W', 'H') : 10, ('Y', 'R') : 7, ('N', 'I') : 5, ('R', 'L') : 6,  
2479  ('T', 'I') : 10, ('Q', 'L') : 9, ('R', 'H') : 10, ('T', 'M') : 8,  
2480  ('V', 'F') : 11, ('R', 'D') : 10, ('T', 'A') : 10, ('T', 'P') : 8,  
2481  ('T', 'E') : 8, ('V', 'N') : 5, ('P', 'G') : 11, ('M', 'A') : 11,  
2482  ('K', 'H') : 11, ('V', 'R') : 5, ('P', 'C') : 7, ('M', 'E') : 8,  
2483  ('V', 'V') : 16, ('T', 'T') : 16, ('M', 'I') : 9, ('T', 'Q') : 10,  
2484  ('I', 'G') : 6, ('P', 'K') : 6, ('M', 'M') : 16, ('K', 'D') : 11,  
2485  ('I', 'C') : 8, ('L', 'C') : 11, ('F', 'F') : 16, ('D', 'A') : 9,  
2486  ('S', 'R') : 9, ('W', 'D') : 6, ('N', 'C') : 9, ('N', 'G') : 10,  
2487  ('W', 'T') : 11, ('Q', 'G') : 8, ('S', 'F') : 8, ('W', 'P') : 6,  
2488  ('L', 'D') : 6, ('H', 'F') : 9, ('Q', 'K') : 12, ('S', 'N') : 11,  
2489  ('L', 'L') : 16, ('Q', 'F') : 7, ('Y', 'K') : 7, ('Y', 'G') : 10,  
2490  ('Y', 'C') : 10, ('G', 'D') : 9, ('E', 'A') : 10, ('Y', 'W') : 11,  
2491  ('E', 'E') : 16, ('Y', 'S') : 11, ('R', 'M') : 6, ('V', 'C') : 8,  
2492  ('T', 'H') : 10, ('R', 'I') : 4, ('V', 'G') : 6, ('T', 'L') : 9,  
2493  ('R', 'E') : 9, ('V', 'K') : 5, ('R', 'Q') : 10, ('R', 'A') : 8,  
2494  ('T', 'D') : 9, ('P', 'F') : 4, ('V', 'S') : 8, ('K', 'I') : 4,  
2495  ('M', 'D') : 5, ('W', 'W') : 16, ('M', 'H') : 10, ('P', 'N') : 9,  
2496  ('I', 'F') : 12, ('K', 'A') : 10, ('M', 'L') : 11, ('K', 'E') : 11,  
2497  ('N', 'K') : 11, ('R', 'P') : 6, ('L', 'F') : 11, ('F', 'C') : 10,  
2498  ('W', 'G') : 8, ('W', 'L') : 11, ('D', 'D') : 16, ('N', 'H') : 10,  
2499  ('S', 'Q') : 10, ('Q', 'P') : 7, ('N', 'L') : 7, ('W', 'K') : 7,  
2500  ('Q', 'D') : 11, ('W', 'N') : 8, ('S', 'A') : 10, ('L', 'G') : 6,  
2501  ('W', 'S') : 10, ('S', 'E') : 9, ('L', 'K') : 7, ('H', 'E') : 11,  
2502  ('S', 'I') : 8, ('Q', 'H') : 11, ('H', 'A') : 11, ('S', 'M') : 7,  
2503  ('Y', 'L') : 9, ('Y', 'H') : 9, ('Y', 'D') : 7, ('G', 'G') : 16,  
2504  ('G', 'C') : 8, ('Y', 'T') : 11, ('W', 'C') : 11, ('Y', 'P') : 8,  
2505  ('T', 'K') : 9, ('R', 'N') : 10, ('A', 'A') : 16, ('W', 'A') : 11,  
2506  ('T', 'C') : 10, ('N', 'D') : 11, ('R', 'F') : 5, ('T', 'G') : 10,  
2507  ('V', 'L') : 10, ('V', 'P') : 3, ('P', 'E') : 5, ('M', 'C') : 10,  
2508  ('I', 'I') : 16, ('P', 'A') : 6, ('M', 'G') : 4, ('T', 'S') : 11,  
2509  ('I', 'E') : 4, ('P', 'M') : 2, ('M', 'K') : 8, ('K', 'F') : 6,  
2510  ('I', 'A') : 9, ('P', 'I') : 3, ('R', 'R') : 16, ('L', 'I') : 10,  
2511  ('F', 'D') : 4, ('D', 'C') : 8 
2512  } 
2513  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/risler.cmp 
2514  risler = { 
2515  ('W', 'F') : -0.9, ('S', 'P') : -0.3, ('N', 'M') : 0.0, ('Q', 'Q') : 2.2,  
2516  ('N', 'A') : 1.3, ('N', 'E') : 1.4, ('W', 'V') : -0.7, ('Q', 'E') : 2.1,  
2517  ('L', 'H') : -0.9, ('W', 'R') : -0.8, ('Q', 'A') : 1.8, ('S', 'D') : 0.7,  
2518  ('H', 'H') : 2.2, ('Q', 'M') : 1.2, ('S', 'H') : -0.4, ('H', 'D') : -1.3,  
2519  ('Q', 'I') : 1.4, ('S', 'L') : 1.3, ('Y', 'M') : -0.2, ('Y', 'I') : 0.4,  
2520  ('Y', 'E') : 0.2, ('Y', 'A') : 0.2, ('G', 'F') : -0.4, ('V', 'T') : 1.6,  
2521  ('Y', 'Y') : 2.2, ('V', 'H') : -0.7, ('E', 'C') : -1.5, ('Y', 'Q') : 0.5,  
2522  ('V', 'A') : 2.0, ('C', 'C') : 2.2, ('V', 'E') : 1.6, ('T', 'N') : 1.1,  
2523  ('R', 'K') : 2.1, ('P', 'P') : 2.2, ('V', 'I') : 2.2, ('R', 'G') : 0.1,  
2524  ('V', 'M') : 0.8, ('T', 'F') : 0.3, ('R', 'C') : -1.5, ('V', 'Q') : 1.5,  
2525  ('K', 'K') : 2.2, ('P', 'D') : -1.2, ('I', 'H') : -0.8, ('M', 'F') : -0.2,  
2526  ('I', 'D') : 0.0, ('K', 'C') : -1.6, ('P', 'L') : -0.8, ('K', 'G') : -0.1,  
2527  ('P', 'H') : -1.6, ('T', 'R') : 1.9, ('F', 'A') : 0.6, ('F', 'E') : 0.6,  
2528  ('S', 'S') : 2.2, ('W', 'E') : -1.0, ('N', 'N') : 2.2, ('W', 'M') : -1.3,  
2529  ('Q', 'C') : -1.4, ('N', 'F') : 0.4, ('S', 'C') : -1.3, ('L', 'A') : 1.3,  
2530  ('S', 'G') : 0.7, ('L', 'E') : 0.9, ('W', 'Q') : -1.0, ('H', 'G') : -1.2,  
2531  ('S', 'K') : 1.4, ('Q', 'N') : 1.6, ('V', 'D') : 0.0, ('H', 'C') : -1.8,  
2532  ('Y', 'N') : -0.1, ('Y', 'F') : 2.0, ('W', 'I') : -0.7, ('C', 'A') : -1.5,  
2533  ('G', 'E') : 0.3, ('G', 'A') : 0.6, ('Y', 'V') : 0.3, ('E', 'D') : 1.0,  
2534  ('W', 'H') : -1.7, ('Y', 'R') : 0.8, ('N', 'I') : 0.9, ('R', 'L') : 1.2,  
2535  ('T', 'I') : 1.6, ('Q', 'L') : 1.1, ('R', 'H') : -0.4, ('T', 'M') : 0.8,  
2536  ('V', 'F') : 0.8, ('R', 'D') : -0.1, ('T', 'A') : 1.9, ('T', 'P') : -0.5,  
2537  ('T', 'E') : 1.6, ('V', 'N') : 1.1, ('P', 'G') : -1.2, ('M', 'A') : 1.0,  
2538  ('K', 'H') : -1.0, ('V', 'R') : 1.5, ('P', 'C') : -1.8, ('M', 'E') : 0.6,  
2539  ('V', 'V') : 2.2, ('T', 'T') : 2.2, ('M', 'I') : 0.9, ('T', 'Q') : 1.7,  
2540  ('I', 'G') : 0.0, ('P', 'K') : -0.7, ('M', 'M') : 2.2, ('K', 'D') : 0.1,  
2541  ('I', 'C') : -1.6, ('L', 'C') : -1.5, ('F', 'F') : 2.2, ('D', 'A') : 0.2,  
2542  ('S', 'R') : 2.0, ('W', 'D') : -1.4, ('N', 'C') : -1.6, ('N', 'G') : 0.2,  
2543  ('W', 'T') : -1.0, ('Q', 'G') : 0.2, ('S', 'F') : 0.5, ('W', 'P') : -1.6,  
2544  ('L', 'D') : -0.2, ('H', 'F') : -1.1, ('Q', 'K') : 1.7, ('S', 'N') : 1.9,  
2545  ('L', 'L') : 2.2, ('Q', 'F') : 0.7, ('Y', 'K') : 0.5, ('Y', 'G') : -0.2,  
2546  ('Y', 'C') : -1.1, ('G', 'D') : -0.4, ('E', 'A') : 1.7, ('Y', 'W') : -0.6,  
2547  ('E', 'E') : 2.2, ('Y', 'S') : 0.4, ('R', 'M') : 1.1, ('V', 'C') : -1.4,  
2548  ('T', 'H') : -0.9, ('R', 'I') : 1.4, ('V', 'G') : 0.1, ('T', 'L') : 1.2,  
2549  ('R', 'E') : 1.9, ('V', 'K') : 1.2, ('R', 'Q') : 2.0, ('R', 'A') : 1.5,  
2550  ('T', 'D') : 0.0, ('P', 'F') : -1.1, ('V', 'S') : 1.8, ('K', 'I') : 1.0,  
2551  ('M', 'D') : -0.5, ('W', 'W') : 2.2, ('M', 'H') : -1.2, ('P', 'N') : -1.0,  
2552  ('I', 'F') : 1.0, ('K', 'A') : 1.4, ('M', 'L') : 1.8, ('K', 'E') : 1.4,  
2553  ('N', 'K') : 1.0, ('R', 'P') : -0.3, ('L', 'F') : 1.0, ('F', 'C') : -1.6,  
2554  ('W', 'G') : -1.3, ('W', 'L') : -0.8, ('D', 'D') : 2.2, ('N', 'H') : -0.3,  
2555  ('S', 'Q') : 1.8, ('Q', 'P') : -0.6, ('N', 'L') : 0.8, ('W', 'K') : -1.1,  
2556  ('Q', 'D') : 0.6, ('W', 'N') : -1.1, ('S', 'A') : 2.0, ('L', 'G') : -0.2,  
2557  ('W', 'S') : -0.8, ('S', 'E') : 1.8, ('L', 'K') : 0.7, ('H', 'E') : -0.6,  
2558  ('S', 'I') : 1.6, ('Q', 'H') : -0.5, ('H', 'A') : -0.6, ('S', 'M') : 0.6,  
2559  ('Y', 'L') : 0.5, ('Y', 'H') : -0.8, ('Y', 'D') : -0.4, ('G', 'G') : 2.2,  
2560  ('G', 'C') : -1.7, ('Y', 'T') : 0.3, ('W', 'C') : -1.8, ('Y', 'P') : -1.2,  
2561  ('T', 'K') : 1.2, ('R', 'N') : 1.2, ('A', 'A') : 2.2, ('W', 'A') : -0.9,  
2562  ('T', 'C') : -1.4, ('N', 'D') : 0.8, ('R', 'F') : 0.4, ('T', 'G') : 0.2,  
2563  ('V', 'L') : 2.0, ('V', 'P') : -0.6, ('P', 'E') : -0.1, ('M', 'C') : -1.6,  
2564  ('I', 'I') : 2.2, ('P', 'A') : -0.2, ('M', 'G') : -0.4, ('T', 'S') : 2.1,  
2565  ('I', 'E') : 1.5, ('P', 'M') : -1.2, ('M', 'K') : 0.4, ('K', 'F') : 0.1,  
2566  ('I', 'A') : 1.7, ('P', 'I') : -0.6, ('R', 'R') : 2.2, ('L', 'I') : 2.1,  
2567  ('F', 'D') : -0.3, ('D', 'C') : -1.7 
2568  } 
2569  # http://www.embl-heidelberg.de/~vogt/matrices/str.cmp 
2570  structure = { 
2571  ('W', 'F') : 2, ('L', 'R') : -3, ('I', 'I') : 6, ('Q', 'Q') : 6,  
2572  ('W', 'N') : -5, ('V', 'I') : 2, ('H', 'T') : -2, ('H', 'P') : -3,  
2573  ('W', 'V') : -4, ('Q', 'E') : 2, ('W', 'R') : -2, ('Q', 'A') : 0,  
2574  ('H', 'H') : 8, ('H', 'D') : 0, ('L', 'N') : -3, ('Y', 'M') : -1,  
2575  ('Y', 'I') : -1, ('Y', 'E') : -2, ('E', 'S') : -1, ('Y', 'A') : -3,  
2576  ('Y', 'Y') : 7, ('T', 'C') : -5, ('E', 'C') : -3, ('Y', 'Q') : -3,  
2577  ('E', 'G') : -2, ('V', 'A') : 0, ('C', 'C') : 11, ('M', 'R') : -4,  
2578  ('P', 'T') : -1, ('V', 'E') : -2, ('P', 'P') : 7, ('I', 'T') : -2,  
2579  ('K', 'S') : -1, ('R', 'G') : -2, ('I', 'P') : -4, ('R', 'C') : -2,  
2580  ('A', 'T') : -1, ('K', 'K') : 5, ('A', 'P') : -1, ('V', 'M') : 0,  
2581  ('I', 'D') : -3, ('K', 'C') : -4, ('K', 'G') : -3, ('R', 'S') : 0,  
2582  ('F', 'Q') : -4, ('F', 'A') : -3, ('V', 'V') : 5, ('M', 'N') : -2,  
2583  ('F', 'E') : -4, ('D', 'N') : 2, ('F', 'I') : 1, ('F', 'M') : 0,  
2584  ('M', 'S') : -4, ('S', 'S') : 4, ('L', 'Q') : -3, ('W', 'E') : -6,  
2585  ('W', 'A') : -3, ('W', 'M') : -2, ('H', 'S') : -2, ('W', 'I') : -2,  
2586  ('S', 'C') : -4, ('L', 'A') : -2, ('L', 'E') : -4, ('W', 'Q') : -5,  
2587  ('H', 'G') : -3, ('Q', 'N') : 0, ('H', 'C') : -6, ('L', 'M') : 3,  
2588  ('W', 'Y') : 2, ('Y', 'N') : -1, ('E', 'P') : -1, ('Y', 'F') : 3,  
2589  ('E', 'T') : 0, ('A', 'A') : 4, ('I', 'N') : -3, ('G', 'A') : 0,  
2590  ('Y', 'V') : -1, ('E', 'D') : 2, ('W', 'H') : -3, ('Y', 'R') : -1,  
2591  ('M', 'Q') : 1, ('P', 'S') : -1, ('R', 'H') : 0, ('A', 'C') : -2,  
2592  ('R', 'D') : -2, ('K', 'P') : -1, ('L', 'D') : -6, ('K', 'T') : 0,  
2593  ('V', 'N') : -4, ('M', 'A') : 0, ('K', 'H') : 0, ('V', 'R') : -3,  
2594  ('P', 'C') : -8, ('M', 'E') : -2, ('A', 'S') : 0, ('T', 'T') : 5,  
2595  ('R', 'T') : -1, ('I', 'G') : -5, ('R', 'P') : -2, ('K', 'D') : -1,  
2596  ('I', 'C') : -4, ('F', 'R') : -4, ('F', 'V') : -1, ('L', 'C') : -6,  
2597  ('F', 'F') : 7, ('D', 'A') : -1, ('F', 'N') : -3, ('W', 'D') : -6,  
2598  ('L', 'P') : -3, ('Q', 'S') : -1, ('N', 'C') : -6, ('N', 'G') : -1,  
2599  ('H', 'N') : 2, ('W', 'T') : -5, ('Q', 'G') : -2, ('W', 'P') : -4,  
2600  ('Q', 'C') : -3, ('N', 'S') : 0, ('L', 'H') : -3, ('L', 'L') : 5,  
2601  ('G', 'T') : -3, ('M', 'M') : 8, ('G', 'P') : -2, ('Y', 'K') : -2,  
2602  ('Y', 'G') : -3, ('Y', 'C') : -6, ('E', 'A') : 0, ('E', 'E') : 5,  
2603  ('Y', 'S') : -2, ('M', 'P') : -6, ('V', 'C') : -4, ('M', 'T') : -2,  
2604  ('V', 'G') : -4, ('R', 'E') : 0, ('V', 'K') : -3, ('K', 'Q') : 1,  
2605  ('R', 'A') : -1, ('I', 'R') : -3, ('N', 'A') : -1, ('V', 'S') : -3,  
2606  ('M', 'D') : -4, ('M', 'H') : -2, ('K', 'A') : -1, ('R', 'Q') : 1,  
2607  ('K', 'E') : 1, ('F', 'S') : -3, ('I', 'K') : -3, ('D', 'P') : -1,  
2608  ('D', 'T') : -1, ('I', 'M') : 1, ('F', 'C') : -2, ('W', 'L') : -1,  
2609  ('F', 'G') : -6, ('F', 'K') : -3, ('F', 'T') : -3, ('D', 'D') : 6,  
2610  ('Q', 'T') : 0, ('W', 'G') : -4, ('Q', 'P') : -2, ('W', 'C') : -6,  
2611  ('W', 'K') : -3, ('H', 'Q') : 0, ('Q', 'D') : 0, ('W', 'W') : 10,  
2612  ('V', 'L') : 1, ('L', 'G') : -5, ('W', 'S') : -5, ('L', 'K') : -2,  
2613  ('N', 'P') : -2, ('H', 'E') : -2, ('N', 'T') : 0, ('H', 'A') : -2,  
2614  ('Y', 'L') : -2, ('Y', 'H') : 0, ('G', 'S') : -1, ('Y', 'D') : -3,  
2615  ('V', 'Q') : -2, ('L', 'T') : -3, ('G', 'G') : 5, ('G', 'C') : -6,  
2616  ('E', 'N') : 0, ('Y', 'T') : -2, ('Y', 'P') : -6, ('R', 'N') : -1,  
2617  ('V', 'D') : -4, ('K', 'R') : 2, ('V', 'H') : -2, ('I', 'Q') : -5,  
2618  ('V', 'P') : -4, ('M', 'C') : -5, ('K', 'N') : 0, ('V', 'T') : -1,  
2619  ('M', 'G') : -4, ('T', 'S') : 1, ('I', 'E') : -3, ('M', 'K') : -1,  
2620  ('I', 'A') : -2, ('N', 'N') : 5, ('R', 'R') : 7, ('F', 'P') : -5,  
2621  ('L', 'I') : 2, ('I', 'S') : -3, ('D', 'S') : 0, ('L', 'S') : -4,  
2622  ('I', 'H') : -5, ('F', 'D') : -5, ('D', 'C') : -7, ('F', 'H') : -2,  
2623  ('D', 'G') : -1, ('F', 'L') : 2 
2624  } 
2625